PDB-9ika: Crystal structure of the tetrapyrrole binding domain in CoaR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ika

タイトル

Crystal structure of the tetrapyrrole binding domain in CoaR

要素

Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / corrin binding / cobalt response

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Liu, X.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the tetrapyrrole binding domain in CoaR
著者: Liu, X.C.

履歴

登録	2024年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ika.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ika.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ika.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ika_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ika_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	9ika_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	9ika_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/9ika ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/9ika	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase

B: Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase

ヘテロ分子

46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.365, 101.500, 48.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Mercuric resistance operon regulatory protein precorrin isomerase 分子量: 23251.732 Da / 分子数: 2 / 断片: tetrapyrrole binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 遺伝子: merR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55938
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: (NH4)2SO4, Tris, PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97881 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97881 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→34.58 Å / Num. obs: 22245 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.59 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1421 / CC_1/2: 0.22 / R_pim(I) all: 0.533 / R_rim(I) all: 0.997 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.26→34.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.56 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	1076	4.848 %
R_work	0.1921	21121	-
all	0.193	-	-
obs	-	22197	98.009 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.195 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.278 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.084 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→34.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2639	0	12	119	2770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.114	1.796	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.396	1.724	6234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.868	5	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.946	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.582	10	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.522	10	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.882	3.472	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.881	3.472	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.204	6.228	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.203	6.231	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.336	3.907	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.336	3.909	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.124	7.007	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.123	7.008	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.15	33.763	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.077	33.211	2800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.316	0.292	59	0.297	1325	X-RAY DIFFRACTION	83.7266
2.316-2.38	0.28	87	0.263	1389	X-RAY DIFFRACTION	94.0727
2.38-2.448	0.279	69	0.221	1439	X-RAY DIFFRACTION	96.1122
2.448-2.523	0.268	77	0.221	1419	X-RAY DIFFRACTION	99.4681
2.523-2.605	0.214	85	0.224	1389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.696	0.22	78	0.215	1336	X-RAY DIFFRACTION	99.8588
2.696-2.797	0.246	74	0.205	1287	X-RAY DIFFRACTION	99.9266
2.797-2.911	0.294	50	0.194	1272	X-RAY DIFFRACTION	99.8489
2.911-3.039	0.241	58	0.204	1239	X-RAY DIFFRACTION	99.846
3.039-3.186	0.254	53	0.194	1156	X-RAY DIFFRACTION	100
3.186-3.357	0.237	62	0.198	1092	X-RAY DIFFRACTION	99.9134
3.357-3.559	0.167	39	0.189	1075	X-RAY DIFFRACTION	99.8208
3.559-3.802	0.221	39	0.191	1012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.802-4.102	0.192	45	0.165	935	X-RAY DIFFRACTION	100
4.102-4.487	0.179	30	0.165	876	X-RAY DIFFRACTION	100
4.487-5.006	0.128	40	0.146	778	X-RAY DIFFRACTION	100
5.006-5.761	0.219	42	0.166	701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.761-7.007	0.189	32	0.208	618	X-RAY DIFFRACTION	100
7.007-9.712	0.146	43	0.152	470	X-RAY DIFFRACTION	100
9.712-34.556	0.184	14	0.204	313	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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