PDB-9m6p: Discovery of a bifunctional PKMYT1-targeting PROTAC empowered by ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m6p

タイトル

Discovery of a bifunctional PKMYT1-targeting PROTAC empowered by AI-generation

要素

Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

キーワード

PROTEIN BINDING / PKMYT1 / inhibitor / crystal

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.383 Å

データ登録者

Yazhou, W. / Chao, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Discovery of a bifunctional PKMYT1-targeting PROTAC empowered by AI-generation
著者: Wang, Y. / Ding, X.

履歴

登録	2025年3月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m6p.cif.gz	128.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m6p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m6p_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m6p_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9m6p_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	9m6p_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/9m6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/9m6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

BBB: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

BBB: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

AAA: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

BBB: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

AAA: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

BBB: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
210 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.927, 127.927, 184.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-518- HOH

#1: タンパク質	Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase 分子量: 34498.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) 参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1EMX / 2,4-dimethyl-3-[2-(2-methylpyrimidin-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]phenol 分子量: 330.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₈N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: SM5-E1+30%Gly

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→100 Å / Num. obs: 24659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.88→1.92 Å / R_merge(I) obs: 1.213 / Num. unique obs: 21329

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.383→95.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 15.517 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.518 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2898	652	5.078 %	RANDOM
R_work	0.2028	12187	-	-
all	0.207	-	-	-
obs	-	12839	54.688 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.015 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.028 Å²	0.014 Å²	-0 Å²
2-	-	0.028 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.383→95.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4341	0	61	31	4433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.662	6101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.132	1.585	9769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.208	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.633	20.769	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.147	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.817	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.267	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.771	6.438	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.754	6.438	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.103	9.646	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.105	9.647	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.688	6.775	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.681	6.778	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.064	10.017	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.067	10.02	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.214	73.517	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.214	73.514	4990

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.383-2.444	0.569	3	0.26	32	0.276	1693	0.387	0.681	2.0673	0.257
2.444-2.511	0.587	5	0.305	70	0.322	1690	0.484	0.683	4.4379	0.307
2.511-2.584	0.359	11	0.318	121	0.322	1618	0.763	0.739	8.1582	0.3
2.584-2.664	0.414	13	0.31	178	0.318	1601	0.717	0.749	11.93	0.305
2.664-2.751	0.293	19	0.311	262	0.31	1520	0.702	0.767	18.4868	0.305
2.751-2.847	0.348	24	0.289	344	0.293	1493	0.798	0.781	24.6484	0.278
2.847-2.955	0.345	28	0.271	456	0.275	1414	0.754	0.812	34.2291	0.245
2.955-3.075	0.318	29	0.272	607	0.274	1394	0.811	0.814	45.6241	0.257
3.075-3.212	0.363	41	0.26	927	0.265	1340	0.775	0.828	72.2388	0.233
3.212-3.368	0.322	57	0.248	1146	0.251	1243	0.822	0.851	96.782	0.218
3.368-3.55	0.308	56	0.228	1174	0.232	1234	0.872	0.887	99.6758	0.204
3.55-3.765	0.276	60	0.202	1075	0.206	1135	0.878	0.912	100	0.175
3.765-4.025	0.267	52	0.174	1038	0.179	1090	0.898	0.932	100	0.15
4.025-4.347	0.249	49	0.169	959	0.173	1008	0.929	0.943	100	0.153
4.347-4.761	0.262	54	0.164	879	0.169	933	0.924	0.949	100	0.147
4.761-5.321	0.362	40	0.19	811	0.197	851	0.876	0.935	100	0.173
5.321-6.141	0.318	38	0.216	711	0.22	749	0.883	0.922	100	0.198
6.141-7.513	0.218	38	0.199	614	0.2	652	0.925	0.923	100	0.184
7.513-10.592	0.207	19	0.155	492	0.157	511	0.948	0.974	100	0.161
10.592-95.001	0.363	16	0.257	290	0.262	307	0.91	0.954	99.6743	0.271

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