PDB-9hdf: Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dex...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 9hdf
• タイトル: Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone

要素

• (Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding ...) x 2
• Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

• キーワード: DNA BINDING PROTEIN / Nuclear Receptor / Glucocorticoid Receptor

機能・相同性

分子機能:

peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / animal organ regeneration / response to glucose / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear retinoid X receptor binding / cholesterol metabolic process / transcription regulator inhibitor activity / Notch signaling pathway / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm

ドメイン・相同性:

Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors

構成要素:

CACODYLATE ION / DEXAMETHASONE / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
• データ登録者: Alegre-Marti, A. / Jimenez-Panizo, A. / Fuentes-Prior, P. / Estebanez-Perpina, E.

資金援助

1件

組織	認可番号	国
Not funded

• 引用: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025; タイトル: The multimerization pathway of the glucocorticoid receptor.; 著者: Alegre-Marti, A. / Jimenez-Panizo, A. / Lafuente, A.L. / Johnson, T.A. / Montoya-Novoa, I. / Peralta-Moreno, M.N. / Montanya-Valluguera, P. / Ponseti-Pons, J. / Abella, M. / Kim, S. / Diaz, M. / Vilaseca, M. / Perez, P. / Fernandez-Recio, J. / Rubio-Martinez, J. / Presman, D.M. / Hager, G.L. / Fuentes-Prior, P. / Estebanez-Perpina, E.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

集合体

登録構造単位

A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

B: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

C: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

D: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

E: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

F: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

G: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

H: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

I: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

J: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

K: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

L: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

M: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

N: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

O: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

P: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

a: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

b: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

c: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

d: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

e: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

f: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

g: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

h: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

i: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

j: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

k: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

l: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

m: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

n: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

o: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

p: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• 498 kDa, 32 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	497,635	123
ポリマ－	483,491	32
非ポリマー	14,143	91
水	234	13

1

A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

a: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: gel filtration
• 31.3 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,260	8
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	1,048	6
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	3010 Å2
ΔGint	-15 kcal/mol
Surface area	12760 Å2
手法	PISA

2

B: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

b: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.6 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,555	13
ポリマ－	30,228	2
非ポリマー	1,327	11
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	3750 Å2
ΔGint	-34 kcal/mol
Surface area	12690 Å2
手法	PISA

3

C: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

c: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.1 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,086	9
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	873	7
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	4230 Å2
ΔGint	-40 kcal/mol
Surface area	13390 Å2
手法	PISA

4

D: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

d: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.3 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,279	8
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	1,067	6
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2230 Å2
ΔGint	-20 kcal/mol
Surface area	12840 Å2
手法	PISA

5

E: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

e: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.1 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,138	9
ポリマ－	30,228	2
非ポリマー	910	7
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	3070 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	12880 Å2
手法	PISA

6

F: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

f: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 30.8 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	30,815	6
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	603	4
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2040 Å2
ΔGint	-18 kcal/mol
Surface area	12700 Å2
手法	PISA

7

G: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

g: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 30.6 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	30,605	3
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	392	1
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2120 Å2
ΔGint	-9 kcal/mol
Surface area	12510 Å2
手法	PISA

8

H: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

h: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 30.9 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	30,936	5
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	724	3
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	1930 Å2
ΔGint	-12 kcal/mol
Surface area	12370 Å2
手法	PISA

9

I: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

i: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.2 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,247	8
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	1,035	6
水	36	2

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	3210 Å2
ΔGint	-4 kcal/mol
Surface area	12670 Å2
手法	PISA

10

J: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

j: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.4 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,405	11
ポリマ－	30,228	2
非ポリマー	1,177	9
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	3490 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	12750 Å2
手法	PISA

11

K: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

k: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,048	7
ポリマ－	30,228	2
非ポリマー	820	5
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2820 Å2
ΔGint	-9 kcal/mol
Surface area	12860 Å2
手法	PISA

12

L: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

l: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.4 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,395	10
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	1,183	8
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	3300 Å2
ΔGint	-11 kcal/mol
Surface area	12700 Å2
手法	PISA

13

M: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

m: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 31.2 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	31,195	9
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	982	7
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2150 Å2
ΔGint	-9 kcal/mol
Surface area	12930 Å2
手法	PISA

14

N: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

n: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 30.8 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	30,817	6
ポリマ－	30,228	2
非ポリマー	589	4
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2690 Å2
ΔGint	-16 kcal/mol
Surface area	12910 Å2
手法	PISA

15

O: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

o: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 30.9 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	30,919	6
ポリマ－	30,228	2
非ポリマー	691	4
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2260 Å2
ΔGint	-11 kcal/mol
Surface area	12500 Å2
手法	PISA

16

P: Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

p: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2

ヘテロ分子

概要:

• ソフトウェアが定義した集合体
• 30.9 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	30,935	5
ポリマ－	30,212	2
非ポリマー	723	3
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2950 Å2
ΔGint	-4 kcal/mol
Surface area	12530 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	264.410, 265.464, 109.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P21212

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6
7	7
8	8
9	9
10	10
11	11
12	12
13	13
14	14
15	15
16	16
17	17
18	18
19	19
20	20
21	21
22	22
23	23
24	24
25	25
26	26
27	27
28	28
29	29
30	30
31	31
32	32
33	33
34	34
35	35
36	36
37	37
38	38
39	39
40	40
41	41
42	42
43	43
44	44
45	45
46	46
47	47
48	48
49	49
50	50
51	51
52	52
53	53
54	54
55	55
56	56
57	57
58	58
59	59
60	60
61	61
62	62
63	63
64	64
65	65
66	66
67	67
68	68
69	69
70	70
71	71
72	72
73	73
74	74
75	75
76	76
77	77
78	78
79	79
80	80
81	81
82	82
83	83
84	84
85	85
86	86
87	87
88	88
89	89
90	90
91	91
92	92
93	93
94	94
95	95
96	96
97	97
98	98
99	99
100	100
101	101
102	102
103	103
104	104
105	105
106	106
107	107
108	108
109	109
110	110
111	111
112	112
113	113
114	114
115	115
116	116
117	117
118	118
119	119
120	120
121	121
122	122
123	123
124	124
125	125
126	126
127	127
128	128
129	129
130	130
131	131
132	132
133	133
134	134
135	135
136	136
137	137
138	138
139	139
140	140
141	141
142	142
143	143
144	144
145	145
146	146
147	147
148	148
149	149
150	150
151	151
152	152
153	153
154	154
155	155
156	156
157	157
158	158
159	159
160	160
161	161
162	162
163	163
164	164
165	165
166	166
167	167
168	168
169	169
170	170
171	171
172	172
173	173
174	174
175	175
176	176
177	177
178	178
179	179
180	180
181	181
182	182
183	183
184	184
185	185
186	186
187	187
188	188
189	189
190	190
191	191
192	192
193	193
194	194
195	195
196	196
197	197
198	198
199	199
200	200
201	201
202	202
203	203
204	204
205	205
206	206
207	207
208	208
209	209
210	210
211	211
212	212
213	213
214	214
215	215
216	216
217	217
218	218
219	219
220	220
221	221
222	222
223	223
224	224
225	225
226	226
227	227
228	228
229	229
230	230
231	231
232	232
233	233
234	234
235	235
236	236
237	237
238	238
239	239
240	240
241	241
242	242
243	243
244	244
245	245
246	246
247	247
248	248
249	249
250	250
251	251
252	252
253	253
254	254
255	255
256	256
257	257
258	258
259	259
260	260
261	261
262	262
263	263
264	264
265	265
266	266
267	267
268	268
269	269
270	270
271	271
272	272
273	273
274	274
275	275
276	276
277	277
278	278
279	279
280	280
281	281
282	282
283	283
284	284
285	285
286	286
287	287
288	288
289	289
290	290
291	291
292	292
293	293
294	294
295	295
296	296
297	297
298	298
299	299
300	300
301	301
302	302
303	303
304	304
305	305
306	306
307	307
308	308
309	309
310	310
311	311
312	312
313	313
314	314
315	315
316	316
317	317
318	318
319	319
320	320
321	321
322	322
323	323
324	324
325	325
326	326
327	327
328	328
329	329
330	330
331	331
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NCSアンサンブル:

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要素

Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding ... , 2種, 16分子 A C D F G H I L M P B E J K N O

#1: タンパク質

A C D F G H I L M P
Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

詳細:

分子量: 28649.363 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

#2: タンパク質

B E J K N O
Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain

詳細:

分子量: 28665.363 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

タンパク質・ペプチド , 1種, 16分子 a b c d e f g h i j k l m n o p

#3: タンパク質・ペプチド

a b c d e f g h i j k l m n o p
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner

詳細:

分子量: 1562.831 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466

非ポリマー , 11種, 104分子

#4: 化合物

A-1001 B-802 C-1001 D-802 E-1001 F-1001 G-1001 H-802 I-1001 J-802 K-802 L-1001 M-802 N-1001 O-1001 P-1001
ChemComp-DEX / DEXAMETHASONE / 9A-FLUORO-16BETA-METHYLPREDNISOLONE

詳細:

分子量: 392.461 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉FO₅

#5: 化合物

A-1002 D-801 E-1002 H-801 I-1002 K-803 M-803 O-1002
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate

詳細:

分子量: 136.989 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂

#6: 化合物

A-1003 B-804 D-804 I-1004 J-803 L-1003 P-1002
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES

詳細:

分子量: 238.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#7: 化合物

A-1004 A-1005 B-805 C-1002 C-1003 E-1003 E-1004 E-1005 I-1005 J-804 J-805 J-806 K-804 K-805 L-1004 L-1005 M-801 N-1002 O-1003 P-1003
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

詳細:

分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#8: 化合物

A-1006 B-808 C-1005 C-1006 J-801
ChemComp-SO4 / SULFATE ION

詳細:

分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#9: 化合物

B-801 B-809 B-810 C-1007 D-805 E-1007 F-1004 J-809 L-1008 M-807 N-1004
ChemComp-CL / CHLORIDE ION

詳細:

分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#10: 化合物

B-803 D-803 H-803 L-1002
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL

詳細:

分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#11: 化合物

B-806 B-807 C-1004 E-1006 F-1003 I-1006 J-807 J-808 L-1006 L-1007 M-806 N-1003 O-1004 b-101 d-101
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE

詳細:

分子量: 69.085 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂

#12: 化合物

F-1002 I-1003 K-801 M-805
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

詳細:

分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#13: 化合物

M-804 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL

詳細:

分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄

#14: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

詳細

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: N
• Has protein modification: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 3.99 ų/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
• 結晶化: 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法; 詳細: 0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月27日
• 放射: モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.979 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.78→101.57 Å / Num. obs: 187084 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.9
• 反射 シェル: 解像度: 2.78→2.83 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.683 / Num. unique obs: 8378 / CC_1/2: 0.318 / R_pim(I) all: 0.803

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→101.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 13.872 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.24431	1946	1 %	RANDOM
Rwork	0.21117	-	-	-
obs	0.21151	185038	96.35 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.427 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	-0.49 Å2	-0 Å2	-0 Å2
2-	-	-0.79 Å2	0 Å2
3-	-	-	1.28 Å2

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.78→101.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33635	0	909	13	34557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	35275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.627	47688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.165	5	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.152	22.559	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.964	15	6411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.633	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	25314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.754	6.497	16632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.053	9.721	20713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.256	7.001	18643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.035		145407
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2833	0.05
1	2	B	2833	0.05
2	1	A	4767	0.08
2	2	B	4767	0.08
3	1	A	8116	0.08
3	2	C	8116	0.08
4	1	A	8140	0.08
4	2	D	8140	0.08
5	1	A	2789	0.07
5	2	E	2789	0.07
6	1	A	2523	0.06
6	2	E	2523	0.06
7	1	A	1985	0.07
7	2	E	1985	0.07
8	1	A	8083	0.08
8	2	F	8083	0.08
9	1	A	8167	0.07
9	2	G	8167	0.07
10	1	A	5771	0.07
10	2	H	5771	0.07
11	1	A	1982	0.08
11	2	H	1982	0.08
12	1	A	8167	0.07
12	2	I	8167	0.07
13	1	A	2803	0.06
13	2	J	2803	0.06
14	1	A	4750	0.09
14	2	J	4750	0.09
15	1	A	2786	0.07
15	2	K	2786	0.07
16	1	A	2555	0.05
16	2	K	2555	0.05
17	1	A	1974	0.08
17	2	K	1974	0.08
18	1	A	8136	0.08
18	2	L	8136	0.08
19	1	A	8065	0.08
19	2	M	8065	0.08
20	1	A	2824	0.05
20	2	N	2824	0.05
21	1	A	2493	0.09
21	2	N	2493	0.09
22	1	A	1989	0.09
22	2	N	1989	0.09
23	1	A	2749	0.08
23	2	O	2749	0.08
24	1	A	2510	0.08
24	2	O	2510	0.08
25	1	A	1983	0.08
25	2	O	1983	0.08
26	1	A	5834	0.05
26	2	P	5834	0.05
27	1	A	1925	0.09
27	2	P	1925	0.09
28	1	B	2801	0.06
28	2	C	2801	0.06
29	1	B	2790	0.08
29	2	D	2790	0.08
30	1	B	2814	0.06
30	2	E	2814	0.06
31	1	B	2802	0.08
31	2	F	2802	0.08
32	1	B	2797	0.06
32	2	G	2797	0.06
33	1	B	2805	0.07
33	2	H	2805	0.07
34	1	B	2812	0.06
34	2	I	2812	0.06
35	1	B	2840	0.05
35	2	J	2840	0.05
36	1	B	2809	0.07
36	2	K	2809	0.07
37	1	B	2822	0.06
37	2	L	2822	0.06
38	1	B	2780	0.07
38	2	M	2780	0.07
39	1	B	2835	0.07
39	2	N	2835	0.07
40	1	B	2777	0.08
40	2	O	2777	0.08
41	1	B	2809	0.06
41	2	P	2809	0.06
42	1	B	4745	0.08
42	2	C	4745	0.08
43	1	B	4824	0.07
43	2	D	4824	0.07
44	1	B	2539	0.06
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LS精密化 シェル

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