PDB-9ikt: Crystal structure of the tetrapyrrole binding domain in CoaR at 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ikt

タイトル

Crystal structure of the tetrapyrrole binding domain in CoaR at 2 angstrom resolution

要素

Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CoaR / tetrapyrrole binding / cobalt binding

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Liu, X.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the tetrapyrrole binding domain in CoaR at 2 angstrom resolution
著者: Liu, X.C.

履歴

登録	2024年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase

B: Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase

ヘテロ分子

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.854, 100.465, 48.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab

#1: タンパク質	Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase 分子量: 23251.732 Da / 分子数: 2 / 断片: tetrapyrrole binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 遺伝子: merR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55938
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: BICINE, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97881 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97881 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→34.1 Å / Num. obs: 29854 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2167 / CC_1/2: 0.808 / R_pim(I) all: 0.546 / R_rim(I) all: 1.638 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→34.09 Å / SU ML: 0.2093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0976
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2205	1456	4.91 %	RANDOM
R_work	0.1912	28221	-	-
obs	0.1926	29677	99.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→34.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2673	0	25	111	2809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	2755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8541	3760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0541	471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0699	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.1	0.3811	145	0.3218	2718	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.1-2.19	0.2882	146	0.2462	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.19-2.29	0.2927	155	0.2577	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.29-2.41	0.2299	144	0.1988	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.41-2.56	0.2484	140	0.2019	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.56-2.75	0.237	141	0.2105	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.75-3.03	0.222	139	0.2022	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.03-3.47	0.2397	147	0.1874	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.47-4.37	0.1839	133	0.1633	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.37-34.09	0.1767	166	0.1601	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.26557043485	-0.34836298107	-0.0574767344851	1.92733092006	0.011182832489	1.11953818013	0.128643807523	0.115056747165	0.398876006734	-0.036992575046	-0.107153238088	-0.245013573652	-0.0583200647871	0.0919202174243	-0.0106144458661	0.319870399727	0.011931983282	0.0667334515615	0.254381336827	0.0557805745775	0.366671130181	37.8297461297	7.6141664084	10.6684952984
2	1.61000470045	-0.128029890362	-0.451578852282	2.82218588652	-0.286951465072	2.42623289454	-0.10176834813	0.346249152488	0.00285945456748	-0.490357745792	0.340962767014	0.0113261442799	0.0745310229373	-0.206950388373	-0.104699203252	0.292204850311	-0.0700331452826	0.0030095584919	0.270770401911	-0.0129789844446	0.274714854179	27.3262980283	-10.5198599062	9.14918055052
3	4.94950206413	-0.593015571233	-2.1762539462	3.12822668105	1.54949301014	4.48955561311	0.108790041183	-0.410774420447	-0.36392236292	0.0375030374218	0.336598652625	0.928471859104	0.394658269826	-0.793548372201	-0.117820705311	0.235319409537	-0.0570694278008	-0.00125601056732	0.393433027065	0.153996675204	0.48244924345	18.7960313544	-17.1163042432	26.3506428759
4	1.32222924017	-0.229322538672	0.237233891084	2.73248900486	-1.61803233429	2.4079861047	0.0149470007928	-0.0805719773941	0.0509726147095	0.155219543785	0.0942725398368	-0.160238897529	-0.240975729305	0.0222664310449	-0.0616509292767	0.241717220373	-0.0151189973675	0.0385105217329	0.203384311111	-0.00348522689203	0.2811980036	31.9259691986	-8.24105672016	20.9693607847
5	3.37535714445	-2.00255140458	0.383894403245	2.853082299	1.03880770251	1.43829000872	-0.499346031364	-0.748777237862	-0.29420001181	1.26885836922	0.315894012097	0.244250803883	0.0120722359278	-0.531536637878	-0.0586256531986	0.625128912471	0.175574061849	0.179419786718	0.513918476209	0.0458205183132	0.425154355624	15.4140274203	7.04675775551	31.9668837024
6	0.761332366721	-0.995036785794	0.141929364115	3.26467202743	-0.984430981991	1.52211743658	-0.156755330311	-0.151825378708	-0.0452933574232	0.658276995837	0.28104015656	0.00383545281067	0.0882601864808	0.00369127402827	-0.0138220969379	0.371343315008	0.02377813039	0.0704505117658	0.27073053248	0.0355689421259	0.344449078931	17.2359834218	10.8570186834	23.0700770581
7	2.50308364153	0.824761007367	1.2201609665	2.56138591213	0.0966328378598	5.34709129861	-0.0136152501283	-0.293745778187	0.0101917169622	-0.0250381942591	0.0748441428464	0.912727997587	-0.116016103269	-0.984702629863	0.121058843729	0.204562799306	-0.0701697594115	-0.00361401006243	0.381894457347	0.0231509230034	0.524019241604	4.12838212563	16.4625696133	13.7910365309
8	2.27762839992	-1.18948496674	0.673061871306	2.50813090999	0.190382492869	1.93353395802	0.160118766222	-0.0158121863266	-0.554778329633	-0.54627480891	-0.195369689744	0.365253355693	0.618306516731	-0.408213408157	-0.0576149936241	0.484996450767	-0.0943468620752	-0.0295943654894	0.29958335808	-0.0751799774879	0.441968646227	12.183561653	8.04683604027	3.29776544866
9	1.83580333347	2.47873075533	-1.85823353361	4.07362025734	-3.14588637554	2.44229185457	-0.187332052061	1.42644068562	-0.334557012832	-1.69080966491	-0.127277004442	-0.373802361678	0.588247406222	0.693306084829	-0.0924971230542	0.920534696897	0.0450886063005	0.139028332556	0.633013316154	-0.0522460994011	0.417451213563	22.8040833398	18.0488521592	-8.22159679767
10	2.63822453906	-0.601499416805	-0.0202088418456	3.01380910163	-0.502526224616	2.7827001826	0.063603055996	0.426478837907	0.197640439822	-1.04927144664	-0.0191484769139	0.067833350357	-0.145105544914	-0.320978560635	-0.00831005104228	0.555298101345	-0.00447372053581	-0.0594149478496	0.327702233213	-0.00703599994237	0.345126975069	14.4845419009	21.9482868143	-3.00429094935
11	2.04287908459	-0.989051101055	0.453616322564	2.85329536457	-0.62108456536	2.57633106468	-0.00194072370479	0.0416392049849	0.186254266328	-0.321358841928	-0.0449357506515	-0.232760234011	-0.0592915913773	-0.0593849422691	0.0667386227693	0.287704281049	-0.0105179717959	0.0489884596018	0.194241838524	0.00519937084902	0.240887122491	18.7391350972	23.3490941618	6.35150847863
12	6.76081441967	-0.314681363837	-1.25944416698	3.36871977741	1.42838429358	2.33679853947	-0.260011775632	-0.103181470653	0.345734208774	-0.033170090529	0.219124030839	-0.0249841936073	-0.225562738029	0.152026716914	0.114369619965	0.216871095812	-0.0177565586337	0.0483161604665	0.206026916325	-0.0288721621416	0.284139413054	22.3523643045	26.7993715408	13.8072555779
13	1.48711180431	-1.64614083359	0.0900225330611	4.38576203662	-0.587913240982	2.64536153886	0.0222309857702	-0.039215049782	-0.204142201579	-0.0375446544927	0.0303149236064	-0.194106001569	0.360444336585	-0.0824251046214	-0.00949053578877	0.227009419058	-0.0348187500227	0.0168082693367	0.193886318045	0.01558187079	0.293995720653	15.0599263422	14.4600506735	14.5072334607

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 165 through 204 )	A	A	165 - 204	1 - 40
2	2	chain 'A' and (resid 205 through 247 )	A	A	205 - 247	41 - 83
3	3	chain 'A' and (resid 248 through 276 )	A	A	248 - 276	84 - 102
4	4	chain 'A' and (resid 277 through 358 )	A	A	277 - 358	103 - 184
5	5	chain 'B' and (resid 165 through 179 )	B	D	165 - 179	1 - 15
6	6	chain 'B' and (resid 180 through 204 )	B	D	180 - 204	16 - 40
7	7	chain 'B' and (resid 205 through 217 )	B	D	205 - 217	41 - 53
8	8	chain 'B' and (resid 218 through 247 )	B	D	218 - 247	54 - 83
9	9	chain 'B' and (resid 248 through 269 )	B	D	248 - 269	84 - 91
10	10	chain 'B' and (resid 270 through 281 )	B	D	270 - 281	92 - 103
11	11	chain 'B' and (resid 282 through 318 )	B	D	282 - 318	104 - 140
12	12	chain 'B' and (resid 319 through 327 )	B	D	319 - 327	141 - 149
13	13	chain 'B' and (resid 328 through 358 )	B	D	328 - 358	150 - 180

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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