PDB-9fxz: Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fxz

タイトル

Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with 4-(bromophenyl)phthalazinone D-galactal ligand

要素

Galectin-8

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Galectin / phthalazinone / inhibitor / sugar binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Van Klaveren, S. / Hakansson, M. / Diehl, C. / Nilsson, N.J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Galectin-8N-Selective 4-Halophenylphthalazinone-Galactals Double pi-Stack in a Unique Pocket.
著者: van Klaveren, S. / Hassan, M. / Hakansson, M. / Johnsson, R.E. / Larsson, J. / Jakopin, Z. / Anderluh, M. / Leffler, H. / Tomasic, T. / Nilsson, U.J.

履歴

登録	2024年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2025年7月16日	ID: 8CM8
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fxz.cif.gz	330.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fxz.ent.gz	219 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fxz_validation.pdf.gz	734.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fxz_full_validation.pdf.gz	736.3 KB	表示
XML形式データ	9fxz_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	9fxz_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/9fxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/9fxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-8

B: Galectin-8

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Galectin-8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.71, 62.28, 84.75
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 153 / Label seq-ID: 8 - 153

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1 分子量: 35854.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#2: 化合物	ChemComp-V19 / 4-(4-bromophenyl)-2-[[(2~{R},3~{R},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl]oxymethyl]phthalazin-1-one 分子量: 459.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉BrN₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: A co-crystal with lactose, grown from 12 mg/ml galectin-8N in 10 mM lactose, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 1 mM TCEP and 150 mM sodium chloride mixed with 25% (w/v) PEG 2000 MME) in a hanging drop, ...詳細: A co-crystal with lactose, grown from 12 mg/ml galectin-8N in 10 mM lactose, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 1 mM TCEP and 150 mM sodium chloride mixed with 25% (w/v) PEG 2000 MME) in a hanging drop, was used to soak the compound by transferring crystals in three steps to soaking drops. These were 2 uL drops with a soaking solution of 20% ethylene glycol, 25% PEG 2000 MME, 10 mM Tris pH 8, 1 mM TCEP, 50 mM NaCl, and 2 mM compound 10. The incubation times in the first two drops were about 10 min and in the third drop about 24 h. Then the crystals were transferred to a cryo solution with the same constituents and flash-frozen in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %

結晶化

温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: A co-crystal with lactose, grown from 12 mg/ml galectin-8N in 10 mM lactose, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 1 mM TCEP and 150 mM sodium chloride mixed with 25% (w/v) PEG 2000 MME) in a hanging drop, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日詳細: Oxford Danfysik/SESO Two stage demagnification using two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射	モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→46.01 Å / Num. obs: 71690 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3466 / CC_1/2: 0.593 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2	0.3.6.3	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.7.14	位相決定
Coot	0.9.8.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→46.007 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.238 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2003	3642	5.08 %
R_work	0.1572	68048	-
all	0.159	-	-
obs	-	71690	99.729 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.476 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.253 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.729 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.007 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2352	0	59	288	2699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.793	1.848	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.634	1.795	5738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.336	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.44	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.769	10	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.743	10	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.287	2.099	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.244	2.097	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.127	3.773	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.138	3.773	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.07	2.468	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.066	2.469	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.92	4.395	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.917	4.394	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.332	29.639	13057
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.132	29.571	12937
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.218	3	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.124	0.05	4552

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12359	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12359	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.302	290	0.279	4942	0.28	5244	0.936	0.947	99.7712	0.276
1.334-1.37	0.294	252	0.245	4856	0.248	5109	0.944	0.961	99.9804	0.238
1.37-1.41	0.265	245	0.218	4716	0.22	4961	0.956	0.969	100	0.207
1.41-1.453	0.236	233	0.184	4611	0.187	4845	0.961	0.979	99.9794	0.167
1.453-1.501	0.209	231	0.161	4466	0.163	4698	0.971	0.984	99.9787	0.143
1.501-1.554	0.224	240	0.152	4300	0.156	4543	0.965	0.985	99.934	0.134
1.554-1.612	0.207	204	0.14	4172	0.143	4376	0.973	0.988	100	0.122
1.612-1.678	0.167	216	0.116	4015	0.119	4231	0.982	0.991	100	0.104
1.678-1.752	0.198	211	0.12	3857	0.123	4069	0.977	0.991	99.9754	0.108
1.752-1.838	0.182	198	0.124	3702	0.127	3901	0.98	0.99	99.9744	0.117
1.838-1.937	0.22	201	0.156	3454	0.16	3719	0.969	0.984	98.2791	0.15
1.937-2.054	0.208	183	0.136	3313	0.139	3496	0.975	0.989	100	0.139
2.054-2.196	0.189	186	0.136	3157	0.139	3346	0.977	0.989	99.9103	0.146
2.196-2.371	0.174	135	0.148	2925	0.149	3082	0.981	0.986	99.2862	0.162
2.371-2.597	0.193	173	0.15	2679	0.152	2855	0.977	0.986	99.8949	0.172
2.597-2.902	0.226	119	0.162	2469	0.165	2594	0.968	0.984	99.7687	0.191
2.902-3.349	0.176	102	0.16	2192	0.161	2304	0.98	0.984	99.566	0.198
3.349-4.096	0.194	99	0.16	1873	0.162	1986	0.98	0.984	99.2951	0.198
4.096-5.77	0.179	78	0.155	1468	0.156	1561	0.982	0.987	99.0391	0.224
5.77-46.007	0.225	46	0.202	881	0.203	939	0.97	0.972	98.722	0.282

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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