PDB-9er5: Hydrogenase-1 Ni-B state poised at +100mV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9er5

タイトル

Hydrogenase-1 Ni-B state poised at +100mV

要素

(Hydrogenase-1 ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.l. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutamate flick enables proton tunnelling during fast redox biocatalysis
著者: Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.l. / Evans, R.M. / Kendall-Price, S.E.T. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9er5.cif.gz	388.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9er5.ent.gz	296.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9er5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9er5_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9er5_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	9er5_validation.xml.gz	82.4 KB	表示
CIF形式データ	9er5_validation.cif.gz	114.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9er5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9er5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqiC 9eqlC 9er6C 9er7C 9er9C 9eraC 9erbC 9ercC 9erpC 9errC 9ersC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Hydrogenase-1 small chain

L: Hydrogenase-1 large chain

T: Hydrogenase-1 small chain

M: Hydrogenase-1 large chain

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.620, 97.360, 182.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質	Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated costruct with transmembrane helix removed / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

#1: タンパク質

Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated costruct with transmembrane helix removed / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)

#2: タンパク質

Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 9種, 1355分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER 分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.51 % / 解説: Thin rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM tris pH 8 200 mM LiSO4 150 mM NaCl 19-21 % PEG 3350 Temp details: Ambient temperture in anaerobic glovebox

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→86 Å / Num. obs: 328283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.27 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 2.7 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 18065 / CC_1/2: 0.388 / R_pim(I) all: 0.89 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5.8.0419	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→85.948 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.091 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1735	16072	4.915 %
R_work	0.1534	310911	-
all	0.154	-	-
obs	-	326983	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.227 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.095 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.144 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→85.948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13154	0	71	1338	14563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	13866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	12821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.657	18941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.638	1.581	29577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.475	5	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.569	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.325	10	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.676	10	645
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	16758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	12297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	6990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.299	1.477	6839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.299	1.477	6839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.728	2.65	8565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.728	2.65	8566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.452	1.697	7027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.453	1.697	7022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.643	3.012	10289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.643	3.012	10284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.376	15.824	16166
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.256	14.808	15859

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.317	1174	0.316	22803	0.316	24026	0.922	0.924	99.7961	0.316
1.436-1.476	0.302	1170	0.286	22176	0.287	23367	0.931	0.938	99.9101	0.286
1.476-1.518	0.272	1152	0.249	21616	0.25	22773	0.947	0.954	99.978	0.249
1.518-1.565	0.25	1057	0.226	21012	0.227	22072	0.954	0.962	99.9864	0.226
1.565-1.617	0.223	1038	0.199	20403	0.2	21444	0.964	0.971	99.986	0.199
1.617-1.673	0.201	1051	0.183	19746	0.184	20797	0.971	0.976	100	0.183
1.673-1.736	0.187	977	0.169	19065	0.169	20042	0.975	0.98	100	0.169
1.736-1.807	0.179	988	0.154	18291	0.155	19280	0.979	0.984	99.9948	0.154
1.807-1.888	0.175	854	0.146	17666	0.147	18521	0.98	0.986	99.9946	0.146
1.888-1.98	0.18	839	0.138	16892	0.14	17732	0.98	0.988	99.9944	0.138
1.98-2.087	0.159	797	0.14	16087	0.141	16887	0.984	0.989	99.9822	0.14
2.087-2.213	0.166	817	0.133	15195	0.134	16012	0.984	0.99	100	0.133
2.213-2.366	0.139	749	0.121	14276	0.122	15027	0.988	0.991	99.9867	0.121
2.366-2.555	0.147	716	0.123	13326	0.124	14042	0.987	0.991	100	0.123
2.555-2.799	0.15	632	0.126	12299	0.127	12931	0.987	0.991	100	0.126
2.799-3.129	0.158	583	0.14	11192	0.141	11775	0.985	0.988	100	0.14
3.129-3.612	0.168	517	0.149	9899	0.15	10416	0.985	0.988	100	0.149
3.612-4.422	0.137	416	0.127	8450	0.128	8867	0.989	0.991	99.9887	0.127
4.422-6.245	0.147	335	0.134	6611	0.134	6947	0.991	0.992	99.9856	0.134
6.245-85.948	0.157	207	0.157	3801	0.157	4011	0.987	0.986	99.9252	0.157

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

-
非ポリマー , 9種, 1355分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

-非ポリマー , 9種, 1355分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

-
非ポリマー , 9種, 1355分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)