PDB-9hi4: Structure of FI6-focused design_03 scaffold in complex with FI6-Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hi4

タイトル

Structure of FI6-focused design_03 scaffold in complex with FI6-Fab

要素

(FI6-focused design_03) x 2
FI6 Fab Heavy chain
FI6 Fab Light chain

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / scaffold / influenza

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Bacteroides uniformis ATCC 8492 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cramer, J.T. / Krey, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of FI6-focused design_03 scaffold in complex with FI6-Fab
著者: Cramer, J.T. / Krey, T.

履歴

登録	2024年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hi4.cif.gz	675.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hi4.ent.gz	457.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hi4_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hi4_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	9hi4_validation.xml.gz	70.8 KB	表示
CIF形式データ	9hi4_validation.cif.gz	98.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hi4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ztjS 4iyjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FI6 Fab Heavy chain

B: FI6 Fab Light chain

C: FI6-focused design_03

D: FI6-focused design_03

K: FI6 Fab Heavy chain

L: FI6 Fab Light chain

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FI6 Fab Heavy chain

B: FI6 Fab Light chain

D: FI6-focused design_03

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
74.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FI6-focused design_03

K: FI6 Fab Heavy chain

L: FI6 Fab Light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.230, 78.140, 118.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質	FI6-focused design_03 分子量: 25012.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides uniformis ATCC 8492 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: タンパク質	FI6-focused design_03 分子量: 24932.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides uniformis ATCC 8492 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
抗体 , 2種, 4分子 AKBL

#1: 抗体	FI6 Fab Heavy chain 分子量: 25368.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: 抗体	FI6 Fab Light chain 分子量: 24177.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
非ポリマー , 3種, 1388分子

#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 13% (w/V) PEG 8000, 20% (V/V) Glycerol, 80 mM Sodium cacodylate pH 6.5, 160 mM Calcium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980107 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.980107 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→44.84 Å / Num. obs: 180116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.945 % / B_iso Wilson estimate: 35.294 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.872 / Net I/σ(I): 13.79

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	7.094	1.747	1.08	13285	0.585	1.885	99.9
1.74-1.79	7.064	1.303	1.5	12937	0.683	1.406	100
1.79-1.84	6.98	0.993	1.99	12581	0.806	1.073	100
1.84-1.9	6.856	0.723	2.71	12236	0.89	0.782	100
1.9-1.96	6.482	0.509	3.68	11840	0.926	0.553	100
1.96-2.03	7.087	0.397	5	11499	0.964	0.428	99.9
2.03-2.11	7.102	0.298	6.57	11037	0.978	0.322	100
2.11-2.19	6.997	0.227	8.4	10626	0.985	0.245	100
2.19-2.29	6.567	0.183	9.62	10258	0.988	0.199	99.9
2.29-2.4	7.131	0.149	12.08	9770	0.992	0.161	99.9
2.4-2.53	7.28	0.121	14.89	9300	0.995	0.13	100
2.53-2.69	7.203	0.097	18	8824	0.996	0.104	99.9
2.69-2.87	7.113	0.077	22.15	8256	0.997	0.083	99.9
2.87-3.1	6.917	0.059	27.46	7713	0.998	0.064	100
3.1-3.4	6.34	0.046	32.5	7150	0.998	0.05	99.9
3.4-3.8	7.031	0.039	40.03	6414	0.999	0.042	99.8
3.8-4.39	6.866	0.035	43.62	5701	0.999	0.038	99.9
4.39-5.38	6.542	0.033	44.37	4826	0.999	0.036	99.8
5.38-7.6	7.257	0.034	44.76	3769	0.999	0.037	99.8
7.6-44.84	6.531	0.027	47.64	2094	0.999	0.03	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.96 Å	46.75 Å
Translation	2.96 Å	46.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZTJ, 4iyj

3ztj

4iyj

解像度: 2→44.84 Å / SU ML: 0.1741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.4803
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	5541	5 %	RANDOM
R_work	0.1698	105276	-	-
obs	0.1711	110817	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10000	0	6	1385	11391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6336	14133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	1587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7708	1452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.2304	182	0.1945	3460	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.02-2.05	0.2355	183	0.1929	3503	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.05-2.07	0.2362	185	0.1972	3500	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.07-2.1	0.2271	181	0.1883	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.1-2.13	0.231	186	0.1911	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.13-2.15	0.2395	185	0.1875	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.15-2.19	0.2084	184	0.1861	3488	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.19-2.22	0.2363	182	0.1884	3458	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.25	0.2267	184	0.1911	3487	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.25-2.29	0.2467	185	0.1917	3523	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.29-2.33	0.2367	183	0.1868	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.33-2.37	0.2256	186	0.1907	3537	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.37-2.42	0.2429	181	0.1864	3459	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.42-2.47	0.2639	183	0.1855	3487	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.47-2.52	0.2206	186	0.1841	3535	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.52-2.58	0.231	185	0.1807	3498	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.58-2.64	0.2257	183	0.1832	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2441	185	0.1886	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.71-2.79	0.2266	186	0.1911	3538	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.79-2.88	0.2394	184	0.1958	3484	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.88-2.99	0.2385	183	0.1867	3476	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.99-3.11	0.1788	185	0.1747	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.11-3.25	0.2334	187	0.1721	3546	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.25-3.42	0.1928	184	0.1705	3498	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.42-3.63	0.1627	186	0.1611	3531	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.63-3.91	0.1923	185	0.1477	3519	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.91-4.31	0.1304	187	0.1394	3550	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.31-4.93	0.127	186	0.1307	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.93-6.21	0.1718	187	0.1563	3556	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.21-44.84	0.1806	192	0.1723	3618	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.676047375859 Å / Origin y: 39.1694493569 Å / Origin z: 15.6400315897 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.252758123995 Å²	0.0134158774891 Å²	-0.0114116615433 Å²	-	0.19149046772 Å²	0.00815646935343 Å²	-	-	0.252860393665 Å²
L	0.382184281967 °²	0.0074412735644 °²	-0.534831040791 °²	-	-0.00829743300996 °²	0.00785067737672 °²	-	-	0.809391767394 °²
S	0.0175736573839 Å °	-0.0432121867044 Å °	0.00257128675376 Å °	-0.00185453188764 Å °	-0.0116456346175 Å °	0.00303603703636 Å °	-0.0280010302293 Å °	0.0571963083475 Å °	-0.00372639393164 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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