PDB-9ihv: Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex ae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ihv

タイトル

Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus mutant D352N in complex with maltopentaose

要素

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus / complex / maltopentaose / mutant

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / catalytic activity / carbohydrate metabolic process / alpha-maltopentaose / Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.783 Å

データ登録者

Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Yu, F.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of GH57 family amylopullulanase reveals its dual binding pockets sharing the same catalytic dyad.
著者: Zhu, Z. / Wang, W. / Li, M. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L. / Wang, Q. / Yu, F.

履歴

登録	2024年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ihv.cif.gz	416.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ihv.ent.gz	342.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ihv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ihv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ihv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ihv_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	9ihv_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/9ihv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/9ihv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zyiC 9ihtC 9ihuC 9ihwC 9ihxC 9ii0C 9ii1C 9k7cC 9k7dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.007, 39.825, 194.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

分子量: 57252.250 Da / 分子数: 2 / 変異: D352N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
遺伝子: aq_720 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化	温度: 338 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→193.29 Å / Num. obs: 89674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.228 / R_pim(I) all: 0.096 / R_rim(I) all: 0.248 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 596482
反射シェル	解像度: 1.78→1.88 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 2.272 / Num. measured all: 87356 / Num. unique obs: 12939 / CC_1/2: 0.419 / R_pim(I) all: 0.939 / R_rim(I) all: 2.462 / Χ²: 0.74 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.783→96.643 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2124	4458	4.99 %
R_work	0.1728	-	-
obs	0.1748	89257	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.783→96.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8088	0	124	572	8784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.922	11434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.128	5030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.783-1.8033	0.3519	122	0.3212	2639	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8033-1.8245	0.3215	151	0.2927	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8245-1.8467	0.3425	138	0.2896	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8467-1.8701	0.3153	135	0.2643	2841	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8701-1.8947	0.2559	128	0.2512	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8947-1.9207	0.2887	152	0.2331	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9207-1.9481	0.2285	145	0.2196	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9481-1.9772	0.2973	134	0.2178	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9772-2.0081	0.2574	172	0.1966	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0081-2.041	0.2174	149	0.1843	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0762	0.247	155	0.1842	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0762-2.114	0.2245	151	0.1832	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.114-2.1546	0.2184	136	0.1821	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1546-2.1986	0.2251	153	0.1664	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1986-2.2464	0.2466	148	0.1641	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.2987	0.2025	138	0.1608	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2987-2.3562	0.2032	152	0.1537	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3562-2.4199	0.1957	143	0.1573	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4199-2.4911	0.1946	147	0.1553	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4911-2.5715	0.226	124	0.1563	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5715-2.6634	0.2015	184	0.1504	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6634-2.7701	0.1784	152	0.1506	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7701-2.8962	0.1782	153	0.1447	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8962-3.0489	0.1771	145	0.1471	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0489-3.2399	0.1819	129	0.1556	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2399-3.4901	0.1882	146	0.1499	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4901-3.8413	0.1827	173	0.1425	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8413-4.3971	0.1821	163	0.1415	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3971-5.5399	0.1855	159	0.151	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5399-96.643	0.2214	181	0.1956	2982	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7403	0.1522	-0.0319	0.5043	-0.1167	0.4331	-0.0425	-0.0698	-0.1282	-0.0662	0.0333	0.0251	0.1136	-0.0254	0.0143	0.043	-0.0155	-0.0051	0.0428	0.0111	0.0703	-9.9235	11.1082	70.049
2	0.8656	-0.3373	-0.4928	0.2796	0.1997	1.0853	-0.057	-0.3142	0.0683	0.0622	0.0505	0.0058	0.0671	-0.0102	-0.024	0.1022	-0.0065	-0.0175	0.2452	-0.0053	0.1094	-19.4329	17.6568	89.4498
3	1.1683	0.0618	-0.7677	0.512	-0.0867	1.1455	0.0608	0.0623	0.1893	-0.0182	-0.0326	0.0295	-0.1528	-0.3212	0.0029	0.0113	-0.0233	-0.0107	0.1248	0.0101	0.1116	-25.1912	19.2286	76.8609
4	0.8705	-0.1429	0.148	0.2711	-0.0781	0.9537	-0.0189	0.07	-0.0725	-0.0831	0.0456	-0.0234	0.0212	0.1863	-0.0105	0.0429	-0.0229	0.0032	0.0416	-0.0054	0.0855	7.5552	12.0485	65.3375
5	1.0408	0.1155	-0.139	0.5286	-0.0721	1.3678	0.0233	0.1197	0.0025	-0.2528	0.0689	0.0732	-0.1893	0.0064	-0.0666	0.1344	-0.0386	-0.0272	0.0533	0.0308	0.072	-7.7446	19.7386	52.624
6	0.855	0.237	0.2008	0.7351	0.1191	1.3876	-0.0722	-0.1114	0.1528	0.0502	0.0205	-0.1381	-0.2567	0.2551	0.0293	-0.0109	-0.0149	-0.009	0.1319	-0.0103	0.0887	12.4341	18.0014	75.8815
7	2.6399	-0.0305	0.2033	0.7701	0.1597	1.7746	-0.0142	-0.3356	0.0874	0.2709	-0.0921	0.0238	-0.1377	-0.0427	-0.0105	-0.0243	-0.0095	-0.0281	0.1928	0.0041	0.0618	2.2026	14.1749	86.4348
8	1.1334	0.1558	-0.2727	0.3924	-0.0579	0.7806	-0.048	0.2512	-0.1064	-0.0481	-0.0248	-0.0165	0.0723	0.0063	0.0346	0.0937	0.0218	-0.0129	0.0934	-0.0162	0.0665	-23.6436	31.8273	19.6454
9	1.0721	-0.2043	-0.2551	0.5217	0.1046	1.7008	0.0251	0.2454	0.0208	-0.0479	-0.0344	-0.0209	-0.1003	0.471	0.0294	0.0731	0.0197	0.0106	0.1593	0.0026	0.0908	-11.3099	37.2623	16.5965
10	1.0238	0.0997	-0.1902	0.6078	0.0597	1.0827	0.0256	0.1114	-0.1702	0.0247	0.0207	0.0333	0.1612	-0.2074	-0.009	0.1053	-0.01	-0.0126	0.0541	-0.0141	0.1015	-43.8801	27.0273	30.0623
11	0.5995	-0.0835	0.1915	0.6172	-0.1031	0.8145	0.1905	0.0812	0.2168	0.2265	-0.0282	0.0668	-0.365	-0.2631	0.0544	0.1995	0.0016	0.045	-0.0186	-0.045	0.0831	-32.9803	41.4797	42.0651
12	1.1417	0.1813	-0.0018	0.5557	0.0282	0.7223	0.0609	0.003	0.057	0.0737	-0.0398	0.0207	-0.0666	-0.0668	-0.0237	0.0999	0.0057	0.0151	0.0309	-0.0068	0.0727	-36.2522	36.1465	34.2295
13	2.3908	-0.0123	-0.0115	1.3502	-0.1939	2.4469	-0.0061	0.4124	0.077	-0.1084	-0.0295	-0.0598	-0.0233	-0.1036	0.0083	0.0936	0.0086	-0.0166	0.2096	-0.0028	0.0656	-40.5199	32.7538	12.1618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 185 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 322 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 323 through 396 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 397 through 435 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 436 through 477 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 185 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 186 through 278 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 279 through 360 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 361 through 435 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 436 through 477 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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