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- PDB-9l6y: Crystal structure of the L7Ae derivative protein LS12 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l6y
タイトルCrystal structure of the L7Ae derivative protein LS12 in complex with its co-evolved target CS2 RNA
要素
  • CS2 RNA
  • Large ribosomal subunit protein eL8
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Teramoto, T. / Nakashima, M. / Fukunaga, K. / Yokobayashi, Y. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K15701 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lab-coevolved RNA-RBP pairs and applications of synthetic riboswitches in cell-free system.
著者: Fukunaga, K. / Teramoto, T. / Nakashima, M. / Ohtani, T. / Katsuki, R. / Matsuura, T. / Yokobayashi, Y. / Kakuta, Y.
履歴
登録2024年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large ribosomal subunit protein eL8
B: CS2 RNA
C: Large ribosomal subunit protein eL8
D: CS2 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7129
ポリマ－47,5114
非ポリマー2005
水00
1
A: Large ribosomal subunit protein eL8
B: CS2 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8364
ポリマ－23,7562
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
2
C: Large ribosomal subunit protein eL8
D: CS2 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8765
ポリマ－23,7562
非ポリマー1203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 55.280, 83.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13100.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / VC-16) (古細菌)
遺伝子: rpl7ae, AF_0764 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29494
#2: RNA鎖 CS2 RNA


分子量: 10655.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% PEG300, 100 mM Sodium cacodylate/HCl, pH 6.5, 200 mM Calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→50 Å / Num. obs: 8762 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.13
反射 シェル解像度: 3.12→3.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 1433 / CC1/2: 0.615 / Rrim(I) all: 1.128

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BW0

4bw0


解像度: 3.12→45.42 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 877 10.03 %
Rwork0.2199 --
obs0.2237 8745 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 1372 5 0 3168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4311014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.320.35061460.31691321X-RAY DIFFRACTION99
3.32-3.570.34471410.27881303X-RAY DIFFRACTION99
3.57-3.930.31891500.23691314X-RAY DIFFRACTION99
3.93-4.50.2491450.19821296X-RAY DIFFRACTION98
4.5-5.670.21941460.19491318X-RAY DIFFRACTION98
5.67-45.420.21471490.20161316X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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