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- PDB-9o0k: ChtA CR domain from Corynebacterium diphtheriae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o0k
タイトルChtA CR domain from Corynebacterium diphtheriae
要素Membrane protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CR / Complex
機能・相同性Htaa / Htaa / membrane / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Membrane protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.629 Å
データ登録者Ford, J. / Sawaya, M.R. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI161828 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of heme scavenging by the ChtA and HtaA hemophores in Corynebacterium diphtheriae.
著者: Ford, J. / Goring, A.K. / Lee, Y. / Chen, M. / Mahoney, B.J. / Sawaya, M.R. / Shafaat, H.S. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2025年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年9月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.details
改定 1.32025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,09818
ポリマ－39,6462
非ポリマー2,45216
水4,035224
1
A: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9508
ポリマ－19,8231
非ポリマー1,1277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,14810
ポリマ－19,8231
非ポリマー1,3259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.258, 188.772, 119.176
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Membrane protein


分子量: 19822.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
遺伝子: DIP1520 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NGJ3

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非ポリマー , 6種, 240分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.629→19.437 Å / Num. obs: 34917 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 11.69 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1216 / Rpim(I) all: 0.0367 / Rrim(I) all: 0.1272 / Net I/σ(I): 10.26
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
5.222-19.43711.710.069124.562042820428174517450.994-0.2990.02110.07240.68499.910099.910099.96.74100
4.118-5.22211.310.075224.861973119731174417440.998-0.2670.0230.07870.66699.899.799.899.799.86.1999.7
3.589-4.11812.30.086224.392143121431174317430.997-0.3540.02540.090.69799.899.899.899.899.86.6699.8
3.253-3.58912.750.098521.092221522215174317430.998-0.3220.02870.10270.68799.899.899.899.899.86.7999.8
3.013-3.25311.970.120716.152089820898174617460.996-0.2230.03680.12630.70899.999.999.999.999.96.3699.9
2.829-3.01312.860.136513.972248322483174817480.997-0.2550.03960.14230.69899.999.999.999.999.96.8199.9
2.685-2.82913.080.169311.852281622816174517450.996-0.2430.04850.17620.711001001001001006.89100
2.567-2.68513.090.21069.842286422864174717470.995-0.0960.06020.21920.72599.999.999.999.999.96.999.9
2.465-2.56712.230.25028.42136621366174717470.992-0.0650.07450.26120.72399.999.999.999.999.96.499.9
2.378-2.46511.610.30196.622025320253174517450.992-0.1690.09250.31610.721001001001001006.06100
2.3-2.37812.240.30496.682137521375174617460.993-0.0480.09050.31830.7497.997.397.997.397.96.3897.3
2.229-2.312.280.31456.392146821468174817480.991-0.0290.09330.32840.6993.293.193.293.193.26.4393.1
2.162-2.22912.590.34176.242196821968174517450.993-0.1440.09980.35630.6958787.38787.3876.6187.3
2.097-2.16212.50.44375.132182321823174617460.986-0.090.13040.46290.68783.984.683.981.981.16.5484.6
2.037-2.09711.330.51734.381978119781174617460.978-0.0410.16060.54230.7458585.88576.576.15.9385.8
1.978-2.03710.920.53964.031908819088174817480.975-0.0290.17180.56720.70884.585.484.570.1695.7185.4
1.92-1.97811.560.6343.72017320173174517450.959-0.0640.19390.66380.71584.685.784.663.261.66.0885.7
1.861-1.9211.630.80433.012031620316174717470.936-0.0440.2450.84190.7178384.28355.553.76.1184.2
1.797-1.86110.510.89032.561837418374174817480.915-0.070.28340.93630.69479.681.379.644.742.25.6381.3
1.629-1.7975.340.99651.5193179317174517450.585-0.0250.45121.10260.72847.447.647.413.112.12.8947.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.629→17.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 1742 -RANDOM
Rwork0.2314 ---
obs0.2326 34869 65.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2232 Å20 Å20 Å2
2---0.9435 Å20 Å2
3----2.2797 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.629→17.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 163 224 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012965HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.033989HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1041SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes565HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2965HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion360SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2517SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.96
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.74 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4372 38 -
Rwork0.3259 --
obs0.3316 698 7.29 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5571-1.0487-0.1535.66630.36680.88380.17230.0898-0.02570.0898-0.20590.0206-0.02570.02060.0336-0.00650.0014-0.0575-0.0388-0.0226-0.09722.931617.7677-13.4803
21.13030.5370.14.5652-0.15670.88870.1574-0.0337-0.0323-0.0337-0.182-0.0305-0.0323-0.03050.02460.00080.0002-0.0322-0.02450.0024-0.086115.101527.643813.5062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A115 - 290
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A300 - 313
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B115 - 291
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B300 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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