[日本語] English
万見
- PDB-9d97: KIR3DL1 - HLA-B*38-YHE complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d97
タイトルKIR3DL1 - HLA-B*38-YHE complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Cyclin-A2
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Killer Immunoglobulin-like receptor / Human Leucocyte Antigen / immune complex / NK cell
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / : / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus ...HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / : / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon / positive regulation of DNA biosynthetic process / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A2-CDK2 complex / G2 Phase / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / regulation of DNA replication / microtubule organizing center / G0 and Early G1 / cochlea development / Telomere Extension By Telomerase / animal organ regeneration / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / cellular response to iron(III) ion / cellular response to estradiol stimulus / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G2/M transition of mitotic cell cycle / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Orc1 removal from chromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / Processing of DNA double-strand break ends / protein refolding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / early endosome membrane / protein homotetramerization / cellular response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C ...: / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Cyclin-A2 / Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhu, S. / Vivian, J. / Petersen, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ancient MHC class I molecule HLA-B*38:01 calibrates the immune system to protect against multiple sclerosis
著者: Ladell, K. / Zhu, S. / Kaufmann, M. / Vivian, J. / Petersen, J. / Rossjohn, J. / Price, D. / Fugger, L.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Cyclin-A2
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9857
ポリマ－78,3224
非ポリマー6643
水10,287571
1
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子

A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Cyclin-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9857
ポリマ－78,3224
非ポリマー6643
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31920 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.963, 60.047, 63.337
Angle α, β, γ (deg.)94.960, 95.500, 106.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC class II antigen


分子量: 32029.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5FQ58
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / CD158 antigen-like family member E / HLA-BW4-specific inhibitory NK cell receptor / Natural killer- ...CD158 antigen-like family member E / HLA-BW4-specific inhibitory NK cell receptor / Natural killer-associated transcript 3 / NKAT-3 / p70 natural killer cell receptor clones CL-2/CL-11 / p70 NK receptor CL-2/CL-11


分子量: 33220.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR3DL1, CD158E, NKAT3, NKB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43629

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 575分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cyclin-A2 / Cyclin-A / Cyclin A


分子量: 1192.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P20248
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 3350, 2% Tacsimate, pH 5.0, 0.1 M Na3citrate, pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95368 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95368 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.74 Å / Num. obs: 84176 / % possible obs: 96.16 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.05153 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 8259 / CC1/2: 0.531 / CC star: 0.833 / Rpim(I) all: 0.4862 / % possible all: 95.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→44.74 Å / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.7776
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 2000 2.4 %
Rwork0.1643 81332 -
obs0.1651 83332 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5333 0 42 571 5946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00585558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83027578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0559802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.52642004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.24591410.23265737X-RAY DIFFRACTION95.42
1.64-1.680.29821420.22095799X-RAY DIFFRACTION95.65
1.68-1.730.2261430.21565789X-RAY DIFFRACTION95.77
1.73-1.790.23481420.19825793X-RAY DIFFRACTION95.86
1.79-1.850.21581430.19365805X-RAY DIFFRACTION96.15
1.85-1.930.17561430.17195819X-RAY DIFFRACTION96.41
1.93-2.020.19641440.15925849X-RAY DIFFRACTION96.77
2.02-2.120.17551440.15615858X-RAY DIFFRACTION96.98
2.12-2.260.20831460.16365917X-RAY DIFFRACTION97.48
2.26-2.430.21361450.16675876X-RAY DIFFRACTION97.6
2.43-2.670.20531440.17865880X-RAY DIFFRACTION97.49
2.67-3.060.21761420.17435816X-RAY DIFFRACTION96.24
3.06-3.860.17381400.14775667X-RAY DIFFRACTION93.89
3.86-44.740.17011410.14415727X-RAY DIFFRACTION94.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54239595783-0.8225640821061.726941724881.3568392711-0.3007156458982.068829711220.1753331944980.0634854407001-0.284518822197-0.05133165816090.0571455729534-0.142653622550.03797959034860.164823629472-0.2135691878270.1633459233570.00813202057291-0.004640114374630.15526750011-0.01611618739930.1720940989258.95276253099-7.88398989617-19.1048395495
20.666808087112-1.45513673351.384440234269.377433475311.931183229796.82824479263-0.0383053938271-0.0836944168783-0.3009303785420.4604385576130.167916271239-0.36188546078-0.05364153724970.155377482458-0.1146352956950.6001349106540.0393276451256-0.2606350743680.542700501574-0.02203429374580.51520088018225.44279258-12.2757367924-0.974550846666
30.4275497732160.1161563867330.696540724090.858584410714-0.1911813362421.3092746157-0.0712209967145-0.124350411040.0394362887486-0.04715601681690.01876435299860.160763116248-0.181035492918-0.06294175246350.06413242413750.1864366089760.0511666636251-0.03240229329470.202612042756-0.04310562494460.1685176076659.666523174580.637215618866-7.09036748238
43.8406636553-2.35092146625-0.01179875099026.70789963506-0.2252724970972.400992350160.0433936439285-0.491806474359-0.3645014111720.3873123084360.1160581109790.1538924413920.430849682253-0.101646725471-0.1873758514480.2920347467350.023669095848-0.04690114354230.2561218037060.02085537970780.22614277108613.8448573139-12.4753816799-2.76151350884
51.98813421179-2.9170698513-0.6493163583614.59420424661.146441724980.3309345418260.2552714751990.326232139183-0.0162495322451-0.507674841392-0.2229549935470.197729087638-0.20960612684-0.136357715865-0.01783497411510.223174771922-0.03129905771760.006923626166920.2265114456350.02702132130730.171480879662-2.5861619242-1.70410461607-40.658767087
61.42474227830.4290412896310.9333870873571.107060951370.007294880531451.198859255940.133209112637-0.248571787515-0.1292525908040.264510880327-0.118365086136-0.1793193688520.06255678639050.01300666732770.01976313861350.215562332407-0.0300088859245-0.01067607814260.228120464210.006229896861180.20093453199513.763499604925.6095296064-24.9665111902
72.32085645080.851960181137-0.0005524993930622.290811511720.3119175359851.016697736940.02749259755240.03781314087910.0240487623703-0.09762868789030.00635495559236-0.209344686676-0.0543106334950.0990598737631-0.05111016118110.1590230114520.01319763112090.01958279377450.1592715050190.001165398957680.1426077033644.1390642575221.9866470249-48.9685977277
80.6357063541790.1980329661620.7315444902831.149096865610.3491344587151.42504220464-0.06270573828380.03572406792340.0189063109728-0.107890739530.0573800083444-0.0969060608279-0.1265874686320.1052840129840.007828198111690.1432938105580.0001591744695520.0348008712740.160176114208-0.009126213633560.152711325763-3.4346411363722.0633132899-45.9188883253
91.98297555849-0.232006240061-0.2543814374671.695685715150.3653145163581.856724098370.1342643060050.007671331471020.133776311799-0.103751799533-0.03135691229530.208254624448-0.265388856609-0.129679888138-0.07007027593720.1892946837940.0141201190540.01032392382510.1986724611760.02142900867910.193815335177-25.485813792613.2110794378-52.3613412564
101.63200517935-0.671077284555-0.4081581019281.540575760530.1005315062861.050506718880.004457201965610.004377130947460.0336337569091-0.06748633623970.0665713414811-0.08831101530410.007086063848750.0204537557179-0.06750257633640.129341913057-0.0172657269894-0.004553056605550.1232227470537.90003882898E-50.12668377152.76414364168-3.35434976135-32.9620793825
111.35887166723-0.6910432643140.2898333559660.665329857321-0.392140216890.6925742389010.09286046263140.103495240437-0.197476648239-0.117733841524-0.04591912013870.215759892990.0956965921864-0.203253802199-0.05767866897630.162245823725-0.0390610644765-0.01588750418750.1757493626140.01107108546310.196968825145-9.38190096377-7.76656443821-37.1954156376
120.9063998081630.17442753766-0.4323226001551.23847328299-0.2840433241922.769362086630.0138981055837-0.171134596863-0.00748087551620.134502472010.03539082957930.0926066389820.281936833990.0275226224145-0.05673906166290.2086809577430.0149888183774-9.44080767252E-50.1840431635450.0006158209651150.1848571909955.08528944574-27.7545311045-8.90902549212
139.52635740602-4.18304420374.884152970647.15150143197-3.050043704396.749747254330.1863110881880.008315825164920.382645536286-0.332149806430.02049052941890.605344048998-0.178902930829-0.471757063634-0.1836450600820.2192881399370.0860438891703-0.001484618848350.2778899672880.02521713757910.238954565314-3.508318679780.573105866538-13.0367839087
142.48879525374-0.9496762333780.7610353711742.02586497613-0.5996736058041.40120873314-0.04988057543680.115575547728-0.3655519943730.2079225131230.150198480894-0.1755872283530.1092797309970.186148300263-0.07112259294190.1755953715080.0430829681709-0.04425121846530.171083125971-0.05209803661060.20407383693715.0743121096-13.9047174368-11.5164498422
158.6882034133-1.342824514734.650139059351.0078260472-0.8626640436143.38264366223-0.1549783825960.2895860861390.4521546987080.07013973730380.0373253195044-0.217647943519-0.09431649648020.3406659299320.1015153407390.1729631928040.00853997119157-0.01169032473660.192512674515-0.006352580805070.16855242356311.026015453-0.610914864666-13.046407545
163.067615706260.7205054152652.566431768562.161337191470.9136219788882.28301235851-0.1707983811140.4096462316420.120728037273-0.1752979212120.51363083971-0.38059046667-0.4605698938350.906972687427-0.3335895633130.253894537953-0.08290900984220.006595274653520.376438292081-0.03664884137510.24380004312422.1029217253-2.621230641-12.1181111138
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 52 through 71 )BB52 - 7153 - 72
22chain 'B' and (resid 72 through 77 )BB72 - 7773 - 78
33chain 'B' and (resid 78 through 90 )BB78 - 9079 - 91
44chain 'B' and (resid 91 through 99 )BB91 - 9992 - 100
55chain 'C' and (resid 1 through 9 )CC1 - 91 - 9
66chain 'G' and (resid 6 through 108 )GD6 - 1081 - 103
77chain 'G' and (resid 109 through 169 )GD109 - 169104 - 164
88chain 'G' and (resid 170 through 208 )GD170 - 208165 - 203
99chain 'G' and (resid 209 through 294 )GD209 - 294204 - 289
1010chain 'A' and (resid 1 through 118 )AA1 - 1181 - 118
1111chain 'A' and (resid 119 through 174 )AA119 - 174119 - 174
1212chain 'A' and (resid 175 through 276 )AA175 - 276175 - 276
1313chain 'B' and (resid 0 through 5 )BB0 - 51 - 6
1414chain 'B' and (resid 6 through 30 )BB6 - 307 - 31
1515chain 'B' and (resid 31 through 41 )BB31 - 4132 - 42
1616chain 'B' and (resid 42 through 51 )BB42 - 5143 - 52

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る