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万見
- PDB-9l4o: Arabidopsis thaliana protease-associated domain of vacuolar sorti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l4o
タイトルArabidopsis thaliana protease-associated domain of vacuolar sorting receptor 1 in complexed with vicilin-like seed storage protein 22 C-terminal pentapeptide SDRFV (pH 5.8)
要素
  • Vacuolar-sorting receptor 1
  • Vicilin-like seed storage protein C-terminal pentapeptide
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ligand binding domain vacuolar sorting determinant receptor-cargo interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding / Golgi to vacuole transport / vacuolar transport / clathrin-coated vesicle membrane / protein targeting to vacuole / trans-Golgi network / late endosome / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum ...amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding / Golgi to vacuole transport / vacuolar transport / clathrin-coated vesicle membrane / protein targeting to vacuole / trans-Golgi network / late endosome / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Vacuolar sorting receptor thioredoxin-like domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Vacuolar-sorting receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lui, S.N. / Wong, K.B.
資金援助 香港, 2件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)CUHK 14118122 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C4041-18E 香港
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into how vacuolar sorting receptor recognizes the C-terminal sorting determinant of a vicilin-like seed storage protein.
著者: Lui, S.N. / Tsao, H.E. / Lo, A.H. / Jiang, L. / Wong, K.B.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar-sorting receptor 1
B: Vicilin-like seed storage protein C-terminal pentapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8015
ポリマ－18,4812
非ポリマー3203
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.658, 60.384, 39.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Vacuolar-sorting receptor 1 / AtVSR1 / BP80-like protein b / AtBP80b / Epidermal growth factor receptor-like protein 1 / AtELP / ...AtVSR1 / BP80-like protein b / AtBP80b / Epidermal growth factor receptor-like protein 1 / AtELP / AtELP1 / Spot 3 protein


分子量: 17831.242 Da / 分子数: 1 / 断片: Protease associated domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VSR1, BP80B, ELP, ELP1, At3g52850, F8J2.20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93026
#2: タンパク質・ペプチド Vicilin-like seed storage protein C-terminal pentapeptide


分子量: 649.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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非ポリマー , 4種, 100分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.8 30% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.02 Å / Num. obs: 10890 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2236 / CC1/2: 0.885

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21 1-5286精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220820データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→30.19 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 500 4.6 %
Rwork0.1687 --
obs0.1708 10867 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1224 0 20 97 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.027469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.090.21971200.17342555X-RAY DIFFRACTION98
2.09-2.390.21941350.17112598X-RAY DIFFRACTION99
2.39-3.010.25361180.18482597X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.5681 Å / Origin y: 0.6299 Å / Origin z: -9.1589 Å
111213212223313233
T0.1372 Å20.0097 Å2-0.0046 Å2-0.1272 Å20.0122 Å2--0.1274 Å2
L2.0911 °20.2533 °20.127 °2-1.4767 °20.5401 °2--1.4366 °2
S-0.0228 Å °0.1471 Å °0.0018 Å °-0.096 Å °0.0188 Å °0.0424 Å °-0.0632 Å °0.0231 Å °0.0066 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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