PDB-9gum: Human carbonic anhydrase II complexed with N-phenethyl-2-(1H-tetr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gum

タイトル

Human carbonic anhydrase II complexed with N-phenethyl-2-(1H-tetrazol-5-yl)acetamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / inhibitor / tetrazole / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Tetrazole Is a Novel Zinc Binder Chemotype for Carbonic Anhydrase Inhibition.
著者: Giovannuzzi, S. / Angeli, A. / Begines, P. / Ferraroni, M. / Nocentini, A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gum.cif.gz	122 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gum.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gum_validation.pdf.gz	683.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gum_full_validation.pdf.gz	685.7 KB	表示
XML形式データ	9gum_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	9gum_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/9gum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/9gum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gu7C 9guoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.568, 41.876, 72.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.732, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-A1IO3 / N-phenethyl-2-(1H-tetrazol-5-yl)acetamide / ~{N}-(2-phenylethyl)-2-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)ethanamide 分子量: 231.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→41.2 Å / Num. obs: 25464 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1118 / CC_1/2: 0.692 / R_rim(I) all: 0.951 / % possible all: 78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→41.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 7.557 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1363	5.374 %
R_work	0.1533	24001	-
all	0.158	-	-
obs	-	25364	92.35 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.066 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.851 Å²	0 Å²	-0.395 Å²
2-	-	-0.823 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.721 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	22	161	2234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.789	1.636	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.358	1.592	4576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.597	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.686	23.738	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.396	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.492	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	978
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.093	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.226	1.755	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.216	1.752	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.969	2.65	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.968	2.653	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.251	2.133	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.25	2.133	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.192	3.053	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.191	3.054	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.165	20.845	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.069	20.662	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.988	3	4122

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.307	98	0.204	1585	X-RAY DIFFRACTION	84.3186
1.744-1.792	0.285	103	0.172	1856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.265	112	0.161	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.901	0.324	81	0.203	1460	X-RAY DIFFRACTION	82.8495
1.901-1.963	0.35	60	0.22	1158	X-RAY DIFFRACTION	68.6197
1.963-2.032	0.284	98	0.153	1663	X-RAY DIFFRACTION	99.8299
2.032-2.108	0.229	78	0.143	1359	X-RAY DIFFRACTION	85.7399
2.108-2.194	0.278	87	0.149	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.292	0.336	92	0.223	1194	X-RAY DIFFRACTION	82.9143
2.292-2.403	0.277	77	0.153	1414	X-RAY DIFFRACTION	99.5992
2.403-2.533	0.264	75	0.141	1330	X-RAY DIFFRACTION	99.9289
2.533-2.687	0.265	72	0.14	1143	X-RAY DIFFRACTION	89.8004
2.687-2.872	0.204	81	0.135	1173	X-RAY DIFFRACTION	99.7613
2.872-3.102	0.248	45	0.142	1144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.102-3.397	0.195	65	0.146	1014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.163	34	0.145	787	X-RAY DIFFRACTION	81.9361
3.797-4.382	0.224	34	0.114	762	X-RAY DIFFRACTION	91.5995
4.382-5.362	0.183	38	0.12	719	X-RAY DIFFRACTION	99.8681
5.362-7.561	0.191	19	0.183	561	X-RAY DIFFRACTION	100
7.561-41.2	0.259	14	0.182	329	X-RAY DIFFRACTION	99.4203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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