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万見
- PDB-9dur: Cryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dur
タイトルCryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS
要素
  • Protein ENL
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE / Mammalian / ENL YEATS / CRBN / dHTC1 / CIP / targeted protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / fibrillar center / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain ...AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein ENL / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cheong, H. / Hunkeler, M. / Fischer, E.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA214608 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: High-throughput diversification of protein-ligand surfaces to discover chemical inducers of proximity.
著者: James B Shaum / Miquel Muñoz I Ordoño / Erica A Steen / Daniela V Wenge / Hakyung Cheong / Moritz Hunkeler / Eric M Bilotta / Zoe Rutter / Paige A Barta / Abby M Thornhill / Natalia ...著者: James B Shaum / Miquel Muñoz I Ordoño / Erica A Steen / Daniela V Wenge / Hakyung Cheong / Moritz Hunkeler / Eric M Bilotta / Zoe Rutter / Paige A Barta / Abby M Thornhill / Natalia Milosevich / Lauren M Hargis / Jordan Janowski / Timothy R Bishop / Trever R Carter / Bryce da Camara / Matthias Hinterndorfer / Lucas Dada / Wen-Ji He / Fabian Offensperger / Hirotake Furihata / Sydney R Schweber / Charlie Hatton / Yanhe Wen / Benjamin F Cravatt / Keary M Engle / Katherine A Donovan / Bruno Melillo / Seiya Kitamura / Alessio Ciulli / Scott A Armstrong / Eric S Fischer / Georg E Winter / Michael A Erb
要旨: Chemical inducers of proximity (CIPs) stabilize biomolecular interactions, often causing an emergent rewiring of cellular biochemistry. While rational design strategies can expedite the discovery of ...Chemical inducers of proximity (CIPs) stabilize biomolecular interactions, often causing an emergent rewiring of cellular biochemistry. While rational design strategies can expedite the discovery of heterobifunctional CIPs, monovalent, molecular glue-like CIPs have relied predominantly on serendipity. Envisioning a prospective approach to discover molecular glues for a pre-selected target, we hypothesized that pre-existing ligands could be systematically decorated with chemical modifications to empirically discover protein-ligand surfaces that are tuned to cooperatively engage another protein interface. Here, we used sulfur(VI)-fluoride exchange (SuFEx)-based high-throughput chemistry (HTC) to install 3,163 structurally diverse chemical building blocks onto ENL and BRD4 ligands and then screened the crude products for degrader activity. This revealed dHTC1, a potent, selective, and stereochemistry-dependent degrader of ENL. It recruits CRL4 to ENL through an extended interface of protein-protein and protein-ligand contacts, but only after pre-forming the ENL:dHTC1 complex. We also characterized two structurally distinct BRD4 degraders, including dHTC3, a molecular glue that selectively dimerizes the first bromodomain of BRD4 to SCF , an E3 ligase not previously accessible for chemical rewiring. Altogether, this study introduces HTC as a facile tool to discover new CIPs and actionable cellular effectors of proximity pharmacology.
履歴
登録2024年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein cereblon
C: Protein ENL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1124
ポリマ－73,3702
非ポリマー7422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 55144.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal FLAG tagged CRBN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 Protein ENL / YEATS domain-containing protein 1


分子量: 18225.002 Da / 分子数: 1 / Fragment: YEATS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C terminal His tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT1, ENL, LTG19, YEATS1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03111
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-A1IQT / 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide


分子量: 676.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N8O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Ternary complex of dHTC1 induced DDB1dB/CRBN, ENL YEATS complexCOMPLEXENL YEATS domain bound to full length CRBN bound via degrader dHTC1#1-#20MULTIPLE SOURCES
2ENL YEATS domainCOMPLEX#21RECOMBINANT
3DDB1dB/CRBNCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.169 MDaNO
220.0182 MDaNO
330.151 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Escherichia coli B (大腸菌)37762
43Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM HEPES/NaOH pH7.4, 150 mM NaCl. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Particles from two grids were merged for this data set. The grids differed in protein concentration. Grid1: DDB1dB/CRBN:dHTC1:ENL YEATS of 1.4, 14, 2.8 uM Grid2: DDB1dB/CRBN:dHTC1:ENL YEATS of 1.6, 16, 3.2 uM
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 ...詳細: Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixturewas applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.87 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 22883
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5a粒子像選択
2EPU3.7画像取得
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
7ISOLDE1.6.0モデルフィッティング
8Coot0.9.8.0モデルフィッティング
9UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング
10Rosetta3.13モデルフィッティング
12cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.5.3分類
15cryoSPARC4.5.3３次元再構成
16PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9955887
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185312 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 119.8
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
18tnq

8tnq

B8tnqB1
26phy

6phy

A6phyA2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 155.43 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00324257
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71235775
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463623
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054743
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9003597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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