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万見
- PDB-9ecm: Structure of the human integrin alphaX transmembrane domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ecm
タイトルStructure of the human integrin alphaX transmembrane domain
要素Integrin alpha-X
キーワードCELL ADHESION / Integrin / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / positive regulation of myelination / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions ...integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / positive regulation of myelination / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / secretory granule membrane / animal organ morphogenesis / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / cell adhesion / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / cell surface / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ulmer, T.S. / Vu, H.N. / Situ, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG072442 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Functional unfolding of the integrin alpha X transmembrane helix.
著者: Vu, H.N. / Lee, M. / Situ, A.J. / An, W. / Ley, K. / Kim, C. / Ulmer, T.S.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6411
ポリマ－4,6411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 26target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Integrin alpha-X / CD11 antigen-like family member C / Leu M5 / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain ...CD11 antigen-like family member C / Leu M5 / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95


分子量: 4640.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAX, CD11C
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P20702
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: bicelle
内容: 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] alphaX peptide, 350 mM 1,2-dihexanoly-sn-glycero-3-phosphocholine, 105 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 25 mM HEPES, 95% H2O/5% D2O
Label: 2H/13C/15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMalphaX peptide[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
350 mM1,2-dihexanoly-sn-glycero-3-phosphocholinenone1
105 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenone1
25 mMHEPESnone1
試料状態イオン強度: 0..025 M / Label: condition_1 / pH: 7.4 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 313.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 26 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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