PDB-9g3s: LecB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic thio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g3s

タイトル

LecB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic thiofucoside

要素

Fucose-binding lectin PA-IIL

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / cell adhesion / LecA / PA-IIL / fucose-binding

機能・相同性

Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding / Fucose-binding lectin PA-IIL

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Melicher, F. / Faltinek, L. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: Bispecific Thio-Linked Disaccharides as Inhibitors of Pseudomonas Aeruginosa Lectins LecA (PA-IL) and LecB (PA-IIL): Dual-Targeting Strategy.
著者: Faltinek, L. / Melicher, F. / Kelemen, V. / Mezo, E. / Borbas, A. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g3s.cif.gz	196.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g3s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g3s_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g3s_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	9g3s_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	9g3s_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g3rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin PA-IIL

B: Fucose-binding lectin PA-IIL

C: Fucose-binding lectin PA-IIL

D: Fucose-binding lectin PA-IIL

E: Fucose-binding lectin PA-IIL

F: Fucose-binding lectin PA-IIL

G: Fucose-binding lectin PA-IIL

H: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

99.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fucose-binding lectin PA-IIL

B: Fucose-binding lectin PA-IIL

C: Fucose-binding lectin PA-IIL

D: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Fucose-binding lectin PA-IIL

F: Fucose-binding lectin PA-IIL

G: Fucose-binding lectin PA-IIL

H: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.488, 96.951, 128.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Fucose-binding lectin PA-IIL 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: lecB, PA3361 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.362 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成

#3: 多糖

1-thio-beta-D-galactopyranose-(1-1)-alpha-L-fucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 232分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 8000, Tris, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.69 Å / Num. obs: 80145 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 11547 / CC_1/2: 0.753

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→48.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.23 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2194	3930	4.909 %
R_work	0.1854	76134	-
all	0.187	-	-
obs	-	80064	99.87 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.558 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.447 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6596	0	312	192	7100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6407
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.754	9699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.541	1.701	14627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.222	5	930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.037	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.587	10	948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.188	10	301
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.165	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.082	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.849	2.426	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.849	2.426	3692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.473	4.341	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.472	4.341	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.828	2.74	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.828	2.74	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.251	4.914	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.251	4.913	5076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.912	25.531	7265
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.912	25.531	7266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.329	274	0.281	5564	X-RAY DIFFRACTION	99.7267
1.898-1.95	0.255	273	0.239	5421	X-RAY DIFFRACTION	99.9473
1.95-2.006	0.246	259	0.214	5291	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.006-2.068	0.249	245	0.202	5171	X-RAY DIFFRACTION	99.9262
2.068-2.136	0.25	267	0.191	4941	X-RAY DIFFRACTION	99.9808
2.136-2.21	0.223	253	0.18	4803	X-RAY DIFFRACTION	99.9012
2.21-2.294	0.24	226	0.178	4648	X-RAY DIFFRACTION	99.8566
2.294-2.387	0.242	246	0.17	4490	X-RAY DIFFRACTION	99.9789
2.387-2.493	0.241	225	0.174	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.493-2.614	0.22	208	0.183	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.755	0.231	234	0.181	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.755-2.922	0.239	198	0.191	3718	X-RAY DIFFRACTION	99.949
2.922-3.123	0.229	194	0.195	3504	X-RAY DIFFRACTION	99.9459
3.123-3.372	0.224	171	0.189	3263	X-RAY DIFFRACTION	99.4498
3.372-3.692	0.205	155	0.161	3023	X-RAY DIFFRACTION	99.8743
3.692-4.125	0.175	137	0.169	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.125-4.757	0.176	154	0.161	2411	X-RAY DIFFRACTION	99.9221
4.757-5.813	0.156	94	0.162	2115	X-RAY DIFFRACTION	99.9548
5.813-8.163	0.247	75	0.204	1656	X-RAY DIFFRACTION	98.6325
8.163-48.69	0.179	42	0.206	999	X-RAY DIFFRACTION	99.8082

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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