PDB-9fqk: Perkinsus marinus Respiratory complex II soluble region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fqk

タイトル

Perkinsus marinus Respiratory complex II soluble region

要素

(Succinate dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Respiratory complex / complex II soluble region

機能・相同性

FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Perkinsus marinus (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wu, F. / Amunts, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Perkinsus marinus Respiratory complex II soluble region
著者: Wu, F. / Amunts, A.

履歴

登録	2024年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fqk.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fqk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fqk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fqk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9fqk_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	9fqk_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fqk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	50398M 9fzl M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (2)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

2m: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

2n: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

96.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Succinate dehydrogenase [ubiquinone] ... , 2種, 2分子 2m2n

#1: タンパク質	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial 分子量: 65587.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: succinate dehydrogenase
#2: タンパク質	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial 分子量: 29680.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: succinate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 5分子

#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₃S₄
#7: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Respiratory complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Perkinsus marinus (真核生物)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影	電子線照射量: 44 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296890 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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