[日本語] English
万見
- PDB-9dzm: Dimeric human OCT2 (POU2F2) POU domain bound to palindromic MORE DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dzm
タイトルDimeric human OCT2 (POU2F2) POU domain bound to palindromic MORE DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
  • POU domain, class 2, transcription factor 2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


humoral immune response / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity ...humoral immune response / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site ...Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 2, transcription factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Terrell, J.R. / Poon, G.M.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL155178 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2028902 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137160 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2025
タイトル: Coupled Heterogeneity to Dimeric Site-Specific Binding by the POU-Family Transcription Factor OCT2.
著者: Terrell, J.R. / Poon, G.M.K.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
C: POU domain, class 2, transcription factor 2
D: POU domain, class 2, transcription factor 2
E: POU domain, class 2, transcription factor 2
F: POU domain, class 2, transcription factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3827
ポリマ－90,3026
非ポリマー801
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.029, 54.922, 69.164
Angle α, β, γ (deg.)82.373, 79.657, 71.769
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6438.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*A)-3')


分子量: 6751.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質
POU domain, class 2, transcription factor 2 / Lymphoid-restricted immunoglobulin octamer-binding protein NF-A2 / Octamer-binding protein 2 / Oct- ...Lymphoid-restricted immunoglobulin octamer-binding protein NF-A2 / Octamer-binding protein 2 / Oct-2 / Octamer-binding transcription factor 2 / OTF-2


分子量: 19278.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU2F2, OCT2, OTF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09086
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 150 mM KBr, 27.5% PEG MME 2000 mixed 1:1 with 200 uM DNA:protein complex

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日
放射モノクロメーター: vertical DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→33.91 Å / Num. obs: 16395 / % possible obs: 95.45 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 51.55 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06205 / Rpim(I) all: 0.0564 / Rrim(I) all: 0.08414 / Net I/σ(I): 8.37
反射 シェル解像度: 2.54→2.631 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4024 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 1603 / CC1/2: 0.87 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.3637 / Rrim(I) all: 0.544 / % possible all: 95.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→33.91 Å / SU ML: 0.3803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.7684
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1640 10.01 %
Rwork0.2172 14740 -
obs0.2197 16380 95.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→33.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2209 875 1 34 3119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88594533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.22541285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.610.36151330.36541194X-RAY DIFFRACTION95.13
2.61-2.70.38131370.33331236X-RAY DIFFRACTION95.21
2.7-2.80.3181350.27721214X-RAY DIFFRACTION95.13
2.8-2.910.3021370.27031238X-RAY DIFFRACTION94.31
2.91-3.040.32771380.25931236X-RAY DIFFRACTION96.76
3.04-3.20.30391370.2771237X-RAY DIFFRACTION95.88
3.2-3.40.23571380.22671229X-RAY DIFFRACTION95.73
3.4-3.660.25771350.20441212X-RAY DIFFRACTION95.33
3.66-4.030.21761400.20011260X-RAY DIFFRACTION95.89
4.03-4.610.20231360.1831220X-RAY DIFFRACTION95.49
4.61-5.80.1961360.19071232X-RAY DIFFRACTION95.73
5.81-33.910.21351380.18191232X-RAY DIFFRACTION95.21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る