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- PDB-9mlf: TUBULIN-RB3_SLD IN COMPLEX WITH COMPOUND QW-4-183-llb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mlf
タイトルTUBULIN-RB3_SLD IN COMPLEX WITH COMPOUND QW-4-183-llb
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / MICROTUBULE INHIBITOR / COLCHICINE / CANCER / CELL CYCLE INHIBITOR COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / microtubule depolymerization / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site ...Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Miller, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and synthesis of novel 4-aryl-2-benzoyl-imidazoles as colchicine binding site inhibitors.
著者: Albadari, N. / Xie, Y. / Wang, Q. / Miller, D.J. / Gruntz, J.Q. / Oldham, M.L. / Chen, H. / Ma, D. / Wu, Z. / Miller, D.D. / Li, W.
履歴
登録2024年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,51713
ポリマ－211,7095
非ポリマー2,8088
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20760 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area63340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.482, 126.974, 252.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 3種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 48780.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 48648.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16851.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
非ポリマー , 6種, 247分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-A1BMG / [(4M)-4-(1H-indol-4-yl)-1H-imidazol-2-yl](3,4,5-trimethoxyphenyl)methanone


分子量: 377.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6, 0.2 M ammonium sulfate, 12.2% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92012 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→34.35 Å / Num. obs: 84508 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 37.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 8.5 % / Num. unique obs: 4420 / CC1/2: 0.639 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→34.35 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 4204 4.99 %
Rwork0.1985 --
obs0.2002 84193 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14257 0 182 239 14678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8915399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052607
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.43 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3099 143 -
Rwork0.2784 2613 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10770.03020.1011-0.0273-0.04550.0074-0.0375-0.0825-0.12010.09470.03440.07970.0237-0.004200.3483-0.00390.00570.32230.03830.314-15.1242-27.510660.1424
20.02680.07330.02680.0478-0.01330.07050.0169-0.1142-0.02740.01340.04260.11120.0133-0.117400.468-0.00730.0640.40620.04420.3762-20.2906-28.852571.2385
30.0156-0.0282-0.08280.02520.00940.01630.0636-0.03030.26050.1750.11260.2352-0.22320.116100.52840.00930.09650.28270.03330.3287-13.6418-15.732362.7238
40.31310.1044-0.11960.16350.1137-0.03250.0245-0.1741-0.04350.268-0.1348-0.1475-0.24750.11750.00010.4175-0.0331-0.01240.36380.03710.23071.1489-17.958560.233
5-0.03130.0611-0.26870.42180.1960.2187-0.0579-0.043-0.1338-0.0782-0.0588-0.09330.07230.1429-00.27690.00680.00590.26790.07010.2479-1.17-27.676352.2786
60.11520.0927-0.09460.06880.01330.0679-0.15870.1443-0.0337-0.22040.13030.09310.0202-0.017600.459-0.0527-0.08290.3560.06420.3755-18.8394-27.542440.4387
70.16760.17-0.02220.08180.047-0.0156-0.1956-0.08640.11290.12750.10710.04010.2692-0.0587-00.3856-0.02070.00660.420.03630.4261-15.479-36.635555.454
80.00080.12020.1540.41440.2176-0.2509-0.06770.13510.0467-0.29090.02580.14730.2856-0.003-00.4542-0.0581-0.03480.37780.05590.3837-15.7961-40.711741.7761
90.01090.0777-0.02730.025-0.0183-0.02240.3591-0.2249-0.1826-0.2116-0.02790.32370.43980.03280.0230.6481-0.2257-0.25310.29280.15810.6379-21.6274-50.252546.4183
100.14010.2590.13710.21540.0180.2229-0.01240.0680.0316-0.17540.10880.15640.3727-0.132700.5902-0.04910.03460.4240.10450.5541-19.8324-43.836148.4019
110.0795-0.24880.0990.0701-0.2546-0.0499-0.03510.087-0.0279-0.31250.0618-0.03730.2288-0.04510.00180.5549-0.03890.01940.24990.02130.2563-4.3692-32.891538.0145
120.1634-0.00590.22440.0644-0.04210.24610.0328-0.0193-0.0688-0.2693-0.2584-0.39570.10770.1285-0.00580.42590.03160.09820.29670.06930.31848.3561-27.217440.0844
130.5772-0.15170.30910.0943-0.10570.3235-0.047-0.17640.23960.2713-0.02310.2512-0.1526-0.11600.4705-0.00570.15030.3043-0.04210.4128-10.636113.833746.5703
140.23850.10240.17980.2216-0.06650.2150.0818-0.08990.19940.5459-0.4687-0.36-0.35220.3318-0.07310.7629-0.09850.00350.2652-0.07380.2077.816419.807545.7505
150.38470.51990.17840.85170.2023-0.07450.0661-0.01350.1038-0.0088-0.03630.15170.13880.0347-00.3873-0.02-0.00670.26610.03120.24872.611810.333833.4483
160.1210.25510.03090.1310.01360.1236-0.010.0290.14390.2294-0.11720.02850.14280.0035-0.00630.2939-0.01710.00850.27780.02520.3307-8.68481.807937.9889
170.17040.25280.11780.1570.0746-0.009-0.37290.03170.20610.05370.20510.0558-0.04420.12420.00180.4254-0.068-0.00560.31250.06620.3043-8.5581-0.914327.5635
180.13570.10930.07330.3432-0.1358-0.1238-0.09760.0801-0.0106-0.23870.11150.29380.15160.04910.00020.4347-0.0626-0.04650.30470.05580.38-11.7783-7.330327.2936
190.0498-0.2538-0.13590.20930.021-0.0368-0.1850.03960.0717-0.37220.17690.00820.22180.002200.4215-0.05540.02690.29650.02370.24986.29875.923621.6915
200.0744-0.06180.06420.0954-0.16330.33890.01230.0141-0.1015-0.0749-0.0987-0.40470.15040.09400.38020.00760.04520.32060.0420.335416.45727.166825.6652
210.56650.1842-0.27550.4798-0.13680.5635-0.0182-0.00440.03910.255-0.07050.0569-0.14050.0788-0.00010.3779-0.06790.04790.25660.02040.236316.327851.048931.5546
220.10460.36250.08420.79520.0278-0.0547-0.12230.00190.2086-0.25250.09420.17520.31550.0375-0.00420.3457-0.0638-0.00890.33740.04490.37893.746340.338117.1061
230.18590.34160.01730.4839-0.31410.2599-0.1169-0.00670.0174-0.16250.014-0.02450.17290.0157-0.00410.3413-0.0290.04150.27850.03020.301817.808740.759713.9491
240.6282-0.20190.48070.13160.03840.5172-0.0358-0.43640.35130.4317-0.1015-0.0929-0.3816-0.199-0.03640.348-0.00960.04190.4314-0.08580.354629.218789.233521.0816
250.47330.2342-0.24450.30490.36750.32330.0766-0.1645-0.09010.2074-0.2663-0.2213-0.02210.124-0.01760.1748-0.0783-0.04180.37940.09480.292243.478380.639515.6403
260.33780.14680.22990.39220.20150.2143-0.0031-0.06610.1510.009-0.0595-0.05210.1363-0.0938-0.03030.13640.00230.00930.32270.06740.297529.064878.72025.5651
270.28460.15720.04940.0471-0.03570.2655-0.25230.11360.2786-0.22140.13790.16620.3819-0.2798-0.0340.0748-0.0112-0.0870.35560.06470.440921.291778.7996-3.9118
280.0828-0.00480.05660.1070.01190.0639-0.26410.0413-0.01270.03910.05250.2223-0.0309-0.0268-0.05070.1583-0.07530.01530.37790.00510.356215.345768.34321.7668
290.16140.12580.0950.0364-0.03220.11650.0486-0.0615-0.0198-0.18310.0930.23030.2463-0.20140.00030.216-0.010.00410.32620.04640.356720.534568.60733.1522
300.098-0.02010.1280.27890.05740.0581-0.0460.22230.1261-0.16250.0631-0.01460.0285-0.0604-0.00320.1429-0.00590.02390.30290.05440.298440.83876.1628-2.8566
310.14810.11440.02940.03860.0735-0.0183-0.2274-0.1256-0.2336-0.3774-0.3987-0.64691.7573-0.211-0.2188-0.46410.3324-0.10770.23570.25230.53851.821373.59061.4601
320.1004-0.10070.19250.1148-0.08090.0945-0.1491-0.3126-0.27190.18710.11910.09430.56290.134800.7523-0.0250.10510.50760.09790.6886-11.9236-55.182152.2357
33-0.08360.2589-0.10760.1244-0.2436-0.15080.045-0.0998-0.137-0.0031-0.2452-0.33650.02480.169-0.04260.5921-0.1155-0.05490.52930.20590.601334.665730.636336.3285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 128 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 129 through 199 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 223 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 224 through 259 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 260 through 311 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 312 through 338 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 339 through 372 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 373 through 401 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 402 through 437 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 86 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 87 through 125 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 126 through 221 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 222 through 257 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 258 through 294 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 295 through 363 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 364 through 391 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 392 through 430 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1 through 199 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 200 through 337 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 338 through 438 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 100 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 101 through 197 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 198 through 271 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 272 through 309 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 310 through 336 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 337 through 362 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 363 through 391 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 392 through 430 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 6 through 46 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 47 through 139 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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