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- PDB-9olh: Symmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the GTP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9olh
タイトルSymmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the GTPgammaS microtubule
要素
  • (HAUS augmin like complex subunit ...) x 2
  • HAUS augmin-like complex subunit 8
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / Microtubule / augmin / CH / spindle
機能・相同性
機能・相同性情報


HAUS complex / microtubule minus-end binding / microtubule organizing center organization / mitotic spindle microtubule / positive regulation of axon guidance / centrosome cycle / microtubule-based process / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 ...HAUS complex / microtubule minus-end binding / microtubule organizing center organization / mitotic spindle microtubule / positive regulation of axon guidance / centrosome cycle / microtubule-based process / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / spindle pole / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal ...HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / Tubulin alpha-1B chain / HAUS augmin-like complex subunit 8 / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Travis, S.M. / Zhang, R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM142149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99 GM152794 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM138854 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM141100 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: How augmin establishes the angle of the microtubule branch site.
著者: Sophie M Travis / Jodi Kraus / Collin T McManus / Kiana Golden / Rui Zhang / Sabine Petry /
要旨: How microtubules (MTs) are generated in the proper orientation is essential to understanding how the cytoskeleton organizes a cell and MT-dependent events such as cell division. In the spindle, most ...How microtubules (MTs) are generated in the proper orientation is essential to understanding how the cytoskeleton organizes a cell and MT-dependent events such as cell division. In the spindle, most MTs are generated through the branching MT nucleation pathway. In this pathway, new MTs are nucleated from the side of existing MTs and oriented at a shallow angle by the branching factor augmin, ensuring that both MTs have the same polarity. Yet, how augmin binds MTs and sets the branch angle has remained unclear. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of an augmin subcomplex on the MT. This structure resembles that of NDC80 bound to the MT, with the conserved CH domain of augmin's Haus6 subunit directly proximal to the MT lattice. We find that the Haus6 CH domain is a bona fide MT binding site that increases augmin's affinity for the MT and helps establish branch angle. A second binding site, located in the disordered N-terminus of Haus8, also establishes branch angle,. Thus, we find that augmin regulates MT branching using two domains, each tuned to modulate MT affinity and MT branch angle. This work expands our mechanistic understanding of branching MT nucleation and thus spindle formation.
履歴
登録2025年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
F: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog
G: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
H: HAUS augmin-like complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,92512
ポリマ－242,2666
非ポリマー1,6596
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ACBH

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#5: タンパク質 HAUS augmin-like complex subunit 8 / HEC1/NDC80-interacting centrosome-associated protein 1 / Sarcoma antigen NY-SAR-48 homolog


分子量: 28742.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus8, hice1 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q0IHJ3

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HAUS augmin like complex subunit ... , 2種, 2分子 FG

#3: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / LOC100036802 protein


分子量: 33562.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus6.L, haus6, LOC100036802 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0JPI0
#4: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / LOC100158301 protein


分子量: 29551.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus7.S, haus7, LOC100158301, uchl5ip, uip1 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: B1H1T5

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非ポリマー , 3種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Augmin T-II bonsai on the microtubuleCOMPLEXComplex of augmin bound to the microtubule#1-#50MULTIPLE SOURCES
2GTPgammaS microtubuleCOMPLEXbovine tubulin polymerized in the presence of GTPgammaS#1-#21NATURAL
3augmin T-II bonsaiCOMPLEXtrimeric fragment of Xenopus laevis augmin#3-#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11345 kDa/nmNO
21188 kDa/nmNO
310.092 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID器官
32Bos taurus (ウシ)9913BRAIN
43Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 Rosetta 2 (DE3) / プラスミド: pETDuet1/pRSFDuet-1
緩衝液pH: 6.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.08 MPIPES1
21 mMEGTA1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.05 % v/vTween-201
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 20 uM tubulin, 10 uM augmin T-II bonsai
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5012
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 17021
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99011 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
16DPU

6dpu

A6DPUA1
26DPU

6dpu

B6DPUB1
38FCK

8fck

F8FCKF2
48FCK

8fck

G8FCKG2
58FCK

8fck

H8FCKH2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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