PDB-9gpc: The crystal structure of ManDH5 E303Q mutant at 1.4 Angstroms Res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpc

タイトル

The crystal structure of ManDH5 E303Q mutant at 1.4 Angstroms Resolution - a beta-D-Mannanase of GH5 family from Dictyoglomus thermophilium

要素

DUF5060 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycoside-Hydrolase / Mannanase / Thermostable protein / EQ mutant

機能・相同性

Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / extracellular region / DUF5060 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Dictyoglomus thermophilum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Sivron, Y. / Romano, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of ManDH5 E303Q mutant at 1.4 Angstroms Resolution - a beta-D-Mannanase of GH5 family from Dictyoglomus thermophilium
著者: Sivron, Y. / Romano, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpc.cif.gz	435.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpc.ent.gz	299.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gpc_validation.pdf.gz	335.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gpc_full_validation.pdf.gz	338.7 KB	表示
XML形式データ	9gpc_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	9gpc_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF5060 domain-containing protein

ヘテロ分子

67.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.499, 99.128, 154.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1159- HOH

#1: タンパク質	DUF5060 domain-containing protein 分子量: 67407.398 Da / 分子数: 1 / 変異: E303Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) 株: SpSt-81 / 遺伝子: ENW00_02810 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) Variant (発現宿主): F- ompT hsdSB (rB- mB-) dcm gal LambdaDE3 参照: UniProt: A0A7C3MIF0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 7.0, 28% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→83.44 Å / Num. obs: 143534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 10.99 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7037 / CC_1/2: 0.731

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2	CCP4i2 7.0.078	データスケーリング
Coot	8,9, Wincoot 9	モデル構築
PHASER	1.17.1_3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ManDH5 Native structure

解像度: 1.4→83.44 Å / SU ML: 0.1165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.5924
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1688	7409	5.16 %
R_work	0.1471	136085	-
obs	0.1482	143494	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→83.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4719	0	6	496	5221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	4899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1483	6650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0883	667
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	844
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5355	640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.237	235	0.2124	4550	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.42-1.43	0.2548	214	0.2033	4516	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.43-1.45	0.2411	245	0.1943	4479	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.45-1.47	0.2221	241	0.1851	4502	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.47-1.49	0.2174	257	0.1685	4497	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.49-1.51	0.2003	248	0.1716	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2117	244	0.166	4544	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.53-1.55	0.2025	248	0.1622	4494	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.55-1.58	0.1837	242	0.1576	4493	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.58-1.6	0.2069	245	0.1523	4522	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.6-1.63	0.1797	231	0.1454	4504	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.63-1.66	0.1713	243	0.1358	4540	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.66-1.69	0.1684	243	0.1328	4510	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.69-1.73	0.1559	247	0.1343	4512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1704	241	0.1268	4527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1538	243	0.1298	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1795	275	0.1269	4511	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.85-1.9	0.1528	271	0.1248	4456	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.9-1.96	0.1428	260	0.1284	4554	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.96-2.02	0.1585	237	0.131	4517	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.09	0.147	255	0.1325	4506	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.18	0.1507	254	0.1275	4548	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.18-2.27	0.1583	230	0.1281	4567	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.27-2.39	0.1549	271	0.133	4541	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.39-2.54	0.1712	260	0.1392	4545	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.54-2.74	0.1685	262	0.144	4543	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-3.02	0.1696	238	0.1522	4585	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.02-3.45	0.1739	267	0.1606	4593	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.45-4.35	0.1554	238	0.1464	4633	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.35-83.44	0.1708	224	0.1682	4821	X-RAY DIFFRACTION	99.51

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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