PDB-9gon: Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gon

タイトル

Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin

要素

Dipeptidyl peptidase 9

キーワード

TRANSFERASE / Dipeptidyl peptidase / dipeptidyl peptidase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Sewald, L. / Tabak, W.W.A. / Fehr, L. / Zolg, S. / Najdzion, M. / Verhoef, C.J.A. / Podlesainski, D. / Geiss-Friedlander, R. / Lammens, A. / Kaschani, F. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Sulphostin-inspired N-phosphonopiperidones as selective covalent DPP8 and DPP9 inhibitors.
著者: Sewald, L. / Tabak, W.W.A. / Fehr, L. / Zolg, S. / Najdzion, M. / Verhoef, C.J.A. / Podlesainski, D. / Geiss-Friedlander, R. / Lammens, A. / Kaschani, F. / Hellerschmied, D. / Huber, R. / Kaiser, M.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gon.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gon.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gon_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gon_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9gon_validation.xml.gz	163.8 KB	表示
CIF形式データ	9gon_validation.cif.gz	225.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gon	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gocC 9godC 9gohC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Dipeptidyl peptidase 9

B: Dipeptidyl peptidase 9

C: Dipeptidyl peptidase 9

D: Dipeptidyl peptidase 9

ヘテロ分子

396 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dipeptidyl peptidase 9

B: Dipeptidyl peptidase 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
198 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Dipeptidyl peptidase 9

D: Dipeptidyl peptidase 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
198 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.799, 106.683, 121.143
Angle α, β, γ (deg.)	65.05, 70.82, 76.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Dipeptidyl peptidase 9 / DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / ...DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / Dipeptidyl peptidase-like protein 9 / DPLP9 分子量: 97523.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV

#1: タンパク質

Dipeptidyl peptidase 9 / DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / ...

分子量: 97523.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV

-
非ポリマー , 7種, 2470分子

#2: 化合物	ChemComp-A1INF / azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium 分子量: 159.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N₂O₄PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→90.21 Å / Num. obs: 289674 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 1.89→1.93 Å / Num. unique obs: 14469 / CC_1/2: 0.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		データ削減
XDS	(VERSION Jan 31	データ削減
autoPROC	(Version 1.1.7)	データスケーリング
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→90.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.389 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20597	2295	0.8 %	RANDOM
R_work	0.16339	-	-	-
obs	0.16372	287379	96.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	-0.04 Å²	-0.92 Å²
2-	-	-0.97 Å²	0.3 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→90.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27262	0	371	2373	30006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	28765
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	26312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.647	39096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.282	1.569	60645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.258	5	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.876	22.143	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.999	15	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.839	15	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	32977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.243	2.321	13971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.242	2.321	13970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.062	3.473	17623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.062	3.473	17624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.599	2.513	14794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.599	2.513	14795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.578	3.661	21474
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.452	27.431	30894
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.359	26.827	30413
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9998	0.04
1	2	B	9998	0.04
2	1	A	10107	0.03
2	2	C	10107	0.03
3	1	A	9972	0.03
3	2	D	9972	0.03
4	1	B	10057	0.04
4	2	C	10057	0.04
5	1	B	9972	0.04
5	2	D	9972	0.04
6	1	C	9961	0.03
6	2	D	9961	0.03

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.944 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	150	-
R_work	0.278	21173	-
obs	-	-	95.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2023	0.1614	0.6345	1.1727	0.164	0.6705	0.0161	0.0365	0.0429	0.0341	-0.0085	-0.0874	-0.0277	0.0513	-0.0075	0.0056	-0.0042	-0.0008	0.0073	0.009	0.0397	12.324	-47.845	-52.168
2	0.8799	0.324	0.0106	1.0602	0.198	0.6476	0.0183	-0.0811	0.0558	0.0945	-0.0256	0.1047	0.0141	-0.1221	0.0074	0.0174	0.011	0.0103	0.0496	0.0136	0.0945	-22.657	-39.211	-50.71
3	1.6245	-0.7743	1.3901	4.1853	-2.4224	2.0028	0.0786	-0.1784	-0.1102	0.0717	-0.0012	0.0213	0.0227	-0.1115	-0.0774	0.0451	0.0032	0.0263	0.0325	0.0091	0.1018	-8.44	-66.003	-52.356
4	1.1597	0.0642	-0.1022	1.6047	-0.1337	0.3784	0.0466	-0.0747	-0.043	0.1075	-0.0342	-0.2336	0.029	0.0896	-0.0123	0.0538	-0.0094	-0.072	0.0281	0.0168	0.1033	19.615	-81.937	-40.855
5	1.2374	-0.0557	0.2208	0.8584	-0.048	0.626	-0.0226	0.1662	-0.0083	-0.0377	0.009	-0.0346	0.0305	-0.0073	0.0135	0.0544	-0.0157	-0.0247	0.0316	0.0208	0.0848	-2.599	-107.041	-54.189
6	1.7513	0.406	-0.0091	4.4994	-3.3236	2.5055	-0.0772	0.1621	0.0005	-0.0783	0.0387	-0.0501	0.0401	-0.0041	0.0386	0.0861	-0.0092	-0.037	0.0255	-0.0033	0.0975	-5.687	-77.161	-50.04
7	0.7664	-0.1924	0.4614	1.1846	0.1953	0.9765	-0.039	-0.0507	0.1485	-0.0138	0.0189	-0.0912	-0.1022	0.1116	0.0201	0.0326	-0.0233	-0.0241	0.0631	0.0088	0.0818	30.043	-57.617	-97.637
8	0.7288	0.1239	0.1628	0.9618	0.5408	1.1647	0.018	-0.1086	-0.0019	0.1192	-0.0366	0.1101	0.1474	-0.2068	0.0187	0.0955	-0.0244	-0.047	0.076	0.0358	0.0887	-3.532	-64.548	-108.46
9	1.1832	-0.8718	2.3389	3.4534	-3.0744	5.2921	0.098	-0.1253	-0.0369	-0.1041	-0.0272	0.094	0.227	-0.155	-0.0707	0.0865	0.0238	-0.013	0.0957	0.0468	0.1147	20.734	-82.743	-104.06
10	1.1576	-0.0738	0.3346	1.4486	-0.2315	0.6217	-0.0018	-0.0735	0.0401	0.0401	-0.0175	-0.1242	-0.0087	0.0786	0.0192	0.0272	-0.0019	-0.0131	0.0799	0.0381	0.0645	47.457	-85.996	-82.601
11	1.4512	0.2743	0.2467	1.1199	0.2006	0.829	-0.1462	0.3048	-0.1587	-0.3943	0.1702	-0.1429	0.1008	0.0899	-0.0239	0.2918	-0.043	0.0223	0.1577	-0.0043	0.1955	45.789	-116.08	-101.447
12	1.1689	-0.2542	1.359	5.4149	-3.0456	2.9992	-0.043	-0.0163	-0.0702	-0.4153	0.0817	-0.0468	0.1594	-0.0878	-0.0388	0.1279	0.0136	-0.0117	0.1223	0.0001	0.1087	27.458	-91.884	-100.617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	20 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	603 - 865
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	46 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	311 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	286 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	22 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	603 - 865
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	46 - 285
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	311 - 602
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	286 - 310
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	21 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	603 - 865
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	46 - 285
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	311 - 602
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	286 - 310
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	22 - 45
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	603 - 864
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	46 - 285
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	311 - 602
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	286 - 310

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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