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- PDB-9kbr: Crystal structure of the methyltransferase-ribozyme 1 bound to DN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kbr
タイトルCrystal structure of the methyltransferase-ribozyme 1 bound to DNA substrate (with 1-methyl-adenosine)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*GP*(MA7)P*GP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / Ribozyme / Methyltransferase / MTR1 / O6-methylguanine
機能・相同性GUANINE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者He, Y. / Yan, K. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the methyltransferase ribozyme MTR1 bound to DNA substrate
著者: He, Y. / Yan, K. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
履歴
登録2024年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*GP*(MA7)P*GP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8968
ポリマ－19,6533
非ポリマー2435
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.196, 69.196, 65.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*GP*(MA7)P*GP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4255.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 7641.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*G)-3')


分子量: 7755.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM NaCl, 100mM LiCl, 10mM MgCl2, 34% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.93 Å / Num. obs: 9120 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 88.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 5.85 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1315 / CC1/2: 0.389 / Rpim(I) all: 2.303 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→34.6 Å / SU ML: 0.3966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 455 5.12 %
Rwork0.1887 8438 -
obs0.1905 8893 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 110.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1301 15 1 1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20362273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9165700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-3.030.37041540.35352648X-RAY DIFFRACTION92.9
3.03-3.820.26971540.22992876X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-34.60.18631470.1582914X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06588128564-0.6494574320920.7442670191031.28120786469-1.701540868492.00551725377-1.23225905026-0.785790185169-2.01928133945-0.407460745022-0.2269463759581.055603010551.25281468412-0.1439928797660.0033566576631.47158387417-0.3548941007470.2044826132661.43846914245-0.2267190897161.5871998823216.577474679218.4477518993-5.57000248704
27.435999764171.52123914256-0.2040219270382.389069925150.3268028462455.17314314085-0.22968157908-0.126931526766-0.646122363305-0.59090540469-0.2188191138440.23107161016-0.299441847713-0.407201715865-0.008056977873970.807772273580.0830511402362-0.08504839908240.5827370628590.03191563138330.64319045538627.392332880132.6973346792-2.80052767527
34.42799665568-0.0909214749137-2.380988550992.81723523488-0.8127550900144.21636026002-0.4066664830090.160135232867-0.550966826059-0.0771357104388-0.05525634019880.8306325721330.146423747827-1.036150436930.000115406346220.7134294853290.143780922176-0.09830176672980.923837268909-0.1459048793430.86406132126917.835991128732.23135232881.87865042126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:14)AA1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:24)BB1 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 25:48)CC25 - 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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