PDB-9ef7: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ef7

タイトル

Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 20057

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / N-myristoyltransferase / NMT / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI155536	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	6R21 AI137815-02	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 20057
著者: Staker, B.L. / Fan, E.

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9ef7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ef7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ef7_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ef7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ef7_validation.xml.gz	47.8 KB	表示
CIF形式データ	9ef7_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9ef7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9ef7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CrpaA.18219.a.A10.PS38408

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.812, 88.162, 97.985
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 50717.109 Da / 分子数: 2 / 変異: del(1-39) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd3_320 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5CV46, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

#1: タンパク質

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

分子量: 50717.109 Da / 分子数: 2 / 変異: del(1-39) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd3_320
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5CV46, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 629分子

#2: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1BHQ / (2M)-2-[5-chloro-2-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)-1H-1,3-benzimidazole-4-carboxamide 分子量: 452.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₁ClN₆OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.42, 25.68% w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 80552 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.35 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 1.379 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 349940

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	4.3	1.222	3924	0.44	0.782	0.675	1.404	0.687	94.8
1.83-1.86	4.4	1.066	3934	0.579	0.856	0.575	1.217	0.732	94.9
1.86-1.9	4.4	0.909	3942	0.648	0.887	0.487	1.036	0.854	94.6
1.9-1.94	4.4	0.685	3897	0.705	0.91	0.368	0.781	0.961	94.7
1.94-1.98	4.4	0.508	3967	0.846	0.957	0.271	0.578	0.845	94.7
1.98-2.03	4.4	0.394	3912	0.882	0.968	0.211	0.449	0.937	95.2
2.03-2.08	4.4	0.332	3937	0.891	0.971	0.178	0.378	1.2	94.5
2.08-2.13	4.4	0.265	3982	0.938	0.984	0.142	0.302	1.189	95.5
2.13-2.2	4.4	0.23	3939	0.957	0.989	0.123	0.262	1.32	95.4
2.2-2.27	4.4	0.23	4015	0.95	0.987	0.123	0.262	1.768	96.3
2.27-2.35	4.3	0.182	4014	0.972	0.993	0.098	0.207	1.541	96.5
2.35-2.44	4.3	0.156	4084	0.976	0.994	0.084	0.178	1.664	97
2.44-2.55	4.4	0.134	4046	0.982	0.995	0.072	0.153	1.728	98.1
2.55-2.69	4.3	0.117	4100	0.985	0.996	0.064	0.134	1.864	98.4
2.69-2.86	4.3	0.1	4119	0.989	0.997	0.055	0.115	2.042	98.7
2.86-3.08	4.4	0.082	4089	0.992	0.998	0.045	0.094	2.16	98.9
3.08-3.39	4.3	0.068	4146	0.993	0.998	0.037	0.077	1.857	98.5
3.39-3.88	4.3	0.059	4144	0.995	0.999	0.032	0.067	1.765	99
3.88-4.88	4.2	0.052	4199	0.995	0.999	0.029	0.059	1.222	99.3
4.88-50	4.2	0.04	4162	0.998	0.999	0.022	0.046	1.152	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1-4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→38.54 Å / SU ML: 0.2002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	4084	5.08 %
R_work	0.1682	76360	-
obs	0.1697	80444	96.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7036	0	262	614	7912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	8040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8366	10913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0538	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4512	3060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3387	118	0.2969	2390	X-RAY DIFFRACTION	88.87
1.82-1.85	0.2778	135	0.2703	2592	X-RAY DIFFRACTION	94.1
1.85-1.87	0.3007	128	0.2686	2577	X-RAY DIFFRACTION	94.51
1.87-1.89	0.3536	126	0.2668	2560	X-RAY DIFFRACTION	94.71
1.89-1.92	0.28	162	0.2485	2567	X-RAY DIFFRACTION	93.62
1.92-1.95	0.2322	134	0.2326	2557	X-RAY DIFFRACTION	95.02
1.95-1.98	0.2608	139	0.217	2575	X-RAY DIFFRACTION	94.7
1.98-2.01	0.269	147	0.2089	2560	X-RAY DIFFRACTION	94.16
2.01-2.04	0.2643	147	0.1973	2607	X-RAY DIFFRACTION	95.29
2.04-2.08	0.2242	150	0.1997	2562	X-RAY DIFFRACTION	94.17
2.08-2.11	0.2096	167	0.184	2576	X-RAY DIFFRACTION	95.88
2.11-2.15	0.2072	136	0.1873	2616	X-RAY DIFFRACTION	94.8
2.15-2.2	0.2144	122	0.183	2598	X-RAY DIFFRACTION	95.81
2.2-2.25	0.2334	155	0.1911	2615	X-RAY DIFFRACTION	95.45
2.25-2.3	0.2481	157	0.1819	2589	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.3-2.36	0.2254	134	0.1799	2647	X-RAY DIFFRACTION	96.3
2.36-2.42	0.2061	116	0.1661	2669	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.42-2.49	0.224	140	0.1652	2671	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.49-2.57	0.2185	145	0.161	2676	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.57-2.66	0.1747	133	0.1592	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.66-2.77	0.1985	155	0.1568	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.77-2.9	0.1835	154	0.1715	2680	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.9-3.05	0.1864	143	0.1629	2720	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.05-3.24	0.2079	135	0.1505	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.24-3.49	0.1876	127	0.152	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.86
3.49-3.84	0.1778	161	0.1427	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.84-4.4	0.1488	144	0.1341	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.24
4.4-5.53	0.1555	141	0.142	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.48
5.54-38.54	0.216	133	0.1971	2756	X-RAY DIFFRACTION	97.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.88338182295	-0.156113376907	-0.465001809369	2.25462748631	0.310619798841	2.49872984974	-0.10770890561	0.0761783098198	-0.174515391078	0.109201712988	0.0641871264176	0.0345147959448	0.179092262722	0.0323484489306	0.0317331496132	0.226712798948	-0.0585155839962	-0.0123870928452	0.147529720656	-0.0272785654053	0.203928461804	13.2526887199	-2.24084781509	41.0366776979
2	2.43148155906	-0.245572044999	0.290108438514	1.76519793876	0.0350407600118	2.45628901431	-0.0369682134181	-0.233872180986	0.48563367674	0.015092472021	0.0543865179813	0.33376767884	-0.52099906752	-0.483236311202	0.00881008722718	0.297668179435	0.0679720368767	-4.47424972553E-5	0.219967988218	-0.023415300837	0.341912115495	2.28425358721	26.0128298045	53.7527871087
3	1.80293664156	-0.616868204149	-0.254890425118	2.05458539789	0.750913057649	1.87081321674	-0.000274129021504	0.267331816382	0.141506796487	-0.395931553344	-0.0348459152833	0.0932596782899	-0.433435826056	-0.237013283705	0.0300263475755	0.332113776522	-0.0262129676844	-0.0488980413005	0.238052926958	0.0224298473444	0.198875806951	8.38407745271	16.8589562369	36.2066669574
4	2.80005452178	-0.113020065303	-0.231375795106	2.0908588558	-0.577980127221	2.21958855563	-0.0600859053436	0.239968177027	0.139238752553	-0.409920148487	0.0342058629814	0.0484763299919	0.0223023048535	0.243863435897	0.0279216436978	0.263950511579	-0.0853689590425	-0.0217201857596	0.249677788391	-0.0189493266079	0.189049356789	11.3657287653	-13.9480081056	-3.17460540673
5	2.97699435714	-0.261868311211	2.20319253542	0.182133817247	-0.074846637958	2.70754017208	0.173168546562	-0.0189647182856	-0.0326828995548	0.211999898314	-0.156974519491	-0.150561941056	0.165039562213	0.19652959897	-0.0254822535959	0.219086742638	-0.0112228992555	0.0414422721902	0.191606065743	-0.0317981682511	0.144127686309	16.6599989861	-22.824307272	25.6910560191
6	1.41327510918	-0.174526027068	0.597404994649	2.55243219931	-0.707734503829	2.23970052309	0.00792727372954	-0.0496788051356	0.0408876952176	0.0466329292935	0.0817396691077	0.366646772155	0.0971966268098	-0.139250872382	-0.0766487068493	0.185451260818	-0.0476808335664	0.0359393877091	0.179139905496	-0.0288661461899	0.222859408513	0.64735738378	-20.5652126826	14.4232059007

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 41 through 220 )	A	A	41 - 220	1 - 180
2	2	chain 'A' and (resid 221 through 271 )	A	A	221 - 271	181 - 231
3	3	chain 'A' and (resid 272 through 466 )	A	A	272 - 466	232 - 426
4	4	chain 'B' and (resid 41 through 212 )	B	B	41 - 212	1 - 172
5	5	chain 'B' and (resid 213 through 271 )	B	B	213 - 271	173 - 231
6	6	chain 'B' and (resid 272 through 466 )	B	B	272 - 466	232 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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