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- PDB-9jg7: Artificial serine-dependent beta-lactamase, S2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jg7
タイトルArtificial serine-dependent beta-lactamase, S2
要素artificial serine-dependent beta-lactamase
キーワードELECTRON TRANSPORT / beta-lactamase / oligomeric protein
機能・相同性HEME C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Song, W.J. / Yu, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C4001207 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Chemical crossover between metallo- and serine-dependent beta-lactamases
著者: Song, W.J. / Yu, J.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: artificial serine-dependent beta-lactamase
C: artificial serine-dependent beta-lactamase
E: artificial serine-dependent beta-lactamase
G: artificial serine-dependent beta-lactamase
I: artificial serine-dependent beta-lactamase
K: artificial serine-dependent beta-lactamase
M: artificial serine-dependent beta-lactamase
O: artificial serine-dependent beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,23043
ポリマ－94,3468
非ポリマー7,88435
水8,341463
1
A: artificial serine-dependent beta-lactamase
G: artificial serine-dependent beta-lactamase
K: artificial serine-dependent beta-lactamase
M: artificial serine-dependent beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,31424
ポリマ－47,1734
非ポリマー4,14120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
2
C: artificial serine-dependent beta-lactamase
E: artificial serine-dependent beta-lactamase
I: artificial serine-dependent beta-lactamase
O: artificial serine-dependent beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,91619
ポリマ－47,1734
非ポリマー3,74315
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.099, 92.031, 142.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ACEGIKMO

#1: タンパク質
artificial serine-dependent beta-lactamase


分子量: 11793.220 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 498分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% (v/v) PEG 400, 200mM ammonium acetate, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 66971 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 2.03 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 1210150
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.8214.71.48741260.7520.9260.4021.5411.453100
1.82-1.8514.71.27841020.7960.9410.3441.3241.489100
1.85-1.8914.71.12741320.850.9580.3041.1671.527100
1.89-1.9314.70.88741310.8920.9710.2390.9191.558100
1.93-1.9714.70.7241420.920.9790.1940.7461.582100
1.97-2.0214.70.63341180.9370.9830.1710.6561.635100
2.02-2.0714.70.47641430.9560.9890.1280.4931.715100
2.07-2.1214.70.36341200.9760.9940.0980.3761.748100
2.12-2.1814.70.30341630.9820.9950.0820.3131.819100
2.18-2.2614.70.25241500.9870.9970.0680.2611.894100
2.26-2.3414.70.22841390.990.9970.0610.2361.879100
2.34-2.4314.70.18741680.9920.9980.050.1941.951100
2.43-2.5414.70.1541700.9950.9990.040.1552.046100
2.54-2.6714.60.1341610.9970.9990.0350.1342.116100
2.67-2.8414.60.10841880.9970.9990.0290.1122.259100
2.84-3.0614.50.08642060.9980.9990.0230.092.514100
3.06-3.3714.40.07742050.99810.0210.082.675100
3.37-3.8614.20.06742180.99910.0180.0692.948100
3.86-4.86140.0642960.99810.0170.0632.909100
4.86-5012.70.06144430.9980.9990.0180.0642.98399.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→35.72 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 3387 5.07 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.1866 66819 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→35.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6608 0 512 464 7584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.919902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7142667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.960.25641420.20772559X-RAY DIFFRACTION98
1.96-1.990.25431550.20972568X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.020.24371270.20132631X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.26771470.20582605X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.090.25121160.19462649X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.24111570.18342577X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.25641430.17872631X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.21751300.17872596X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.260.26251500.18532629X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.310.24141330.1932643X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.23461250.18992638X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.430.26811290.19262639X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.50.26241410.18872627X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.23411450.1892656X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.680.26951260.19942620X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.780.26721390.212658X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.910.25241500.18932647X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.060.26011310.19652656X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.260.23321450.20452658X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.510.25051390.18862652X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.860.21791560.16932665X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.420.18171450.15872699X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.560.17531460.15972729X-RAY DIFFRACTION100
5.56-35.720.21241700.17862800X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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