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万見
- PDB-9g1w: NMR solution structure of the Thermus thermophilus PilF-GSPIIA domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g1w
タイトルNMR solution structure of the Thermus thermophilus PilF-GSPIIA domain
要素Type IV pilus assembly ATPase PilB
キーワードMOTOR PROTEIN / PilT-class / GSPII / PilF
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV pilus assembly ATPase PilB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing / distance geometry
データ登録者Neissner, K. / Woehnert, J. / Hacker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Wo 901/12-1 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: NMR Solution Structure of the N-Terminal GSPII Domain from the Thermus Thermophilus Traffic ATPase PilF and Reconstruction of its c-di-GMP Binding Capability.
著者: Neissner, K. / Frohnapfel, C. / Keller, H. / Duchardt-Ferner, E. / Schneider, V. / Kamjou, Z. / Averhoff, B. / Wohnert, J.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV pilus assembly ATPase PilB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9251
ポリマ－16,9251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Type IV pilus assembly ATPase PilB


分子量: 16924.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
遺伝子: pilB, TTHA0364 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLC9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HN(CA)CO
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D C(CO)NH
161isotropic23D H(CCO)NH
171isotropic73D HBHA(CO)NH
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
191isotropic23D CBCA(CO)NH
1101isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1115isotropic63D 1H-13C NOESY aliphatic
1125isotropic63D 1H-13C NOESY aromatic
1132isotropic33D 1H-15N NOESY
1143isotropic73D 1H-13C NOESY aliphatic
1153isotropic72D 1H-13C HSQC aliphatic
1174isotropic72D 1H-13C HSQC aliphatic
1161isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1181isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1438 uM [U-13C; U-15N] PilF1-154, 90% H2O/10% D2O13C_15N_PilF1-15490% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-100% 15N] PilF1-154, 90% H2O/10% D2O15N_PilF1-15490% H2O/10% D2O
solution3550 uM [U-100% 15N] PilF1-154, 90% H2O/10% D2O15N_PilF1-154_13C_methylgroups90% H2O/10% D2Oleucine and valine methylgroups (CD1/CD2) (CG1/CG2) were selectively 13C labelled.
solution4608 uM [U-15N]-Leu/Val-13C PilF1-154, 90% H2O/10% D2O15N_PilF1-154_holo-13C90% H2O/10% D2Oleucine and valine methylgroups (CD1/CD2) (CG1/CG2) were stereospecifically 13C labelled. For expression a mixture of 10%-13C-labelled and 90%-unlabelled glucose was used to achieve stereospecific labelling.
solution5335 uM [U-13C; U-15N] PilF1-154, 90% H2O/10% D2O13C_15N_PilF1-154_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
438 uMPilF1-154[U-13C; U-15N]1
500 uMPilF1-154[U-100% 15N]2
550 uMPilF1-154[U-100% 15N]3
608 uMPilF1-154[U-15N]-Leu/Val-13C4
335 uMPilF1-154[U-13C; U-15N]5
試料状態イオン強度: NaCl 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.8 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6006
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8007

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics6
simulated annealing7
distance geometry8
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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