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- PDB-9nq7: Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nq7
タイトルCryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex
要素
  • (CRISPR system ...) x 5
  • AcrIIIA2
  • Enolase
  • RNA (41-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ANTI-CRISPR / TYPE III CRISPR / CRYO-EM / STRUCTURAL BIOLOY / ANTI-BACTERIAL
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus ...phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / magnesium ion binding / cell surface / RNA binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / : / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 ...: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / : / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / Uncharacterized protein / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
Streptococcus phage vB_SthS-VA214 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Goswami, H.N. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM152081 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex
著者: Goswami, H.N. / Li, H.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (41-MER)
H: CRISPR system Cms protein Csm5
A: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
B: CRISPR system Cms protein Csm4
F: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
D: CRISPR system Cms protein Csm2
C: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
E: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
G: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
I: CRISPR system Cms protein Csm2
J: CRISPR system Cms protein Csm2
S: Enolase
L: Enolase
P: Enolase
K: Enolase
M: Enolase
O: Enolase
N: Enolase
Q: Enolase
T: AcrIIIA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)709,77320
ポリマ－709,77320
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#1: RNA鎖 RNA (41-MER)


分子量: 13055.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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CRISPR system ... , 5種, 10分子 HABFCEGDIJ

#2: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR type III A-associated protein Csm5


分子量: 41226.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7HF79
#3: タンパク質 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / ssDNase Cas10 / Cyclic oligoadenylate synthase / StCas10


分子量: 86930.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: cas10, csm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A7HFE1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#4: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm4


分子量: 33828.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm, csm4, STCNRZ302_04685, STHERMO_1022, STHERMO_1028, STHERMO_1031
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A811IGE5
#5: タンパク質
CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR type III A-associated RAMP protein Csm3


分子量: 24585.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm, STHERMO_1021 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAN1ZZJ5
#6: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR type III A-associated protein Csm2


分子量: 16190.501 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm, STHERMO_1026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8D6U6W4

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タンパク質 , 2種, 9分子 SLPKMONQT

#7: タンパク質
Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 46948.484 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: eno, STER_0684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03LI0, phosphopyruvate hydratase
#8: タンパク質 AcrIIIA2


分子量: 12228.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus phage vB_SthS-VA214 (ファージ)
遺伝子: CHPC1156_0026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G8FB66

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Csm/AcrIIIA2/enolase complex / タイプ: COMPLEX
詳細: AcrIIIA2 forms a stable ternary complex with the type III-A (Csm) crRNP (CRISPR RNA-Protein complex) and host enolase
Entity ID: #2, #5, #7-#8, #3-#4, #6, #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: .680 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 250mM NaCl, 30mM HEPES, 10mM Beta-mercaptoethanol
緩衝液成分濃度: 250 mM / 名称: Sodium Chloride / 式: NaCl
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 325120 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 56.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.016450525
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.30868421
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07277594
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01528812
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.26327363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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