PDB-9jna: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Meropenem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jna

タイトル

Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Meropenem

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Carbapenemase / muatant / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Meropenem
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jna.cif.gz	266.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jna.ent.gz	175 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jna_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jna_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9jna_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	9jna_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.311, 51.08, 130.829
Angle α, β, γ (deg.)	90, 92.177, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME E166A 分子量: 30345.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 88分子

#2: 化合物	ChemComp-DWZ / (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / Meropenem, bound form 分子量: 385.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→25.54 Å / Num. obs: 18976 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 1940 / CC_1/2: 0.941

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→25.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / SU B: 21.264 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.314 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	973	5.131 %
R_work	0.1874	17990	-
all	0.191	-	-
obs	-	18963	99.847 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.634 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.022 Å²	-0 Å²	0.2 Å²
2-	-	0.408 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.598 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4108	0	87	81	4276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.905	1.82	5757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.573	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.777	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.999	10	739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.289	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.885	0.588	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.497	1.053	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.109	0.645	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.844	1.169	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.127	6.822	6592
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.241	3	4274

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.333	82	0.222	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.9263
2.462-2.529	0.33	76	0.214	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.601	0.306	68	0.198	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.68	0.217	79	0.184	1170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.767	0.281	75	0.198	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.767-2.863	0.331	57	0.197	1156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.863-2.97	0.252	50	0.2	1091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.089	0.281	48	0.202	1048	X-RAY DIFFRACTION	100
3.089-3.225	0.307	39	0.2	1029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.379	0.245	45	0.189	993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.379-3.559	0.242	52	0.186	930	X-RAY DIFFRACTION	99.8983
3.559-3.77	0.263	42	0.187	871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.024	0.247	43	0.169	861	X-RAY DIFFRACTION	100
4.024-4.338	0.236	49	0.156	745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.338-4.738	0.197	44	0.162	715	X-RAY DIFFRACTION	99.8684
4.738-5.275	0.272	32	0.161	670	X-RAY DIFFRACTION	100
5.275-6.048	0.288	25	0.199	583	X-RAY DIFFRACTION	100
6.048-7.305	0.274	39	0.198	498	X-RAY DIFFRACTION	100
7.305-9.933	0.17	21	0.156	392	X-RAY DIFFRACTION	99.7585
9.933-25.54	0.267	7	0.195	263	X-RAY DIFFRACTION	98.5401

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0626	0.4444	-0.4944	1.5613	-0.3589	1.6261	-0.0389	-0.031	0.0186	-0.1441	0.0477	-0.0224	0.0163	0.004	-0.0088	0.0719	0.0027	-0.0214	0.0143	-0.0026	0.0116	13.9745	0.0999	50.0797
2	1.4967	-0.5652	-0.3111	1.9883	0.217	1.5622	0.0385	0.1006	0.0499	0.046	-0.0453	-0.0201	0.0055	0.0328	0.0068	0.079	-0.053	-0.0087	0.058	0.0098	0.0035	17.4458	23.4129	15.4496

精密化 TLSグループ

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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