PDB-9kow: Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with cattle ACE2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kow

タイトル

Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with cattle ACE2

要素

Processed angiotensin-converting enzyme 2
RaTG13 RBD

キーワード

VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / RaTG13 RBD / cattle ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

angiotensin-converting enzyme 2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / virus receptor activity / cilium / apical plasma membrane / cell surface / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.98 Å

データ登録者

Lan, J. / Wang, C.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with cattle ACE2
著者: Lan, J. / Wang, C.H.

履歴

登録	2024年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kow.cif.gz	344.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kow.ent.gz	281.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kow.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kow_validation.pdf.gz	815.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kow_full_validation.pdf.gz	829.2 KB	表示
XML形式データ	9kow_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	9kow_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9kow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9kow	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (5) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Processed angiotensin-converting enzyme 2

E: RaTG13 RBD

ヘテロ分子

92.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.526, 97.319, 90.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Processed angiotensin-converting enzyme 2

分子量: 69701.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ACE2 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q58DD0

#2: タンパク質

RaTG13 RBD

分子量: 21818.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Current sequence matches UniProt ID A0A6B9WHD3 with TAX ID 2709072 (Bat coronavirus RaTG13). However, UniProt ID A0A6B9WHD3 is deleted from UniProtKB and can be found in UniParc, https://www. ...
由来: (組換発現)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)
発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0 10% w/v Polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.98→70.09 Å / Num. obs: 8219 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 3.98→4.12 Å / Num. unique obs: 829 / CC_1/2: 0.965

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.98→69.09 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2705	838	10.2 %
R_work	0.2052	-	-
obs	0.2122	8219	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.98→69.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6430	0	53	0	6483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.746	9044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.113	896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	955
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.98-4.23	0.3364	140	0.2506	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.55	0.278	133	0.219	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.01	0.2503	138	0.21	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-5.73	0.278	145	0.214	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
5.73-7.22	0.2955	149	0.2132	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
7.23-69.09	0.2328	133	0.1687	1255	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9535	-3.1244	-0.6159	4.0895	-0.0774	2.2527	0.3726	-0.6124	0.0045	-0.294	0.4925	-0.7434	-0.3379	0.8719	-0.3725	0.9106	0.0615	-0.03	1.2682	-0.3174	1.2051	60.2018	-20.3739	10.342
2	3.1219	-2.4859	-2.0303	2.121	0.9997	3.415	0.1919	0.6079	-0.8158	-0.6412	0.2165	-0.2634	0.1085	-0.6838	-0.3908	0.9285	-0.0082	-0.0507	0.8566	-0.1838	0.8771	55.4661	-22.6168	3.273
3	4.0888	0.6448	0.9387	3.5915	-0.5896	3.141	0.0441	0.2213	1.4825	-0.7572	0.3565	-0.812	-0.7729	0.5135	-0.1412	0.9605	-0.2978	0.1649	1.015	0.1016	0.8267	30.2113	-7.6823	-13.0191
4	3.6575	-1.0175	1.8681	2.579	-0.1276	3.2558	-0.0643	0.0332	-0.214	0.073	0.3639	-0.2736	-0.3108	0.4832	-0.361	0.6628	-0.0757	-0.0507	0.5159	0.0081	0.7211	25.4218	-21.2024	0.7414
5	5.9912	3.4519	1.4912	2.3717	0.8757	1.9723	-0.2872	0.2874	0.9495	0.1439	-0.0546	-0.1678	-0.5586	0.0661	0.4524	1.2497	-0.0465	0.029	0.5833	0.1286	1.0345	35.114	3.1251	21.2719
6	2.4288	-0.4376	0.8274	4.4502	0.0566	2.6634	0.1714	0.1214	-0.1798	0.0072	-0.0859	-0.0878	-0.5254	0.1754	-0.1253	0.906	-0.0143	-0.147	0.6742	-0.0773	0.7198	39.155	-4.6008	16.4216
7	3.4648	0.7504	0.9392	1.908	0.4669	5.1026	-0.2143	0.1772	-0.0375	0.0646	0.2055	0.0316	-0.0978	0.1535	0.0165	0.6262	0.0199	-0.0627	0.4057	-0.0538	0.7462	27.7267	-19.2245	8.5389
8	4.7949	-0.1753	-0.76	1.9693	1.324	2.6008	-0.3497	0.4519	0.0471	0.2845	-0.0979	0.2448	0.3632	-0.7489	0.3382	0.7226	0.0196	-0.1005	0.5833	0.0102	1.0869	9.5735	-16.0854	7.7952
9	0.9624	-1.8545	0.5901	4.0288	-0.9863	0.3959	0.2264	1.3449	1.7986	0.189	-0.2005	-0.9863	0.3016	-0.0768	-0.2363	1.1315	-0.4989	0.1251	2.4244	0.1595	1.4336	84.8508	-6.659	29.5617
10	7.6719	0.6994	7.1222	0.2654	0.0473	8.5641	-0.717	-0.3119	1.268	-0.7018	0.3564	-1.0862	-1.5816	1.1532	0.5766	1.3861	-0.3026	-0.4064	2.0996	-0.1344	1.5598	77.8593	-5.4677	42.3447
11	0.6126	-0.0103	-1.4529	-0.0159	0.0333	3.4244	-0.361	0.3105	-0.0271	-0.1397	0.4873	-0.8095	0.1792	1.0663	-0.3044	0.8987	-0.1311	-0.0731	1.8813	-0.1554	1.3044	73.0817	-14.9254	25.9679
12	0.388	0.2912	0.4504	0.5738	0.2316	0.4956	-0.2701	-0.5929	0.1444	0.2762	1.0959	-0.4421	-0.1492	1.3967	-0.6387	1.2413	0.1295	-0.0023	1.6125	-0.4278	1.4414	75.7978	-27.7489	13.6122
13	0.2233	0.7812	0.3272	2.6144	0.9518	1.3907	-0.0505	0.7009	-0.4568	-0.0724	0.1018	-0.5472	0.2626	0.5781	-0.2597	0.8748	-0.2306	0.0562	1.9084	0.0088	1.5534	76.5275	-9.6532	30.0052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 171 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 282 through 329 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 330 through 431 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 432 through 580 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 581 through 614 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 335 through 364 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 365 through 393 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 394 through 459 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 460 through 494 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 495 through 526 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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