PDB-9jwe: Native Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jwe

タイトル

Native Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.287 Å

データ登録者

Lim, S.W. / Kim, C.U.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2025
タイトル: Conformational flexibility of His200 enables catalytic activity in the T200H mutant of carbonic anhydrase II.
著者: Lim, S.W. / Jeong, H. / Kim, G.H. / Min, D. / Kim, J.K. / Kim, C.U.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jwe.cif.gz	170.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jwe.ent.gz	102 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jwe_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jwe_full_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示
XML形式データ	9jwe_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	9jwe_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jwuC 9jwwC 9u5bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.133, 41.234, 72.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.411, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 30117.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3M of Sodium Citrate, 50mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.287→50 Å / Num. obs: 61110 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 1.287→1.31 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2635 / CC_1/2: 0.637 / CC star: 0.882 / R_pim(I) all: 0.359 / R_rim(I) all: 0.79 / Χ²: 0.886 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.287→29.005 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.6 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1698	2904	4.964 %
R_work	0.1384	55602	-
all	0.14	-	-
obs	-	58506	95.584 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.136 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.053 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-0.221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.128 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.287→29.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	1	304	2354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.66	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.624	1.598	4746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.001	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.775	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.787	10	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.345	10	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.227	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.296	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.167	1.242	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.167	1.241	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.594	2.237	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.595	2.24	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.336	1.456	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.336	1.46	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.782	2.546	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.781	2.549	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.972	16.176	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.616	14.023	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.796	3	4266

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.287-1.32	0.354	174	0.327	3740	0.328	4493	0.965	0.972	87.1133	0.303
1.32-1.356	0.293	169	0.262	3892	0.263	4340	0.971	0.978	93.5714	0.235
1.356-1.396	0.26	191	0.195	3830	0.198	4262	0.97	0.983	94.3454	0.169
1.396-1.439	0.186	200	0.154	3741	0.156	4156	0.978	0.987	94.8268	0.128
1.439-1.486	0.199	199	0.131	3597	0.134	4006	0.975	0.99	94.7579	0.108
1.486-1.538	0.165	183	0.119	3522	0.121	3891	0.984	0.992	95.2197	0.099
1.538-1.595	0.148	192	0.108	3398	0.11	3756	0.988	0.993	95.5804	0.089
1.595-1.66	0.166	185	0.107	3262	0.11	3594	0.983	0.993	95.9099	0.091
1.66-1.734	0.147	168	0.102	3187	0.104	3482	0.987	0.994	96.3527	0.089
1.734-1.818	0.152	176	0.104	3020	0.106	3313	0.986	0.994	96.4685	0.093
1.818-1.916	0.157	125	0.113	2930	0.115	3160	0.988	0.993	96.6772	0.103
1.916-2.032	0.138	153	0.119	2767	0.12	2995	0.988	0.993	97.4958	0.111
2.032-2.171	0.133	136	0.124	2613	0.125	2813	0.989	0.992	97.7248	0.118
2.171-2.344	0.131	119	0.113	2454	0.114	2634	0.989	0.993	97.6841	0.109
2.344-2.566	0.151	140	0.126	2250	0.128	2428	0.986	0.99	98.4349	0.126
2.566-2.867	0.164	116	0.137	2033	0.139	2183	0.982	0.988	98.4425	0.142
2.867-3.305	0.184	107	0.147	1820	0.149	1949	0.98	0.986	98.8712	0.157
3.305-4.034	0.157	78	0.139	1581	0.14	1674	0.986	0.988	99.1039	0.159
4.034-5.651	0.188	62	0.154	1227	0.156	1298	0.986	0.99	99.3066	0.179
5.651-29.005	0.25	31	0.199	738	0.201	775	0.978	0.978	99.2258	0.23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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