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- PDB-9mne: Crystal structure of enteropathogenic Escherichia coli EspC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mne
タイトルCrystal structure of enteropathogenic Escherichia coli EspC
要素Serine protease EspC
キーワードHYDROLASE / Autotransporter protein / Serine protease / Toxins / Bacterial infections / Secretion system / Diarrhoea
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / symbiont-mediated disruption of host tissue / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PIC/HAP1/IgA0 second beta-solenoid repeat region / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain ...PIC/HAP1/IgA0 second beta-solenoid repeat region / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine protease EspC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Pilapitiya, A.U. / Heras, B. / Paxman, J.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210100673 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1143638 オーストラリア
引用ジャーナル: Gut Microbes / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of the toxin EspC from enteropathogenic Escherichia coli reveals the mechanism that governs host cell entry and cytotoxicity.
著者: Pilapitiya, A.U. / Hor, L. / Pan, J. / Wijeyewickrema, L.C. / Pike, R.N. / Leyton, D.L. / Paxman, J.J. / Heras, B.
履歴
登録2024年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine protease EspC
A: Serine protease EspC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,04225
ポリマ－209,4412
非ポリマー2,60123
水2,810156
1
B: Serine protease EspC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,58516
ポリマ－104,7211
非ポリマー1,86415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine protease EspC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4579
ポリマ－104,7211
非ポリマー7378
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.469, 94.348, 139.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1234-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Serine protease EspC


分子量: 104720.664 Da / 分子数: 2 / 断片: secreted fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (大腸菌) / 株: E2348/69/EPEC / 遺伝子: espC, E2348C_2915 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q9EZE7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.4), 0.2 M potassium citrate and 15% (w/v) PEG 3350 and protein at 13 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月3日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 55473 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 0.597 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-3.064.70.8353480.7460.9240.4040.9270.35296.2
3.06-3.185.30.72354790.8220.950.3390.8010.36198.7
3.18-3.325.80.58455440.90.9730.2610.6410.39199.7
3.32-3.55.90.40355610.9460.9860.1790.4420.45499.8
3.5-3.725.90.27655590.9680.9920.1240.3030.49599.7
3.72-45.60.19255540.980.9950.090.2130.57199.5
4-4.4160.13155410.990.9970.0590.1450.70499.4
4.41-5.046.40.09455440.9940.9980.0410.1030.83698.4
5.04-6.356.60.08956290.9950.9990.0380.0970.74599.8
6.35-506.30.04857140.99910.0210.0520.87399.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.94→48.2 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 2919 5.28 %
Rwork0.1628 --
obs0.166 55249 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14167 0 159 156 14482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0385129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-2.980.3368880.26831776X-RAY DIFFRACTION69
2.98-3.030.34921310.2592441X-RAY DIFFRACTION96
3.03-3.090.30771300.25082468X-RAY DIFFRACTION97
3.09-3.150.30441340.25572525X-RAY DIFFRACTION98
3.15-3.210.33641340.25172477X-RAY DIFFRACTION99
3.21-3.280.30221460.22682522X-RAY DIFFRACTION99
3.28-3.360.27721430.19342537X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.440.23751350.17032522X-RAY DIFFRACTION99
3.44-3.540.25571360.17192521X-RAY DIFFRACTION99
3.54-3.640.24141360.17142546X-RAY DIFFRACTION99
3.64-3.760.19371320.1762563X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.890.2381570.16572496X-RAY DIFFRACTION99
3.89-4.050.21611350.1422531X-RAY DIFFRACTION99
4.05-4.230.2081340.12832539X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.460.18711860.11142497X-RAY DIFFRACTION99
4.46-4.730.16361520.10592468X-RAY DIFFRACTION98
4.73-5.10.171470.11222558X-RAY DIFFRACTION99
5.1-5.610.18371500.13592543X-RAY DIFFRACTION100
5.61-6.420.2291280.16912588X-RAY DIFFRACTION100
6.42-8.080.2381280.17182602X-RAY DIFFRACTION100
8.09-48.20.19471570.16272610X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3496-0.07260.3081.4042-0.28890.7592-0.1486-0.0526-0.07010.44690.1045-0.03630.0273-0.05260.0430.53750.03840.0490.49040.05520.394441.921-15.428859.8174
20.61370.26330.02031.6563-0.46181.26420.0093-0.05470.01620.38510.0125-0.0131-0.2829-0.1517-0.01060.45650.080.01350.41680.01860.371141.419912.257347.2831
31.39440.3898-0.58041.2249-0.34871.7737-0.05790.1539-0.0334-0.21570.0964-0.2329-0.12430.107-0.0220.486-0.06330.02420.3749-0.02350.452365.97333.87456.3765
40.8398-0.16820.25210.9199-0.12350.69720.04380.0083-0.01630.0558-0.0407-0.136-0.0550.2495-0.03390.6420.0382-0.18780.5383-0.10940.5934102.3401-24.382545.2436
51.2381-0.29030.85460.6065-0.17031.44670.0606-0.1736-0.14960.21740.0683-0.12630.1969-0.0971-0.09910.4585-0.0042-0.06730.3918-0.02030.440577.9359-33.196134.7874
60.5484-0.05060.04481.6012-0.54452.05590.01190.11550.030.0149-0.0147-0.1123-0.25060.0136-0.00180.3872-0.0003-0.01880.4029-0.01170.436669.7699-2.0942-7.4446
71.39390.1989-0.16691.7475-1.00920.6196-0.10830.63430.2902-0.73080.033-0.3221-0.6785-0.05-0.00691.0242-0.02130.05330.75730.09780.638668.431713.6875-30.6385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 54 through 421 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 422 through 717 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 718 through 1002 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 294 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 295 through 717 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 718 through 913 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 914 through 1002 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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