PDB-9okt: 16mer self-complementary duplex RNA with dA:U pair sequence 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9okt

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with dA:U pair sequence 2

要素

DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

キーワード

RNA / Deoxyribo-purine / RNA duplex / Origin of Life

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Impact of 2'-deoxyribo-purine substrates on nonenzymatic RNA template-directed primer extension.
著者: Fang, Z. / Acikgoz, O. / Jia, X. / Essex, J. / Wen, R. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2025年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9okt.cif.gz	26.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9okt.ent.gz	14.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9okt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9okt_validation.pdf.gz	364.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9okt_full_validation.pdf.gz	364.8 KB	表示
XML形式データ	9okt_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	9okt_validation.cif.gz	6.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9okt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/9okt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oksC 9okuC 9okvC 9okwC 9okxC 9okyC 9okzC 9ol0C 9ol1C 9ol2C 9ol3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

5.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

A: DNA/RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*G)-D(P*A)-R(P*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.006, 41.006, 123.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-226- HOH
2	1	A-228- HOH
3	1	A-229- HOH
4	1	A-266- HOH
5	1	A-270- HOH
6	1	A-274- HOH
7	1	A-287- HOH
8	1	A-290- HOH

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(APGPAPGPAPAPG)-D(PA)-R(PUPCPUPUPCPUPCPU)-3') 分子量: 5067.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.08 M Sodium chloride, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 35% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.002 M Hexammine cobalt(III) chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 9461 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.928 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 417 / CC_1/2: 0.902 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.18 / R_rim(I) all: 0.543 / Χ²: 0.884 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.32→34.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 0.979 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	438	4.681 %
R_work	0.1828	8918	-
all	0.184	-	-
obs	-	9356	95.792 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0.001 Å²	0 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→34.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	335	3	109	447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.297	1.837	580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.694	1.643	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.069	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.029	0.02	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	59
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.092	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.255	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.08	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.087	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.297	1.357	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.295	1.355	375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.815	2.48	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.813	2.479	581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.306	24.793	557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.654	19.901	515

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.32-1.354	0.39	20	0.274	507	0.277	691	0.927	0.952	76.2663	0.247
1.354-1.391	0.284	32	0.245	608	0.247	694	0.942	0.959	92.219	0.221
1.391-1.431	0.292	36	0.241	595	0.244	664	0.94	0.962	95.0301	0.211
1.431-1.475	0.313	26	0.234	611	0.237	659	0.931	0.967	96.6616	0.206
1.475-1.524	0.199	26	0.208	588	0.207	635	0.976	0.973	96.6929	0.185
1.524-1.577	0.214	45	0.177	552	0.18	614	0.971	0.979	97.2313	0.162
1.577-1.636	0.146	24	0.18	553	0.179	594	0.988	0.98	97.138	0.171
1.636-1.703	0.228	34	0.18	530	0.183	579	0.966	0.981	97.4093	0.169
1.703-1.778	0.202	25	0.166	515	0.167	552	0.976	0.982	97.8261	0.166
1.778-1.865	0.172	14	0.182	498	0.182	523	0.984	0.978	97.8968	0.188
1.865-1.966	0.247	28	0.2	468	0.203	506	0.97	0.973	98.0237	0.206
1.966-2.084	0.24	21	0.178	448	0.181	476	0.96	0.979	98.5294	0.19
2.084-2.228	0.247	20	0.186	419	0.188	445	0.971	0.978	98.6517	0.203
2.228-2.405	0.21	19	0.178	409	0.179	433	0.976	0.981	98.8453	0.2
2.405-2.634	0.146	18	0.189	365	0.187	387	0.989	0.978	98.9664	0.224
2.634-2.942	0.342	12	0.185	342	0.19	357	0.946	0.977	99.1597	0.227
2.942-3.393	0.162	14	0.169	301	0.169	320	0.98	0.987	98.4375	0.229
3.393-4.146	0.083	5	0.153	263	0.151	272	0.99	0.987	98.5294	0.209
4.146-5.82	0.122	11	0.136	210	0.135	221	0.993	0.988	100	0.2
5.82-34.128	0.308	8	0.22	136	0.224	144	0.958	0.971	100	0.287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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