PDB-9h2z: Crystal structure of APH(2")-IVa alternate (soaking with EK3-18 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h2z

タイトル

Crystal structure of APH(2")-IVa alternate (soaking with EK3-18 inhibitor)

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE / Aminoglycoside phosphotransferase / kinase / soluble protein / antibiotic resistance

機能・相同性

: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / nucleotide binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / APH(2'')-Id

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kaplan, E. / Guichou, J.-F. / Gelin, M. / Chaloin, L. / Lionne, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: APH Inhibitors that Reverse Aminoglycoside Resistance in Enterococcus casseliflavus.
著者: Kaplan, E. / Chaloin, L. / Guichou, J.F. / Berrou, K. / Rahimova, R. / Labesse, G. / Lionne, C.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h2z.cif.gz	134.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h2z.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h2z_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h2z_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	9h2z_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	9h2z_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

登録者が定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.490, 63.010, 87.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 37596.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG3350, 50 mM Ammonium Citrate pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→63.01 Å / Num. obs: 25362 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 2675 / CC_1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→60.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 12.724 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.568 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29169	1231	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20782	-	-	-
obs	0.21162	24025	97.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	0 Å²	0.89 Å²
2-	-	-2.98 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→60.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4947	0	0	48	4995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.435	1.842	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.507	1.783	11029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.39	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.313	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.415	10	946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.774	4.766	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.77	4.767	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.814	8.558	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.813	8.56	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.437	5.374	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.437	5.375	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.248	9.62	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.488	50.28	5691
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.487	50.29	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	102	-
R_work	0.269	1792	-
obs	-	-	99.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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