PDB-9knp: X-ray structure of Pyrococcus horikoshii OT3 alcohol dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9knp

タイトル

X-ray structure of Pyrococcus horikoshii OT3 alcohol dehydrogenase

要素

375aa long hypothetical alchol dehydrogenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / group 3 alcohol dehydrogenase / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Nakamura, N.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of Pyrococcus horikoshii OT3 alcohol dehydrogenase
著者: Kamitori, S. / Nakamura, N.

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9knp.cif.gz	277.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9knp.ent.gz	216.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9knp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9knp_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9knp_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9knp_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	9knp_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/9knp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/9knp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 375aa long hypothetical alchol dehydrogenase

B: 375aa long hypothetical alchol dehydrogenase

ヘテロ分子

86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.890, 75.580, 166.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	375aa long hypothetical alchol dehydrogenase 分子量: 42480.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) 遺伝子: PH0743 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58517
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL 分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM potassium phosphate, 29% w/v polyethylene glycol 3350, 3 mM NAD+, 10 mM NiCl2, 2% v/v butanol, pH 4.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→19.5 Å / Num. obs: 63980 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / Num. unique obs: 4646 / CC_1/2: 0.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: An initial model was generated by PHYRE2 Server

解像度: 1.94→19.497 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 7.234 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	3170	4.955 %
R_work	0.2184	60810	-
all	0.22	-	-
obs	-	63980	98.192 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.441 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.114 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.497 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5836	0	100	458	6394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	5860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.645	8201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.253	1.578	13580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.168	5	749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.633	23.127	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.181	15	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.004	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	6691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	2	5352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.08	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.49	1.679	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.486	1.677	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.242	2.511	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.243	2.512	3750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.742	2.065	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.741	2.066	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.593	2.965	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.592	2.966	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.395	21.693	6891
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.26	21.398	6796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.99	0.306	248	0.253	4398	X-RAY DIFFRACTION	98.3697
1.99-2.045	0.253	230	0.188	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.045-2.104	0.241	238	0.189	4247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.169	0.213	207	0.188	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.24	0.448	184	0.406	3574	X-RAY DIFFRACTION	88.4027
2.24-2.318	0.605	168	0.575	3491	X-RAY DIFFRACTION	88.7891
2.318-2.406	0.219	208	0.175	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.406-2.504	0.243	184	0.171	3671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.504-2.615	0.201	180	0.159	3497	X-RAY DIFFRACTION	99.9728
2.615-2.743	0.2	171	0.166	3333	X-RAY DIFFRACTION	99.9715
2.743-2.891	0.251	178	0.172	3186	X-RAY DIFFRACTION	99.9406
2.891-3.066	0.224	175	0.178	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.9373
3.066-3.278	0.202	139	0.178	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.8356
3.278-3.54	0.214	136	0.188	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.8564
3.54-3.877	0.285	118	0.274	2464	X-RAY DIFFRACTION	99.2695
3.877-4.333	0.155	109	0.149	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.1098
4.333-5.001	0.154	101	0.147	2007	X-RAY DIFFRACTION	99.9526
5.001-6.12	0.239	88	0.191	1702	X-RAY DIFFRACTION	99.9442
6.12-8.632	0.222	81	0.175	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
8.632-19.4	0.181	27	0.184	734	X-RAY DIFFRACTION	89.5294

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4171	-0.0339	-0.1071	0.0124	-0.0381	0.3905	0.0017	0.0248	0.0418	0.0021	-0.0207	-0.0106	-0.0284	0.0148	0.019	0.0297	-0.0016	0.0013	0.0476	0.0142	0.0097	22.5385	48.2942	52.399
2	0.4867	-0.3047	-0.0747	0.4341	-0.0068	0.1148	0.0458	-0.0204	0.0427	0.0473	-0.0311	0.0337	0.0208	0.0181	-0.0147	0.0498	-0.0112	0.0234	0.0138	-0.015	0.0201	10.8707	50.4748	74.1262
3	0.5498	-0.0085	0.2062	0.0659	0.1093	0.2742	0.0124	0.0654	-0.0399	0.0166	-0.0096	0.0053	0.0248	-0.0016	-0.0028	0.0321	-0.0017	0.0012	0.0412	-0.0148	0.006	11.8411	15.4269	51.6302
4	0.4773	-0.0801	-0.0021	0.2974	0.2341	0.2096	0.0058	-0.0229	-0.0526	0.0911	0.0061	-0.0124	0.0481	0.0121	-0.0119	0.0787	-0.0061	-0.0142	0.0296	0.0135	0.0121	23.2051	12.4115	73.1267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	184 - 376
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	1 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	184 - 375

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)