PDB-9d52: Structure of PAK4 in complex with compound 18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d52

タイトル

Structure of PAK4 in complex with compound 18

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 4

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.449 Å

データ登録者

Boone, C. / Suto, R. / Olland, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Identification of a p21-activated kinase 1 (PAK1) inhibitor with 10-fold selectivity against PAK2.
著者: Johns, D.M. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C.D. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q.Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Kozlowski, R. / Lee, S.W. ...

履歴

登録	2024年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年7月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d52.cif.gz	157.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d52.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d52_validation.pdf.gz	674 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d52_full_validation.pdf.gz	679.4 KB	表示
XML形式データ	9d52_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	9d52_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d4vC 9d4wC 9d4xC 9d4yC 9d50C 9d51C 9d53C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (8)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.642, 62.642, 184.886
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4 分子量: 33098.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1A2R / 2-cyano-N-[3-({6-[(5-cyclopropyl-1,3-thiazol-2-yl)amino]pyrazin-2-yl}amino)bicyclo[1.1.1]pentan-1-yl]acetamide 分子量: 381.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₇OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 4% (v/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.449→44.334 Å / Num. obs: 14318 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.449→2.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2259 / CC_1/2: 0.515

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.449→44.334 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 23.667 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2872	720	5.038 %
R_work	0.201	13571	-
all	0.205	-	-
obs	-	14291	99.714 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.253 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.253 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.506 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.449→44.334 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2289	0	39	42	2370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.514	1.85	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.795	1.758	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.971	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.036	6.346	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.359	10	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.113	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.076	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.031	4.815	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.022	4.816	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.768	8.657	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.766	8.659	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.69	5.176	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.688	5.179	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.919	9.338	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.916	9.339	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.539	45.74	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.54	45.749	2596

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.449-2.512	0.428	40	0.311	995	0.315	1039	0.877	0.923	99.615	0.31
2.512-2.581	0.402	64	0.292	927	0.299	991	0.927	0.941	100	0.291
2.581-2.656	0.444	55	0.295	919	0.303	974	0.909	0.944	100	0.291
2.656-2.737	0.394	45	0.291	904	0.296	950	0.883	0.946	99.8947	0.275
2.737-2.826	0.323	47	0.259	876	0.262	924	0.937	0.954	99.8918	0.242
2.826-2.925	0.371	40	0.266	837	0.27	879	0.926	0.958	99.7725	0.245
2.925-3.035	0.368	44	0.228	827	0.234	874	0.921	0.968	99.6567	0.208
3.035-3.158	0.284	47	0.221	793	0.225	843	0.941	0.967	99.6441	0.202
3.158-3.298	0.275	32	0.215	775	0.217	808	0.952	0.973	99.8762	0.203
3.298-3.458	0.298	34	0.225	728	0.228	762	0.943	0.975	100	0.216
3.458-3.644	0.344	34	0.223	704	0.228	740	0.941	0.974	99.7297	0.215
3.644-3.863	0.311	34	0.2	664	0.205	700	0.94	0.977	99.7143	0.199
3.863-4.128	0.267	33	0.178	635	0.182	668	0.957	0.981	100	0.178
4.128-4.455	0.303	28	0.155	596	0.161	628	0.949	0.985	99.3631	0.162
4.455-4.876	0.204	27	0.135	545	0.138	573	0.982	0.988	99.8255	0.145
4.876-5.443	0.181	27	0.143	498	0.145	526	0.982	0.989	99.8099	0.154
5.443-6.269	0.249	28	0.165	456	0.169	486	0.97	0.985	99.5885	0.178
6.269-7.64	0.255	25	0.176	376	0.181	403	0.958	0.979	99.5037	0.195
7.64-10.648	0.208	18	0.164	318	0.166	340	0.969	0.981	98.8235	0.19
10.648-44.334	0.374	18	0.327	199	0.331	222	0.825	0.922	97.7477	0.342

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -22.3605 Å / Origin y: 11.3976 Å / Origin z: -7.0363 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0311 Å²	0.0316 Å²	0.0051 Å²	-	0.0956 Å²	-0.056 Å²	-	-	0.1651 Å²
L	1.6669 °²	0.0466 °²	-0.8291 °²	-	1.2361 °²	-0.4423 °²	-	-	4.6404 °²
S	0.0858 Å °	-0.114 Å °	0.0019 Å °	0.063 Å °	-0.0403 Å °	0.0572 Å °	-0.0107 Å °	0.2355 Å °	-0.0455 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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