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- PDB-9m5d: Crystal structure of S. aureus protein A bound to a human single-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m5d
タイトルCrystal structure of S. aureus protein A bound to a human single-domain antibody
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein A
  • n501
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / antibody / S. aureus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Kong, Y. / Shi, J.L. / Ying, T.L. / Yang, Z.L. / Xu, Q.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82394450 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: A synergistic generative-ranking framework for tailored design of therapeutic single-domain antibodies.
著者: Kong, Y. / Shi, J. / Wu, F. / Zhao, T. / Wang, R. / Zhu, X. / Xu, Q. / Song, Y. / Li, Q. / Wang, Y. / Gao, X. / Yang, Y. / Feng, Y. / Wang, Z. / Ge, W. / Wu, Y. / Yang, Z. / Yao, J. / Ying, T.
履歴
登録2025年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: n501
A: n501
H: Immunoglobulin G-binding protein A
B: Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0504
ポリマ－40,0504
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.973, 173.973, 79.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "H"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLUGLUSERSERAB1 - 1201 - 120
d_2ens_1GLUGLUSERSERDA1 - 1201 - 120
d_1ens_2PHEPHELYSLYSBD2803 - 28568 - 61
d_2ens_2PHEPHELYSLYSHC2803 - 28568 - 61

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.458965507321, -0.760669554846, 0.459056087445), (-0.854974938516, 0.518648821588, 0.00461024675134), (-0.24159577314, -0.390365505899, -0.888395325407)-16.1285600831, -20.7260102376, 23.5472585095
2given(0.754169917326, -0.486019861426, 0.441602117409), (-0.535879240944, -0.844179988622, -0.0139135162774), (0.379553915703, -0.226152252056, -0.897103106652)-15.6425656109, -19.1772318028, 24.2781777464

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要素

#1: 抗体 n501


分子量: 13179.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA


分子量: 6845.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa, SAOUHSC_00069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02976
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.2M Magnesium chloride and 0.1M BIS-Tris 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.57→123.2 Å / Num. obs: 7538 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 81.91 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.671 / Net I/av σ(I): 5.65 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.57→3.66 Å / Rmerge(I) obs: 3.018 / Num. unique obs: 537 / CC1/2: 0.693

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.57→55.02 Å / SU ML: 0.5534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 376 5.01 %
Rwork0.2331 7135 -
obs0.2351 7511 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.57→55.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 0 0 2714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00372766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77283732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8712382
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.04531941124
ens_2d_2DBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.31180934403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.57-4.090.37711250.29862308X-RAY DIFFRACTION99.71
4.09-5.150.25441110.21622368X-RAY DIFFRACTION99.6
5.15-55.020.23291400.21332459X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9841407880460.208099064776-0.1497182219631.006781409490.5716051648161.172000569980.0616126928277-0.0400338167273-0.007313128410420.0297361539506-0.07720886544140.0698365740018-0.157990156141-0.07202920293750.04642703211030.609651165427-0.0722594330393-0.0389285175510.6443301901350.04065413995240.6666643146925.2365546809-43.446257048723.6106500649
21.300880559130.142056394143-0.06295508998321.148776001870.2494666108731.182060097470.06797206730170.2387494815970.113665476954-0.133263402517-0.108801844167-0.0982423897480.0521686570817-0.2915431765430.05469324295610.584537759615-0.0325568691859-0.06358618371150.76582813367-0.03306590409120.7338882683180.42688417585-43.27251829618.8284785647
33.856886874320.0237245983916-0.5900610944053.94150272740.5877942193491.863926980040.03193016473490.03614026466450.206385845353-0.5112558513290.198241379465-0.213098333737-0.1797880509690.236148846508-0.1390790499680.7716261615090.001076294703040.05844610069210.611583212296-0.08040248823260.75891122039837.9833382052-27.103055324815.7512877173
40.5646198041150.2632366620060.9437688410572.55973610879-0.2082362416231.756980209570.300431965514-0.205228132190.1229658126370.236809232127-0.243065665051-0.08531096198140.308727260339-0.109580552893-0.06383919395130.729758795293-0.0471336109199-0.02245070699580.61051543445-0.07136389175770.72230249844941.4524688948-17.450686142731.43824715
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'D' and resid 1 through 120)DA1 - 1201 - 120
22(chain 'A' and resid 1 through 120)AB1 - 1201 - 120
33(chain 'H' and resid 2803 through 2856)HC2803 - 28561 - 54
44(chain 'B' and resid 2803 through 2856)BD2803 - 28561 - 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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