PDB-9grw: Structure of Heparinase I from Bacteroides eggerthii in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9grw

タイトル

Structure of Heparinase I from Bacteroides eggerthii in complex with calcium cofactor

要素

Heparin lyase I

キーワード

LYASE / Heparin / Heparan Sulphate / Heparinase / Heparitinase

機能・相同性

Polysaccharide lyase / Polysaccharide lyase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / ACETATE ION / Heparin lyase I

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides eggerthii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mycroft-West, C. / Wu, L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacteroides eggerthii heparin lyase I liberates the rare delta-GlcA(alpha1->4)Glc3,6,N-sulphated disaccharide motif contained within the pentasaccharide of the clinical anticoagulant fondaparinux sodium
著者: Kandola, T.K. / Mycroft-West, C. / Andrade De Lima, M.L. / Turner, A. / Gardini, C. / Urso, E. / Miller, G.J. / Bisio, A. / Yates, E.A. / Guerrini, M. / Wu, L. / Skidmore, M.A.

履歴

登録	2024年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9grw.cif.gz	705.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9grw.ent.gz	480.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9grw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9grw_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9grw_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	9grw_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	9grw_validation.cif.gz	57.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/9grw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/9grw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gv9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Heparin lyase I

B: Heparin lyase I

ヘテロ分子

90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes at expected position for a monomer by SEC

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.194, 91.485, 73.448
Angle α, β, γ (deg.)	90, 95.46, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-745- HOH
2	1	B-670- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 373 / Label seq-ID: 8 - 373

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Heparin lyase I 分子量: 43574.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides eggerthii (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1016_01920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5WZ15
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953738 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→54.29 Å / Num. obs: 78798 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.966 / R_merge(I) obs: 0.387 / R_pim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / R_merge(I) obs: 2.965 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3893 / CC_1/2: 0.351 / R_pim(I) all: 1.207

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→54.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 9.149 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	3925	4.981 %
R_work	0.2103	74868	-
all	0.212	-	-
obs	-	78793	99.914 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.193 Å²	-0 Å²	-0.215 Å²
2-	-	0.134 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→54.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5911	0	177	671	6759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	6223
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	1.84	8400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.446	1.797	13175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.398	5	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.973	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.359	10	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.949	10	282
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.21	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.2	1.623	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.181	1.615	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.994	2.895	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.994	2.895	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.588	1.913	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.378	1.795	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.507	3.414	4713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.34	3.204	4522
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.372	17.791	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.13	17.051	6820
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.088	0.05	12084

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08811	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08811	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.897	0.344	293	0.331	5498	X-RAY DIFFRACTION	98.9576
1.897-1.949	0.361	285	0.346	5388	X-RAY DIFFRACTION	99.9824
1.949-2.006	0.289	276	0.272	5159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.067	0.317	255	0.281	5104	X-RAY DIFFRACTION	99.9627
2.067-2.135	0.299	258	0.265	4935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.135-2.21	0.258	272	0.222	4723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.293	0.301	255	0.29	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.387	0.228	218	0.2	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.492	0.246	201	0.202	4256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.614	0.26	205	0.203	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.755	0.253	205	0.202	3825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.755-2.921	0.242	198	0.198	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.921-3.123	0.224	175	0.198	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.123-3.372	0.218	158	0.192	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.372-3.692	0.207	160	0.17	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.692-4.126	0.206	153	0.15	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.126-4.759	0.17	115	0.131	2362	X-RAY DIFFRACTION	100
4.759-5.818	0.213	99	0.165	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
5.818-8.181	0.241	87	0.206	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
8.181-54.29	0.265	57	0.232	889	X-RAY DIFFRACTION	99.8944

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8245	0.3049	-0.1223	0.8532	-0.2489	0.6493	0.0324	0.0674	0.0196	-0.0287	-0.0168	0.0312	-0.0198	0.0037	-0.0156	0.037	0.0079	0.0146	0.0086	0.0013	0.0083	-20.2077	-0.0722	54.6677
2	0.6676	-0.2775	-0.204	0.8098	0.254	0.7382	0.0073	0.0345	-0.0261	-0.0158	-0.0363	0.0051	0.0037	0.0014	0.029	0.0248	-0.0083	0.0151	0.0226	0.0028	0.0162	-22.5164	-42.9208	52.7861

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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新型コロナ情報

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