PDB-9gpp: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpp

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12c/o

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpp.cif.gz	241 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gpp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gpp_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gpp_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	9gpp_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.906, 48.906, 196.343
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INO / 3-cyclohexyl-19,20-dimethoxy-19-methyl-11,20-dioxa-5-aza-1lambda5-polona-1,19lambda5-dithia-18-azanida-1lambda5-stannapentacyclo[19.2.1.05,10.013,18.018,22]tetracosane-4,12-quinone 分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→49.09 Å / Num. obs: 16713 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.91-49.09	8.7	0.037	32.1	288	0.999	0.017	0.041	0.66	99.8
2.1-2.16	6.3	1.321	1.5	1321	0.687	0.704	1.511	0.96	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→41.436 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 14.582 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2777	815	4.893 %
R_work	0.217	15842	-
all	0.22	-	-
obs	-	16657	99.226 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.708 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.075 Å²	-0.538 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.075 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.436 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	0	82	61	1999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.811	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.568	1.737	4243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.223	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.827	14.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.354	10	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.952	10	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.325	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2	2.37	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2	2.37	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.898	4.255	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.899	4.255	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.132	2.436	964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.131	2.435	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.29	4.413	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.289	4.412	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.015	22.097	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.017	21.95	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	3544

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07933	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07933	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.347	62	0.294	1129	0.296	1216	0.909	0.923	97.9441	0.291
2.155-2.213	0.32	51	0.276	1097	0.278	1174	0.9	0.937	97.7853	0.268
2.213-2.277	0.27	53	0.269	1064	0.269	1128	0.943	0.946	99.0248	0.258
2.277-2.347	0.272	37	0.245	1094	0.246	1144	0.937	0.956	98.8636	0.233
2.347-2.424	0.27	51	0.24	1008	0.241	1073	0.947	0.96	98.6953	0.222
2.424-2.509	0.324	60	0.241	960	0.246	1029	0.93	0.961	99.1254	0.219
2.509-2.603	0.391	54	0.216	964	0.225	1019	0.907	0.968	99.9019	0.197
2.603-2.709	0.241	41	0.23	954	0.23	1005	0.974	0.968	99.005	0.206
2.709-2.829	0.284	44	0.249	883	0.25	937	0.942	0.955	98.9328	0.224
2.829-2.966	0.313	61	0.246	813	0.251	876	0.927	0.96	99.7717	0.22
2.966-3.126	0.277	43	0.24	835	0.243	879	0.944	0.96	99.8862	0.215
3.126-3.314	0.424	32	0.23	794	0.237	828	0.857	0.962	99.7585	0.217
3.314-3.541	0.269	40	0.23	746	0.232	786	0.947	0.969	100	0.216
3.541-3.823	0.229	39	0.208	684	0.209	723	0.976	0.975	100	0.2
3.823-4.184	0.239	34	0.175	643	0.178	677	0.966	0.983	100	0.171
4.184-4.672	0.247	25	0.151	578	0.154	603	0.97	0.987	100	0.155
4.672-5.384	0.241	34	0.18	533	0.184	569	0.972	0.982	99.6485	0.192
5.384-6.566	0.234	24	0.221	449	0.222	473	0.974	0.976	100	0.221
6.566-9.171	0.317	22	0.184	367	0.19	390	0.937	0.982	99.7436	0.202
9.171-41.436	0.15	8	0.237	247	0.235	256	0.989	0.957	99.6094	0.277

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0695	-0.8856	0.6837	4.1433	-0.5677	2.5556	-0.0644	-0.0242	-0.082	-0.2933	0.1186	0.3179	0.1251	-0.1019	-0.0542	0.1356	-0.0763	0.0065	0.0582	-0.0066	0.0326	-18.428	0.9589	3.4391
2	2.3357	0.3907	0.3515	4.026	0.342	2.6191	-0.1027	0.0278	0.3915	-0.1624	0.0346	-0.2681	-0.0295	0.0898	0.0681	0.0167	-0.0165	-0.0029	0.0911	-0.0063	0.0953	-8.7277	16.134	28.6574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 201

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)