PDB-9gpg: Complex of ManDH5 native enzyme with Mannobiose after co crystall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpg

タイトル

Complex of ManDH5 native enzyme with Mannobiose after co crystallization with Mannopentaose at 1.7 angstroms resolution- a beta-D-Mannanase of GH5 family from Dictyoglomus thermophilium

要素

DUF5060 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycoside-Hydrolase / Mannanase / Thermostable protein / Mannobiose

機能・相同性

Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / extracellular region / 4beta-beta-mannobiose / beta-D-mannopyranose / DUF5060 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Dictyoglomus thermophilum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sivron, Y. / Romano, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complex of ManDH5 native enzyme with Mannobiose after co crystallization with Mannopentaose at 1.7 angstroms resolution- a beta-D-Mannanase of GH5 family from Dictyoglomus thermophilium
著者: Sivron, Y. / Romano, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpg.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpg.ent.gz	110.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gpg_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gpg_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9gpg_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	9gpg_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF5060 domain-containing protein

ヘテロ分子

68.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.528, 99.359, 153.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質

DUF5060 domain-containing protein

分子量: 67408.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Dictyoglomus thermophilum (バクテリア)
株: SpSt-81 / 遺伝子: ENW00_02810 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Variant (発現宿主): F- ompT hsdSB (rB- mB-) dcm gal LambdaDE3
参照: UniProt: A0A7C3MIF0

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-mannobiose

#3: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MMT buffer pH 7.15, 28% PEG 1500, 12.5 mM Mannopentaose (drop ratio of 1:244 enzyme:substrate)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→68.9 Å / Num. obs: 79520 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.06
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3622 / CC_1/2: 0.898 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
DIALS	V1-9-2	データ削減
xia2	7.0.078	データスケーリング
PHASER	1.17.1_3660	位相決定
Coot	8,9, Wincoot	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Native ManDH5

解像度: 1.7→51.29 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	3997	5.03 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1669	79464	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4735	0	43	561	5339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4951
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	6721
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.782	649
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.282	123	0.2247	2217	X-RAY DIFFRACTION	84
1.72-1.74	0.2396	131	0.2058	2295	X-RAY DIFFRACTION	89
1.74-1.76	0.216	127	0.2028	2455	X-RAY DIFFRACTION	94
1.76-1.79	0.2897	145	0.2003	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
1.79-1.81	0.2429	124	0.196	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.199	139	0.1865	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2145	143	0.1778	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.217	135	0.1688	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.1871	134	0.1747	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.214	128	0.1755	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.1895	143	0.1757	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.1984	143	0.1798	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.207	153	0.1711	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.1947	146	0.1684	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.1756	147	0.1673	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.1824	124	0.1648	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.28	0.1992	139	0.1704	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.1814	165	0.1712	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.1748	135	0.1722	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.51	0.2297	125	0.1791	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.61	0.1742	134	0.1716	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.73	0.19	123	0.176	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.87	0.2029	137	0.1687	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.05	0.1931	136	0.1768	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.29	0.1855	130	0.17	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.62	0.1873	142	0.1614	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.14	0.1401	149	0.1408	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-5.22	0.1379	152	0.1294	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-51.29	0.1526	145	0.1604	2820	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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