PDB-9l00: structure of hZnT1-CDDO-ME complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l00

タイトル

structure of hZnT1-CDDO-ME complex

要素

Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transporter / Zn / cancer / drug target

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of zinc ion transmembrane import / glutamatergic postsynaptic density / zinc export across plasma membrane / detoxification of zinc ion / detoxification of cadmium ion / zinc:proton antiporter activity / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / zinc ion import into organelle / cadmium ion transmembrane transport / negative regulation of calcium ion import ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å

データ登録者

Xu, B. / Wang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of hZnT1-CDDO-ME complex
著者: Xu, B. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l00.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l00.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9l00_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9l00_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9l00_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	9l00_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/9l00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/9l00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62681MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1

B: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Proton-coupled zinc antiporter SLC30A1 / Solute carrier family 30 member 1 / Zinc transporter 1 分子量: 55362.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC30A1, ZNT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6M5
#2: 化合物	ChemComp-A1EIM / methyl (4aS,6aR,6bS,8aR,12aS,14aS,14bS}-11-cyano-2,2,6a,6b,9,9,12a-heptamethyl-10,14-bis(oxidanylidene)-1,3,4,5,6,7,8,8a,14a,14b-decahydropicene-4a-carboxylate / methyl (4aS,6aR,6bS,8aR,12aS,14aS,14bS)-11-cyano-2,2,6a,6b,9,9,12a-heptamethyl-10,14-dioxo-1,3,4,5,6,7,8,8a,14a,14b-decahydropicene-4a-carboxylate 分子量: 505.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: hZnT1-CDDO-ME / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 350390 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	4964
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.612	6778
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.99	670
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	810
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	834

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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