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- PDB-9kt2: The crystal structure of BD1 in complex with BDS4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kt2
タイトルThe crystal structure of BD1 in complex with BDS4
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードUNKNOWN FUNCTION / BD1 / BDS4 / compiex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46206515118 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Wang, Y.Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of BD1 of the BET proteins through covalent modification of lysine in living cells and animals
著者: Zhang, Z.M. / Wang, Y.Q.
履歴
登録2024年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4861
ポリマ－15,4861
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.114, 55.444, 57.53
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15485.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M potassium bromide, 30% (v/v) PEG2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.461→29.98 Å / Num. obs: 20044 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 21.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.461→1.513 Å / Num. unique obs: 20044 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46206515118→29.9721530856 Å / SU ML: 0.118822104985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33554249965 / 位相誤差: 18.9106965038
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194724778156 2002 10.0140056022 %
Rwork0.166075405785 17990 -
obs0.169022743704 19992 99.710723192 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.9232303211 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46206515118→29.9721530856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 0 34 145 1227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006844905879141118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.392152474461527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732517522019158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00519542980035193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4427069699419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4621-1.49860.2458362914491380.2239703261861236X-RAY DIFFRACTION98.2832618026
1.4986-1.53910.2415619503331460.1973785007891269X-RAY DIFFRACTION99.718111346
1.5391-1.58440.2215198297391370.1809782197441254X-RAY DIFFRACTION100
1.5844-1.63560.19790586091350.1733287816121285X-RAY DIFFRACTION100
1.6356-1.6940.2240034063811460.1815121860171263X-RAY DIFFRACTION100
1.694-1.76180.2035573044141380.1907384028011266X-RAY DIFFRACTION100
1.7618-1.8420.2146706762531470.1782527735981272X-RAY DIFFRACTION99.8592540464
1.842-1.93910.2097497451131420.1710109641011289X-RAY DIFFRACTION99.9301675978
1.9391-2.06060.2294727517891400.1796742420231267X-RAY DIFFRACTION99.4346289753
2.0606-2.21960.2233274745181430.1701610003591280X-RAY DIFFRACTION99.5801259622
2.2196-2.44290.1793853759291430.1619784671551285X-RAY DIFFRACTION99.5815899582
2.4429-2.79620.2110518000861440.1662876807031303X-RAY DIFFRACTION100
2.7962-3.5220.1680659247461480.1603164258881328X-RAY DIFFRACTION99.932295193
3.522-29.970.1732850697921550.1481806326211393X-RAY DIFFRACTION99.6138996139
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.858976164843-0.121812398831-0.134328072120.953691872659-0.08891038407582.229215145950.02562035332410.005884181792190.1142584459560.005902163283870.00600609930707-0.0699408515489-0.08115561019810.103069847512-0.01375683477670.134720139702-0.00821872357868-0.002233399875680.118377984607-9.85534260831E-50.146275772141-0.977758220993-2.059858085952.78265898447
21.57776432696-0.3328076049690.03039645413942.34843350364-0.3633275710662.62560059386-0.0569590198952-0.4031985351870.083541530090.3167438135340.030306074023-0.08230214753040.08009535819410.01911246358980.007224141807470.1976505718330.000537639820987-0.01013099360860.227134127989-0.04154115251520.168526840047-0.0829183959499-7.9995300689921.8714432934
30.9536739018530.151636893886-0.3966406299911.155384827950.1614441123111.91231357310.022270729447-0.0714122442420.02033470763710.03123596907690.0194228780902-0.0769453277243-0.03688723106280.0928805139033-0.02409115868560.1218112317280.00578139925595-0.007731009761760.135184346658-0.01115972927190.1355304340270.836393198418-9.541533391066.30998694857
42.503431961190.133124403717-0.1207825642271.60247696987-0.3421712709853.84893289869-0.0371464176782-0.00661132459932-0.0660418944790.06716389923710.04677850129510.215177345618-0.0486940607852-0.478542347019-0.08180392876870.122098779737-0.01937369834110.001999593851860.1365141834830.004145766671460.181125830321-13.2587126605-10.97358474657.83809739771
58.40631496459-0.341308772673-0.8562417460424.49620540057-0.1215415160645.70008890590.05751719720070.3997005752750.287468277365-0.490493334039-0.255367824744-0.1509038278880.334857445264-0.05953689238440.1956592422730.1953554599770.0259603025699-0.02775422448120.2431037253970.02216910236490.144927293154-4.26873801265-6.45080297081-13.6850225028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 163 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 164 through 168 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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