PDB-9ksg: Crystal structure of RxLR145 effector

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ksg

タイトル

Crystal structure of RxLR145 effector

要素

RXLR effector Avh1

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / RxLR effector / nucleus and cytoplasm / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

: / Effector PexRD54, WY-domain / host cell / extracellular region / RXLR effector Avh1

機能・相同性情報

生物種

Phytophthora capsici (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.577 Å

データ登録者

Zhang, X.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Phytophthora effector ensures infection by initial suppression of pattern triggered immunity, and timed activation of pattern and effector triggered immunity
著者: Zhang, X.G.

履歴

登録	2024年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ksg.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ksg.ent.gz	137.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ksg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ksg_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ksg_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	9ksg_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	9ksg_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ksg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ksg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RXLR effector Avh1

B: RXLR effector Avh1

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.034, 89.587, 147.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RXLR effector Avh1 分子量: 55136.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora capsici (真核生物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A678WQQ4
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.03M Citric acid, 0.07M BIS-TRIS propane pH 7.6, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.577→43.151 Å / Num. obs: 30135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 37.73
反射シェル	解像度: 2.577→2.66 Å / R_merge(I) obs: 0.464 / Num. unique obs: 30135

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.577→43.151 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.31 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	1982	6.58 %
R_work	0.2187	-	-
obs	0.2233	30135	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.577→43.151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6631	0	0	0	6631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6772
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.394	9165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.899	2541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.577-2.6409	0.4046	135	0.2835	1907	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6409-2.7123	0.3954	139	0.262	1939	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7123-2.7921	0.3465	137	0.2626	1970	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7921-2.8822	0.3526	140	0.2548	1953	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8822-2.9852	0.3153	139	0.2489	1990	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9852-3.1047	0.3594	139	0.2622	2000	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1047-3.246	0.3561	141	0.2518	2001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.246-3.417	0.3166	141	0.2384	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.417-3.631	0.2888	143	0.2317	2026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.631-3.9112	0.2955	143	0.2013	2046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9112-4.3045	0.2768	142	0.1927	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3045-4.9266	0.2168	146	0.1802	2065	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9266-6.204	0.2369	146	0.2104	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
6.204-43.151	0.2559	151	0.1955	2140	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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