PDB-9k8u: Ethanol dehydrogenase of Bursaphelenchus xylophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k8u

タイトル

Ethanol dehydrogenase of Bursaphelenchus xylophilus

要素

alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / zinc-type

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bursaphelenchus xylophilus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Xing, Z.F. / Luo, X. / Li, X.Y. / Song, R.J. / Song, B.A.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ethanol dehydrogenase of Bursaphelenchus xylophilus
著者: Xing, Z.F.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k8u.cif.gz	536.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k8u.ent.gz	446.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9k8u_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k8u_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	9k8u_validation.xml.gz	58.4 KB	表示
CIF形式データ	9k8u_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/9k8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/9k8u	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (11) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: alcohol dehydrogenase

B: alcohol dehydrogenase

C: alcohol dehydrogenase

D: alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: alcohol dehydrogenase

D: alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

B: alcohol dehydrogenase

C: alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.707, 152.773, 63.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	alcohol dehydrogenase 分子量: 37485.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bursaphelenchus xylophilus (無脊椎動物) 遺伝子: BXYJ_LOCUS12742 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A1I7RMX2, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Dilithium sulfate 0.1M Hepes 0.1M PH7.5 PEG3350 25% / PH範囲: 7.2-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→45.48 Å / Num. obs: 29682 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.34 % / R_rim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 7.55
反射シェル	解像度: 2.81→2.98 Å / R_merge(I) obs: 1.725 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 4676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.81→43.1 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2984	1488	5.02 %
R_work	0.2577	-	-
obs	0.2597	29641	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→43.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10496	0	8	0	10504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	14499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.615	3892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1872

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.81-2.9	0.4056	134	0.3718	2439	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9-3	0.3639	129	0.3138	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.13	0.3178	135	0.3145	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
3.13-3.27	0.3588	139	0.3138	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-3.44	0.3269	142	0.2888	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.44-3.65	0.3483	136	0.2668	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.94	0.3227	136	0.2641	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
3.94-4.33	0.2668	131	0.2399	2564	X-RAY DIFFRACTION	99
4.33-4.96	0.264	137	0.2186	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
4.96-6.24	0.316	134	0.2636	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
6.25-43.1	0.2478	135	0.2295	2581	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9607	-1.0583	0.0405	1.8205	0.6125	3.2805	0.4383	-0.1092	-0.0302	-0.169	0.0421	0.5176	0.0471	0.0227	-0.4917	0.6331	0.0057	-0.0342	0.5636	0.1689	0.9112	-28.3516	46.0831	-24.591
2	1.9027	0.3731	-1.1276	2.2402	-2.6825	2.3344	0.1497	-0.3651	-0.0102	-0.1689	0.0779	0.3559	0.226	-0.0187	-0.0998	0.5967	0.0145	0.0012	0.4981	0.0753	0.7932	-24.9543	34.9408	-17.0441
3	2.0309	-0.2834	-0.8738	2.8553	1.7427	-0.8205	0.1225	0.2639	0.176	-0.1193	-0.0445	-0.0353	-0.1233	-0.0564	-0.0813	0.6728	0.0998	-0.0321	0.6035	0.1452	0.5548	-21.5433	25.2834	-27.7323
4	3.6073	-1.6616	1.226	2.0013	-0.8671	3.9306	0.5364	1.3659	-0.3586	-0.6132	0.0574	0.2216	0.015	0.1704	-0.3792	0.6908	-0.0913	-0.0601	1.0514	0.0432	0.7247	-30.9747	10.259	-39.7826
5	2.9061	0.3416	0.177	0.8315	-1.6415	3.3876	0.0444	0.6784	0.0306	-0.1263	0.1573	0.4437	-0.1481	-0.4627	-0.171	0.3686	0.0342	-0.025	0.6468	0.0622	0.4474	-33.7567	7.2425	-23.571
6	1.7932	-0.3675	0.4542	2.367	-0.3207	2.2386	0.0001	0.2838	-0.3967	-0.1333	0.0252	0.651	-0.1145	-0.0935	0.0233	0.6083	-0.0144	0.0982	0.7317	0.0681	0.7521	-26.4335	31.6351	-33.8167
7	1.1037	-0.021	-0.5088	0.7536	0.6694	0.6545	0.8114	0.225	1.0572	0.8357	-0.6374	-0.5083	-1.0335	0.2746	-0.1877	1.467	-0.1541	0.1641	0.7189	0.0336	1.3696	2.1144	39.5156	10.3312
8	2.9283	-0.1879	-1.0539	1.8968	-0.9155	5.4234	0.2574	0.4546	-0.1096	0.6093	-0.0506	-0.042	-1.1135	0.3151	-0.304	0.8534	-0.0166	0.0421	0.5067	-0.0877	0.6407	-2.2594	31.6988	-0.4962
9	2.2936	-0.086	0.0444	4.3566	-0.5081	2.2446	0.0307	-0.1902	-0.042	0.429	0.1228	0.2757	-0.3575	0.3078	-0.1257	0.5794	0.0623	0.0141	0.5326	-0.0182	0.331	-3.1621	13.1206	8.3798
10	3.2927	-0.4305	-0.2733	1.2243	-1.4961	2.6404	-0.0281	-0.2192	0.2357	-0.0682	-0.3825	-0.3323	0.2827	0.6553	0.3015	0.4563	0.0229	-0.0173	0.5287	0.0498	0.3587	5.5167	3.4237	-3.5544
11	5.2342	1.2577	0.108	2.4935	0.6486	1.9122	0.1124	-0.4888	-0.116	0.423	0.0319	-0.474	-1.1798	0.7204	-0.2044	0.9469	-0.2059	-0.0189	0.9679	-0.0281	0.4794	-0.8226	22.7674	14.1368
12	2.1389	0.7383	0.5818	2.5079	-1.0522	2.8809	0.0596	-0.0165	-0.0805	0.1785	0.1898	-0.0258	0.4066	0.1232	-0.0975	0.7224	0.0188	0.1	0.4084	-0.1564	0.7693	3.6577	-25.1557	-33.0819
13	4.7262	-0.1391	1.7083	1.8018	0.7479	1.8923	-0.6516	-0.3281	-0.625	0.3488	0.621	-0.3379	-0.4568	0.0203	0.0582	0.7672	0.1473	0.0853	0.4753	-0.0106	0.4855	6.5477	-17.4698	-26.2628
14	1.9455	0.571	0.3424	1.2089	1.7205	1.7254	-0.1077	0.028	-0.1559	-0.4131	-0.19	0.4884	-0.1385	-0.14	0.2508	0.5225	0.0442	-0.088	0.4418	-0.0769	0.5329	-5.9825	-13.7725	-26.1852
15	2.6286	-0.6362	1.4278	2.4845	-0.2346	3.6103	-0.0454	0.4774	0.0765	0.0538	0.2686	-0.35	-0.2733	0.9647	-0.1167	0.3738	-0.052	-0.0161	0.5853	-0.0677	0.3835	5.4537	12.9946	-28.3214
16	2.5057	0.2014	0.6016	3.7054	2.1494	2.8329	0.034	0.0692	-0.3023	-0.0312	0.0229	-0.3738	-0.061	0.6081	-0.1263	0.3391	-0.0148	-0.0379	0.7493	0.027	0.4751	6.8122	6.5006	-14.2725
17	2.767	-1.5184	-0.9915	2.9137	0.311	2.1852	-0.2133	-0.0815	0.1333	0.0485	-0.0425	-0.2024	0.1438	0.0829	0.2319	0.5771	-0.0073	0.0089	0.5939	-0.0321	0.5313	3.1933	-8.4387	-36.9446
18	1.2067	0.2852	0.6195	-0.1552	0.6336	-0.2082	0.8049	-0.1382	0.017	-0.656	-0.0798	0.4218	0.1279	-0.5411	-0.8222	1.4416	0.0515	0.0718	0.8619	0.3555	1.8716	-32.5962	-29.6128	-5.9822
19	2.2169	-0.5806	-0.1157	2.3597	-1.2059	2.2617	0.1866	0.0414	-0.5564	0.0997	0.1721	1.292	0.4827	-0.1896	-0.1998	0.806	-0.0705	-0.0059	0.637	0.11	1.2498	-26.1008	-19.2942	-10.0206
20	2.2491	-1.1954	-0.7657	2.462	2.5747	1.673	-0.4396	-0.1584	-0.1083	-0.1424	0.1927	0.1154	0.3377	0.091	0.1361	0.5033	0.0677	0.1224	0.5655	0.2255	0.7354	-26.2523	-1.2458	1.7124
21	2.4753	2.0104	-1.083	1.9058	-0.1859	2.3833	0.8773	-0.6027	0.5624	0.4785	-0.857	0.4861	-0.6444	-0.3933	-0.1117	0.9825	0.132	0.2143	0.9028	-0.0534	0.661	-36.5235	7.2483	10.1839
22	2.7393	0.5057	-1.6695	2.2354	-0.6418	2.4816	-0.3059	-0.1297	-0.7281	0.4567	0.467	0.2768	-0.0511	-0.1736	-0.1276	0.45	0.0741	-0.0214	0.512	0.0336	0.6163	-32.2078	2.8041	-3.1008
23	3.9779	0.9725	-0.1995	1.4999	2.1073	3.4391	-0.5671	1.501	0.9155	0.9092	0.5936	-0.096	-0.3001	-1.0532	-0.802	1.4163	0.1027	0.6652	1.3756	0.5542	2.8895	-40.3838	-17.8656	4.6425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 193 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 194 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 347 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 43 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 44 through 121 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 122 through 226 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 227 through 297 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 298 through 347 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 43 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 44 through 76 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 77 through 165 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 166 through 267 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 268 through 297 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 298 through 347 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1 through 43 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 44 through 145 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 146 through 194 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 195 through 226 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 227 through 326 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 327 through 346 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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