PDB-9kew: Crystal structure of the PIN1 and fragment 29 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kew

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 29 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kew.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kew.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kew_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kew_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9kew_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	9kew_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9kew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9kew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kx7C 9kx9C 9kxcC 9kxdC 9kxeC 9kxfC 9kxgC 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxoC 9kxpC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.727, 69.727, 79.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1EFD / 2,3-dihydro-1-benzofuran-7-ylmethanol / 151155-53-2 分子量: 150.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 29886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 1.514 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 586131

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	18.5	1.155	1450	0.935	0.983	0.275	1.188	0.551	100
1.63-1.66	19.9	1.035	1488	0.958	0.989	0.238	1.062	0.571	100
1.66-1.69	19.9	0.866	1469	0.976	0.994	0.199	0.889	0.603	100
1.69-1.72	19.6	0.76	1475	0.974	0.993	0.176	0.781	0.634	100
1.72-1.76	19.8	0.656	1475	0.977	0.994	0.151	0.674	0.661	100
1.76-1.8	20.1	0.494	1475	0.988	0.997	0.113	0.507	0.728	100
1.8-1.85	19.6	0.406	1482	0.991	0.998	0.094	0.416	0.843	100
1.85-1.9	20.6	0.408	1461	0.988	0.997	0.093	0.419	1.058	100
1.9-1.95	19.3	0.388	1496	0.989	0.997	0.091	0.399	1.61	100
1.95-2.02	20.2	0.245	1459	0.993	0.998	0.056	0.251	1.262	100
2.02-2.09	19.3	0.229	1485	0.993	0.998	0.054	0.235	1.617	100
2.09-2.17	20.1	0.184	1500	0.995	0.999	0.042	0.189	1.574	100
2.17-2.27	19.1	0.165	1476	0.995	0.999	0.039	0.17	1.895	100
2.27-2.39	20.6	0.139	1505	0.996	0.999	0.032	0.143	1.771	100
2.39-2.54	20.2	0.123	1493	0.994	0.999	0.028	0.126	1.927	100
2.54-2.74	19.8	0.113	1497	0.997	0.999	0.026	0.116	2.198	100
2.74-3.01	19.9	0.097	1519	0.998	0.999	0.023	0.1	2.436	100
3.01-3.45	20	0.087	1516	0.998	1	0.02	0.089	2.907	100
3.45-4.34	18.2	0.073	1543	0.998	1	0.017	0.075	2.999	100
4.34-50	17.9	0.064	1622	0.998	1	0.015	0.066	2.35	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→28.22 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	1986	6.67 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.2033	29789	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1164	0	57	141	1362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.749	208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3185	138	0.2885	1933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.3053	143	0.2479	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.2395	141	0.2449	1978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.2507	142	0.2188	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.2633	141	0.2275	1925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.93	0.2522	138	0.225	1981	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.02	0.224	142	0.2266	1952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.2482	141	0.2035	1994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.26	0.2405	134	0.2075	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.2304	139	0.2024	1979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.68	0.2205	144	0.2192	2008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-3.06	0.2437	147	0.2063	1992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.86	0.1894	146	0.184	2030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-28.22	0.1869	150	0.1835	2115	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7881	0.7211	-0.3647	1.5315	0.5118	2.1868	-0.1748	0.0936	-0.1864	-0.0976	0.1495	-0.3797	0.0538	0.2688	0.042	0.2778	-0.1093	-0.0118	0.2481	0.007	0.2677	-19.4153	20.2416	6.7439
2	3.8968	-0.2196	-0.4391	1.8415	0.088	3.4943	-0.0146	0.0178	0.1517	-0.1485	0.0044	0.0834	-0.1224	-0.4263	0.004	0.1556	-0.0068	-0.0063	0.1915	0.0224	0.1749	-36.7728	29.6908	12.6824
3	1.542	-0.9675	-0.2498	1.8707	0.351	2.6018	-0.1093	0.0248	-0.1001	-0.0041	0.0642	0.0791	0.5006	-0.3597	0.0356	0.2448	-0.1071	0.0045	0.2211	0.0093	0.1898	-31.3283	16.8036	14.671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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