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万見
- PDB-9c72: Structure of the ASH3 domain of Drosophila melanogaster Spd-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c72
タイトルStructure of the ASH3 domain of Drosophila melanogaster Spd-2
要素Spindle defective 2
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Centrosome / pericentriolar material / Drosophila
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm aster formation / apyrase activity / ADP-ribose diphosphatase / astral microtubule organization / ADP-ribose diphosphatase activity / centrosome cycle / pericentriolar material / centriole / centrosome
類似検索 - 分子機能
ADP-ribose pyrophosphatase, mitochondrial / : / : / : / Cep192 domain 4 / Cep192 domain 5 / Cep192 domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Johnson, S. / Feng, Z. / Lea, S.M. / Raff, J.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust104575 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: The conserved Spd-2/CEP192 domain adopts a unique protein fold to promote centrosome scaffold assembly.
著者: Hu, L. / Wainman, A. / Andreeva, A. / Apizi, M. / Alvarez-Rodrigo, I. / Wong, S.S. / Saurya, S. / Sheppard, D. / Cottee, M. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Raff, J.W. / van Breugel, M. / Feng, Z.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle defective 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6747
ポリマ－13,2001
非ポリマー4746
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.580, 88.580, 79.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1201-

SO4

21A-1341-

HOH

31A-1369-

HOH

41A-1379-

HOH

51A-1391-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Spindle defective 2


分子量: 13200.053 Da / 分子数: 1 / 断片: ASH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: spd-2, anon-73Ba, BcDNA.LD24702, BcDNA:LD24702, CEP192, Cep192, CG17286-PA, D-SPD2, D-Spd2, Dmel\CG17286, DSPD-2, DSpd-2, Dspd-2, DSpd2, Dspd2, dSpd2, SPD-2, Spd-2, SPD2, Spd2, spd2, CG17286, Dmel_CG17286
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VV79, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 5% PEG400, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→62.64 Å / Num. obs: 12013 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.93→2.12 Å / Num. unique obs: 2936 / CC1/2: 0.737

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→62.64 Å / SU ML: 0.1781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 573 4.77 %
Rwork0.1731 11429 -
obs0.1747 12002 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→62.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数763 0 27 91 881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04581127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0748128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3046314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-2.120.25951340.21552802X-RAY DIFFRACTION98.79
2.12-2.430.24121430.19822760X-RAY DIFFRACTION97.42
2.43-3.060.21051590.18082866X-RAY DIFFRACTION99.97
3.06-62.640.19031370.15673001X-RAY DIFFRACTION99.3
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 74.9911204061 Å / Origin y: -5.72377966997 Å / Origin z: 11.5272423135 Å
111213212223313233
T0.167439304356 Å2-0.00204931666721 Å20.0283949637346 Å2-0.143228688287 Å2-0.0318714132575 Å2--0.152933233577 Å2
L2.15543928926 °2-0.176360246179 °20.450942996158 °2-5.42524739012 °2-3.07372597102 °2--4.799123747 °2
S0.00961381646186 Å °-0.0243567210716 Å °0.175422831164 Å °0.220008353742 Å °-0.000741392164435 Å °0.0723682226692 Å °-0.403702606394 Å °-0.0135356326756 Å °-0.0295750917677 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1049 through 1146)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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