PDB-9fys: D11 mAbs bound to alpha-Bungarotoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fys

タイトル

D11 mAbs bound to alpha-Bungarotoxin

要素

Alpha-bungarotoxin
D11 mAbs Light chain
heavy chain

キーワード

TOXIN / mAbs / bungarotoxin / antibody:toxin complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Wade, J. / Bohn, M.F. / Laustsen, A.H. / Morth, J.P.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Rational design of antibodies with pH-dependent antigen-binding properties using structural insights from broadly neutralizing antibodies against alpha-neurotoxins.
著者: Wade, J. / Strancar, N. / Fernandez-Quintero, M.L. / Siebenhaar, S. / Jansen, T. / Meier, E.P.W. / Jenkins, T.P. / Bjorn, S.P. / Nguyen, G.T.T. / Lomonte, B. / Gutierrez, J.M. / Sorensen, C.V. ...

履歴

登録	2024年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fys.cif.gz	471.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fys.ent.gz	322.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fys_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fys_full_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示
XML形式データ	9fys_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	9fys_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fys	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fytC 9hubC 9huoC 9hxoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

C: heavy chain

X: Alpha-bungarotoxin

Z: Alpha-bungarotoxin

I: D11 mAbs Light chain

M: heavy chain

B: D11 mAbs Light chain

ヘテロ分子

77.3 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.847, 83.804, 102.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	heavy chain 分子量: 13187.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: heavy chain D11 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Alpha-bungarotoxin / Alpha-Bgtx / Alpha-Btx / Alpha-bungarotoxin / isoform A31 / Alpha-BTX A31 / Alpha-BgTx(A31) / Alpha- ...Alpha-Bgtx / Alpha-Btx / Alpha-bungarotoxin / isoform A31 / Alpha-BTX A31 / Alpha-BgTx(A31) / Alpha-bungarotoxin (A31) / BGTX A31 / Alpha-elapitoxin-Bm2a / Alpha-EPTX-Bm2a / Long neurotoxin 1 分子量: 10297.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ) 発現宿主: Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ) 参照: UniProt: P60615
#3: 抗体	D11 mAbs Light chain 分子量: 15073.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES: NaOH, 12 % PEG 20000, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→38 Å / Num. obs: 158875 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.55 Å² / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 8.99
反射シェル	解像度: 1.32→1.367 Å / Num. unique obs: 14966 / CC_1/2: 0.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS	v1.0	データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.32→25.17 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	15121	5.06 %
R_work	0.1673	283583	-
obs	0.1685	149352	95.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→25.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4942	0	12	877	5831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0183	5177
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.507	7045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1119	756
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0171	919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5788	755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.32-1.33	0.4252	235	0.4318	4289	X-RAY DIFFRACTION	43.15
1.33-1.35	0.4091	311	0.4265	6350	X-RAY DIFFRACTION	63.97
1.35-1.37	0.4289	513	0.4096	8522	X-RAY DIFFRACTION	85.89
1.37-1.38	0.4132	509	0.389	9355	X-RAY DIFFRACTION	94.34
1.38-1.4	0.3831	581	0.3757	9464	X-RAY DIFFRACTION	96.51
1.4-1.42	0.3439	536	0.3593	9685	X-RAY DIFFRACTION	97.32
1.42-1.44	0.3757	546	0.3479	9683	X-RAY DIFFRACTION	97.54
1.44-1.46	0.3451	472	0.3213	9713	X-RAY DIFFRACTION	97.57
1.46-1.49	0.3189	533	0.301	9626	X-RAY DIFFRACTION	97.91
1.49-1.51	0.3014	577	0.2714	9676	X-RAY DIFFRACTION	98.03
1.51-1.54	0.2623	534	0.2507	9755	X-RAY DIFFRACTION	98.07
1.54-1.56	0.2672	496	0.2436	9840	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.56-1.59	0.2668	509	0.2352	9728	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.59-1.63	0.2385	548	0.2201	9757	X-RAY DIFFRACTION	98.44
1.63-1.66	0.2412	555	0.21	9772	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.66-1.7	0.219	589	0.1902	9767	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.7-1.74	0.198	495	0.1696	9826	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.74-1.79	0.2012	484	0.1644	9844	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.79-1.84	0.186	456	0.1569	9938	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.84-1.9	0.1887	499	0.1587	9881	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.9-1.97	0.1859	475	0.1572	9867	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.97-2.05	0.1765	511	0.1527	9908	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.05-2.14	0.1799	527	0.1511	9918	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.14-2.26	0.1798	506	0.1526	9879	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.26-2.4	0.1722	570	0.1406	9876	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.4-2.58	0.1659	567	0.1394	9886	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.58-2.84	0.161	474	0.1383	9963	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-3.25	0.1672	498	0.1399	9958	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.25-4.09	0.1716	485	0.138	9978	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-25.17	0.1469	530	0.1405	9879	X-RAY DIFFRACTION	99.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.83398708671	-2.85228335609	2.94477093666	5.91822260502	-2.42380852077	5.22242522123	-0.0685981628626	-0.255584741043	0.378792716569	0.159080501828	-0.323561675906	-0.565451322324	-0.368824249508	0.444511858674	0.441841374493	0.197349833272	-0.0783227419751	-0.0159394445093	0.323031618391	0.0114684570268	0.258615778436	11.2780107812	-40.1797378451	27.7411518259
2	7.70649761919	0.443135678966	-1.48381962182	3.631249099	1.09870722926	2.72835935456	-0.0977856474674	-0.36744320072	-0.311022875395	0.217958503993	-0.0234658136381	0.00606523064563	-0.116436079126	0.233673192323	0.127260543744	0.221486480202	0.00323953132154	-0.0327872353358	0.273988299925	0.0289796955245	0.203661683253	11.2060703124	-58.2394354798	42.1836611465
3	1.62608931393	-0.425455172417	0.725393032171	2.44457375183	-0.490347555398	2.39360729456	-0.0227083009521	-0.34265222894	-0.0641143672271	0.103664898059	0.0552030908954	0.0976035668536	-0.0299447328719	-0.109054490165	-0.0426796220341	0.146564350552	-0.00413706788143	0.00459422136616	0.308580856176	0.0291191751433	0.168577495237	1.00245204169	-48.371114682	32.2618741335
4	6.66378920872	-1.69416352947	-3.86965339771	6.13649354244	1.36338159171	2.28959453361	-0.170415231203	-0.053371700696	-1.15883165313	0.0420167846793	0.0433148926276	0.22990265095	0.554973179264	-0.584095862032	0.0833127771359	0.233760923262	-0.0361776707127	-0.0196940016733	0.257499384523	0.00785654484119	0.288538919714	6.2327962367	-62.9820676127	36.9250176641
5	1.07883324504	0.409509855329	-0.66783153498	1.29995118781	-0.529775897014	2.0969234494	0.0840782685032	-0.0755127622216	0.0333584829497	0.121297960403	-0.0648708524621	-0.0154430500657	-0.1909509458	0.207434324031	-0.0136080295825	0.168658178753	-0.0105340236443	-0.00984064823935	0.240230709368	0.00184408406366	0.160958105588	4.72933393818	-42.8164276209	23.7747076908
6	6.06475652029	-2.44091590623	1.61175006134	2.77075677058	1.28823940855	2.63489308813	0.080459269703	0.568394993847	-0.243410017212	-0.278084427208	-0.289550113978	-0.411071607918	0.357192982676	0.165328440206	0.348586909434	0.171708466244	0.00671655994063	-0.000623550858151	0.271033442404	0.0218675067666	0.184428321464	13.7379320703	-58.1927763962	35.421935994
7	3.58538914773	-2.75463335089	-1.68303187286	3.72057851214	-2.45364258008	9.52317656494	-0.455626002467	-0.694736933299	-0.0552315839217	0.771938936008	-0.0549522337923	-0.439395062448	-0.720298461468	0.37346164484	0.459758302357	0.35833975299	0.0065739159719	-0.0571579612049	0.318316333763	0.0375930135443	0.300973656289	18.4930576558	-63.6651919782	47.1288215113
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29	5.40291036298	1.89631176139	-0.820511288855	1.94058944568	-0.455109774196	1.15786295869	-0.107283415952	0.296032124423	-0.187569732951	-0.180196695711	0.0563342125137	0.0884670270308	0.00536693291632	-0.169887104413	0.0514869955399	0.188923379498	0.012848054602	-0.0194271840056	0.196261042014	-0.0218829601291	0.197911051449	0.393615673373	-49.9271802753	3.04119847064
30	2.92613822783	-3.88717963001	2.82885010464	5.22781131302	-3.84841615642	2.8934363924	-0.202795460685	-0.0904118539101	0.334261322044	0.174598785922	0.107197032213	-0.31221964304	-0.412296749489	0.194329430893	0.25506405229	0.183560140146	-0.0113212797377	-0.00933646942286	0.242711833957	-0.00181889470746	0.198921281052	18.1107302682	-46.714229536	6.26560117016
31	2.36137734989	-0.84795965065	-0.01374164866	0.588162589155	-0.075360831445	0.59628136036	0.0472073977165	-0.204538749458	-0.0678440493192	-0.0114947423834	-0.00210377293536	0.0595061739268	-0.0181755022075	0.0047738009759	-0.0389225399075	0.168194093397	0.00190877089194	0.00436686665019	0.168786929856	-0.00746301428902	0.17390205158	-5.91752941163	-45.4179573239	16.2123446754
32	9.55938317203	-0.128258534925	-2.68850936258	0.211881425707	0.1426105194	2.45171076468	-0.104864800545	0.0939067496137	-0.0100702366659	-0.00569483574905	0.0864170035415	0.0239482669985	0.0788890993196	0.101807092241	0.0111728513679	0.163193794127	0.0385863953309	-0.0105794478405	0.146560236039	0.0117226979321	0.191105802177	11.2696598006	-54.7186828455	11.1212432877

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 145 through 154 )	C	A	145 - 154	1 - 10
2	2	chain 'C' and (resid 155 through 163 )	C	A	155 - 163	11 - 19
3	3	chain 'C' and (resid 164 through 224 )	C	A	164 - 224	20 - 80
4	4	chain 'C' and (resid 225 through 232 )	C	A	225 - 232	81 - 88
5	5	chain 'C' and (resid 233 through 252 )	C	A	233 - 252	89 - 108
6	6	chain 'C' and (resid 253 through 258 )	C	A	253 - 258	109 - 114
7	7	chain 'C' and (resid 259 through 263 )	C	A	259 - 263	115 - 119
8	8	chain 'X' and (resid 1 through 45 )	X	C	1 - 45	1 - 45
9	9	chain 'X' and (resid 46 through 60 )	X	C	46 - 60	46 - 60
10	10	chain 'X' and (resid 61 through 72 )	X	C	61 - 72	61 - 72
11	11	chain 'Z' and (resid 1 through 21 )	Z	D	1 - 21	1 - 21
12	12	chain 'Z' and (resid 22 through 28 )	Z	D	22 - 28	22 - 28
13	13	chain 'Z' and (resid 29 through 45 )	Z	D	29 - 45	29 - 45
14	14	chain 'Z' and (resid 46 through 55 )	Z	D	46 - 55	46 - 55
15	15	chain 'Z' and (resid 56 through 68 )	Z	D	56 - 68	56 - 68
16	16	chain 'Z' and (resid 69 through 74 )	Z	D	69 - 74	69 - 74
17	17	chain 'I' and (resid 1 through 17 )	I	F	1 - 17	1 - 17
18	18	chain 'I' and (resid 18 through 60 )	I	F	18 - 60	18 - 60
19	19	chain 'I' and (resid 61 through 76 )	I	F	61 - 76	61 - 76
20	20	chain 'I' and (resid 77 through 133 )	I	F	77 - 133	77 - 133
21	21	chain 'M' and (resid 145 through 154 )	M	G	145 - 154	1 - 10
22	22	chain 'M' and (resid 155 through 163 )	M	G	155 - 163	11 - 19
23	23	chain 'M' and (resid 164 through 252 )	M	G	164 - 252	20 - 108
24	24	chain 'M' and (resid 253 through 264 )	M	G	253 - 264	109 - 120
25	25	chain 'B' and (resid 1 through 17 )	B	H	1 - 17	1 - 17
26	26	chain 'B' and (resid 18 through 32 )	B	H	18 - 32	18 - 32
27	27	chain 'B' and (resid 33 through 60 )	B	H	33 - 60	33 - 60
28	28	chain 'B' and (resid 61 through 67 )	B	H	61 - 67	61 - 67
29	29	chain 'B' and (resid 68 through 83 )	B	H	68 - 83	68 - 83
30	30	chain 'B' and (resid 84 through 91 )	B	H	84 - 91	84 - 91
31	31	chain 'B' and (resid 92 through 118 )	B	H	92 - 118	92 - 118
32	32	chain 'B' and (resid 119 through 133 )	B	H	119 - 133	119 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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