PDB-9h8h: Structure of DC11 anti tau antibody Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h8h

タイトル

Structure of DC11 anti tau antibody Fab fragment

要素

DC11
Igk protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / tau protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus (ネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.331 Å

データ登録者

Cehlar, O. / Njemoga, S.

資金援助

Slovakia, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of DC11 anti tau antibody Fab fragment
著者: Cehlar, O. / Njemoga, S.

履歴

登録	2024年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h8h.cif.gz	265.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h8h.ent.gz	163.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h8h_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h8h_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	9h8h_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	9h8h_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/9h8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/9h8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.17206499 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DC11

D: Igk protein

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.901, 88.445, 57.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.803, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	DC11 分子量: 23031.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Igk protein 分子量: 24198.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) / 遺伝子: Igk 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q58EU8
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1% MIB, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.331→48.067 Å / Num. obs: 70143 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.029
反射シェル	解像度: 1.331→1.432 Å / Num. unique obs: 3508 / CC_1/2: 0.5694

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.331→48.067 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.973 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1964	3512	5.007 %
R_work	0.1452	66631	-
all	0.148	-	-
obs	-	70143	75.403 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.164 Å²	0 Å²	-0.004 Å²
2-	-	0.244 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.079 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.331→48.067 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3318	0	7	523	3848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.706	1.805	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.621	1.743	7344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.073	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.423	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.415	10	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.838	10	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.68	2.123	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.678	2.122	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.279	3.815	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.278	3.815	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.07	2.435	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.069	2.436	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.287	4.318	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.285	4.319	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.512	28.569	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.117	26.261	3802
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.557	3	6625

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.331-1.366	0.356	14	0.284	394	0.286	6857	0.962	0.969	5.9501	0.286
1.366-1.403	0.247	63	0.252	1285	0.252	6693	0.967	0.96	20.1404	0.259
1.403-1.444	0.31	102	0.232	2404	0.235	6470	0.941	0.968	38.7326	0.239
1.444-1.488	0.236	193	0.222	3357	0.223	6309	0.96	0.969	56.2688	0.225
1.488-1.537	0.217	244	0.191	4126	0.193	6118	0.969	0.977	71.4286	0.186
1.537-1.591	0.227	255	0.165	4875	0.168	5944	0.969	0.984	86.3055	0.158
1.591-1.651	0.23	271	0.148	5095	0.152	5730	0.967	0.987	93.6475	0.14
1.651-1.718	0.199	274	0.139	4974	0.143	5484	0.975	0.989	95.6966	0.129
1.718-1.794	0.206	237	0.119	4827	0.123	5302	0.975	0.992	95.5111	0.109
1.794-1.882	0.169	235	0.111	4626	0.114	5067	0.984	0.993	95.9345	0.104
1.882-1.983	0.2	219	0.115	4388	0.119	4773	0.977	0.993	96.5221	0.111
1.983-2.103	0.186	225	0.129	4173	0.132	4537	0.979	0.991	96.9363	0.129
2.103-2.248	0.202	228	0.13	3924	0.134	4274	0.976	0.991	97.1455	0.134
2.248-2.428	0.194	183	0.13	3717	0.133	3996	0.977	0.99	97.5976	0.138
2.428-2.659	0.198	195	0.135	3396	0.139	3661	0.977	0.989	98.088	0.151
2.659-2.972	0.192	155	0.146	3117	0.148	3334	0.977	0.987	98.1404	0.171
2.972-3.429	0.232	115	0.155	2785	0.158	2939	0.968	0.986	98.673	0.189
3.429-4.194	0.165	141	0.148	2313	0.15	2488	0.985	0.987	98.6334	0.187
4.194-5.909	0.172	97	0.146	1836	0.148	1947	0.985	0.99	99.2809	0.192
5.909-48.067	0.233	66	0.198	1019	0.2	1100	0.962	0.973	98.6364	0.285

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関連情報:EMDBヘッダ

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