PDB-9dz7: Structure of ALAS bound to glycine from S. cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dz7

タイトル

Structure of ALAS bound to glycine from S. cerevisiae

要素

5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / heme biosynthesis / 5-aminolevulinic acid / pyridoxal 5-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of organelle assembly / Heme biosynthesis / 5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.487 Å

データ登録者

Tran, J.U. / Brown, B.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ALAS bound to glycine from S. cerevisiae
著者: Tran, J.U. / Brown, B.L.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

登録構造単位

F: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

A: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

C: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

E: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

D: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

B: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

328 kDa, 6 ポリマー
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1

F: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

E: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
110 kDa, 2 ポリマー
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2

A: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

B: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 2 ポリマー
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3

C: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

D: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.672, 112.518, 117.388
Angle α, β, γ (deg.)	115.76, 98.31, 91.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase 分子量: 53970.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 306.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% v/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.487→48.912 Å / Num. obs: 93703 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 43.52 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_rim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 6.27
反射シェル	解像度: 2.49→2.63 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 14980 / CC_1/2: 0.577 / R_rim(I) all: 0.892 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.487→48.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 21.19 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2074	5044	5.4 %	RANDOM
R_work	0.16761	-	-	-
obs	0.1698	88660	98.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	-0.51 Å²	-0.65 Å²
2-	-	-0.23 Å²	-0.39 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.487→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21950	0	161	630	22741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	22541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	20859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.647	30468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.447	1.572	48654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.208	5	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.672	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.699	10	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	25310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.807	2.609	11253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.807	2.609	11254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.82	3.903	14033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.82	3.903	14034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.349	2.876	11288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.349	2.877	11289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.607	4.195	16436
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.522	34.311	25114
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.523	34.314	25115
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.487→2.552 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	322	-
R_work	0.281	6461	-
obs	-	-	97.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1247	-2.6339	0.491	7.5971	-1.7513	0.5746	0.0294	-0.0033	-0.0557	-0.0794	-0.1024	-0.3547	0.0946	0.1933	0.073	0.2655	0.0004	-0.054	0.3381	-0.0507	0.3483	15.211	16.376	22.28
2	0.7827	0.4056	0.5645	1.1948	0.4755	1.5481	-0.0551	-0.0715	0.0441	0.0598	-0.0319	0.0549	0.1192	-0.103	0.0871	0.0728	-0.0255	0.0131	0.1044	-0.0031	0.1163	-11.169	11.896	10.922
3	3.766	-0.3193	-0.726	3.3031	0.7262	2.1163	0.0484	0.186	-0.2624	-0.1441	-0.0029	-0.2488	0.2529	0.1039	-0.0454	0.0873	-0.022	-0.0007	0.0917	0.0309	0.1985	13.202	24.784	2.085
4	1.8644	0.5164	-0.3553	6.223	-2.4921	3.094	0.2103	-0.2866	0.1841	0.5042	0.0219	0.6167	-0.2103	-0.1293	-0.2322	0.1634	-0.0114	-0.0711	0.2599	-0.0654	0.2412	-19.191	23.711	7.931
5	0.624	-0.1198	0.3349	0.4404	0.8059	2.8954	-0.0127	-0.1987	0.0083	0.1398	-0.2093	0.232	0.3234	-0.6033	0.222	0.179	-0.0294	0.0367	0.3258	-0.0843	0.2685	-16.198	12.502	31.666
6	0.9	-0.5195	0.2324	2.506	0.2519	1.3555	0.018	-0.0893	-0.1298	0.1616	-0.0459	-0.0935	0.2825	0.0733	0.0279	0.1925	-0.0418	-0.0082	0.1628	0.0214	0.176	6.496	1.313	36.499
7	3.3039	-0.8254	1.0455	1.9436	0.2802	1.395	0.016	-0.2405	-0.7234	0.3388	-0.0637	0.4654	0.434	-0.5855	0.0477	0.3476	-0.1353	0.1557	0.4713	-0.0852	0.3236	-16.179	3.382	46.812
8	2.7812	-1.1425	-0.5426	1.7586	0.0796	2.1554	-0.1121	-0.0069	-0.3469	0.2473	0.0499	0.1073	0.0647	-0.2751	0.0623	0.421	-0.0675	0.0221	0.3139	-0.078	0.1762	-7.002	9.216	49.058
9	0.7516	-0.1608	-0.1474	1.4759	0.3054	1.4482	-0.0278	0.0387	0.0607	-0.0686	-0.017	-0.0687	-0.1508	-0.0007	0.0448	0.1034	-0.0116	-0.0383	0.0749	0.0407	0.1513	17.147	-35.539	7.406
10	3.5483	0.6038	0.4232	3.1523	-0.4897	1.4767	0.0352	0.2262	0.2182	-0.0985	-0.0377	-0.2739	-0.2104	0.3455	0.0025	0.1224	-0.0202	-0.0047	0.1891	0.0392	0.1439	37.175	-33.849	23.581
11	1.6147	-0.7268	-1.6659	1.4379	-1.0996	4.9443	0.0161	0.2074	-0.1084	-0.0742	0.0646	0.1268	0.1951	-0.5722	-0.0806	0.2485	0.0379	-0.0161	0.186	0.012	0.286	8.345	-34.615	19.214
12	4.5383	4.1841	0.8391	10.0362	-2.0832	2.6056	-0.1276	0.3606	0.0726	-0.9469	-0.1306	0.7434	0.1048	-0.1594	0.2582	0.4177	0.1501	-0.1374	0.4238	-0.1179	0.4825	0.675	-30.916	-10.393
13	1.0621	0.2048	-0.8566	1.6683	-0.2982	1.5953	-0.0227	0.1802	-0.0939	-0.1412	0.0152	-0.0007	-0.0048	-0.0948	0.0076	0.0801	-0.0102	-0.0272	0.0615	0.0274	0.1833	23.487	-55.408	-11.825
14	12.8499	2.0766	-2.017	4.3084	0.4661	5.3743	0.0432	0.7036	1.3387	-0.3074	0.1449	0.3561	-0.6283	-0.2353	-0.1881	0.2253	0.0524	-0.0416	0.3598	0.0492	0.4797	-2.591	-54.529	-14.257
15	2.5585	0.5524	-1.3611	2.5033	0.5437	1.1305	0.0282	0.5224	0.1103	-0.2209	-0.0933	0.1791	0.0778	-0.3735	0.0651	0.3001	-0.03	0.0354	0.2018	-0.0011	0.2188	14.021	-64.417	-15.519
16	0.7859	-1.0732	-0.8094	3.6376	0.4798	1.0303	0.1224	-0.3015	0.2149	0.1011	-0.0171	-0.7264	-0.2049	0.496	-0.1053	0.2341	-0.0911	0.0047	0.4869	0.0631	0.2971	8.661	-8.814	-50.121
17	1.0049	0.3675	0.1082	1.17	-0.3061	2.5934	0.0334	-0.044	0.0942	0.1727	0.0106	0.0687	-0.2196	-0.0256	-0.044	0.0502	-0.0007	-0.0019	0.0554	0.0226	0.088	-11.074	-12.613	-33.209
18	4.1754	-0.2811	0.2659	0.6382	-0.2217	1.0826	0.0679	-0.0246	-0.0836	0.0683	-0.0663	-0.0974	0.0582	0.128	-0.0016	0.1363	-0.0072	-0.0088	0.0978	-0.0085	0.0987	7.34	-27.799	-44.74
19	2.603	-3.3105	0.1733	6.6223	-1.0191	0.312	0.4171	0.5134	-0.3451	-0.1953	-0.4201	0.7923	-0.1192	-0.1149	0.003	0.484	0.0757	-0.0494	0.7882	-0.1665	0.7036	-25.519	-8.663	-45.362
20	4.8801	-1.8848	2.4524	0.7721	-1.1347	5.3662	0.0373	-0.0146	0.2245	0.079	0.1166	0.0288	-0.8475	-0.481	-0.1539	0.5475	0.0536	0.1403	0.5865	0.0249	0.54	-22.814	1.259	-25.681
21	1.2305	0.4605	0.462	1.5158	0.0502	2.4671	0.0163	-0.0976	0.2252	0.1933	-0.0523	-0.0365	-0.3688	0.2235	0.036	0.2052	-0.1118	0.0047	0.187	0.0447	0.1966	0.916	14.181	-45.56
22	4.688	0.3687	-0.1147	1.0084	0.0259	1.823	0.1024	-0.7464	0.1106	0.2573	-0.0714	0.1453	-0.34	-0.0437	-0.0311	0.4479	0.0063	0.0114	0.3008	0.0367	0.2826	-13.321	21.172	-48.877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	69 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 395
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	396 - 508
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	513 - 548
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	69 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	152 - 380
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	381 - 458
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	459 - 548
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	69 - 394
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	395 - 500
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	501 - 547
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	68 - 93
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	94 - 429
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	430 - 452
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	453 - 547
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	69 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	142 - 381
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	382 - 532
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	533 - 547
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	69 - 93
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	94 - 426
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	427 - 547

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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