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- PDB-9dg9: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase E207A mutant in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dg9
タイトルTetrahydroprotoberberine N-methyltransferase E207A mutant in complex with R-reticuline and SAM
要素Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid
機能・相同性(S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Glaucium flavum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lang, D.E. / Ng, K.K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The stereospecific activities of the tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase with alternative substrates provide insight into the catalytic mechanisms of benzylisoquinoline alkaloid N-methylation.
著者: Lang, D.E. / Ng, K.K.S. / Rehman, F. / Morris, J.S. / Facchini, P.J.
履歴
登録2024年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6956
ポリマ－43,7441
非ポリマー9515
水6,485360
1
A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,39112
ポリマ－87,4882
非ポリマー1,90310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
Buried area3330 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.693, 103.693, 82.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase


分子量: 43743.895 Da / 分子数: 1 / 変異: E207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaucium flavum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5S8WF76, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 365分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1A4H / (R)-reticuline / (1R)-1-[(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)methyl]-6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-ol


分子量: 329.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 15 mM ammonium sulfate, 6% Glycerol, 0.5 mM (R)-reticuline, 0.5 mM SAM, 0.1 mM Tris-Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.46 Å / Num. obs: 67813 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.016 / Net I/σ(I): 14.84
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2720 / CC1/2: 0.698 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→39.459 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.543 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 3468 5.114 %
Rwork0.1777 64345 -
all0.179 --
obs-67813 99.863 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.019 Å20.009 Å20 Å2
2--0.019 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 0 63 360 3116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.8343945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8335357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.56458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.06210542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.53710135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21999
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2090.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1590.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9135.11401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9988.541767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5845.9441516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.0669.8952178
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.59146.0034748
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.6-1.6420.2762580.26347200.26449780.9450.9491000.263
1.642-1.6860.272210.24546010.24648220.9480.9581000.245
1.686-1.7350.2522300.24944850.24947160.9540.95699.97880.249
1.735-1.7890.2432550.20943440.21145990.9640.9711000.209
1.789-1.8470.2152140.1942040.19144180.9720.9771000.19
1.847-1.9120.2382180.23240680.23243000.9650.96299.67440.232
1.912-1.9840.291950.26439260.26541350.9470.94699.66140.264
1.984-2.0640.2251990.19838280.240270.9680.9751000.198
2.064-2.1560.221900.21536200.21538160.9620.96199.84280.215
2.156-2.2610.2441790.22134830.22236860.8990.92299.34890.221
2.261-2.3830.2171640.18733270.18935080.9720.97299.51540.187
2.383-2.5270.2282000.1831070.18333080.970.97599.96980.18
2.527-2.70.1911700.17529630.17631340.9770.9799.96810.175
2.7-2.9160.1741550.16427740.16429300.9810.98399.96590.164
2.916-3.1920.1671350.16425540.16426890.9820.9831000.164
3.192-3.5660.1611300.14923160.1524500.9840.98599.83670.149
3.566-4.1120.1641270.13920450.14121750.9820.98899.86210.139
4.112-5.0230.1641010.13817560.1418570.9820.9881000.138
5.023-7.0460.178770.17513980.17514750.9790.9811000.175
7.046-39.4590.197500.1678240.1698750.9720.98199.88570.167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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