PDB-9c63: High resolution structure of cytidine deaminase T6S toxin from Ps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c63

タイトル

High resolution structure of cytidine deaminase T6S toxin from Pseudomonas syringae

要素

SsdA

キーワード

TOXIN / DNA binding / deaminase / TOXIN-DNA complex

機能・相同性

: / Single-strand DNA deaminase toxin A, C-terminal / Class I prePAAR effector Rhs1 motif / PAAR motif / PAAR motif / membrane / PHOSPHATE ION / Rhs protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Yin, L. / Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P01-CA234228 NCI	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for sequence context-independent single-stranded DNA cytosine deamination by the bacterial toxin SsdA.
著者: Yin, L. / Chen, Y. / Shi, K. / Barreto Duran, E. / Harris, R.S. / Aihara, H.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c63.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c63.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c63_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c63_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	9c63_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	9c63_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c64C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SsdA

B: SsdA

ヘテロ分子

36.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: SsdA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SsdA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.687, 73.485, 78.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	SsdA 分子量: 18083.240 Da / 分子数: 2 / 変異: E348A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q0DAS4

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic pH 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.335→30.14 Å / Num. obs: 59524 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.057 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.335→1.41 Å / R_merge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2976 / CC_1/2: 0.602 / R_pim(I) all: 0.447 / R_rim(I) all: 0.916 / R_sym value: 0.796

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.34→30.14 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1954	3036	5.1 %
R_work	0.1688	-	-
obs	0.1702	59522	85.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→30.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2400	0	18	342	2760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.047	964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.36	0.1917	6	0.2373	155	X-RAY DIFFRACTION	5
1.36-1.38	0.351	25	0.2717	677	X-RAY DIFFRACTION	23
1.38-1.4	0.2707	77	0.2536	1404	X-RAY DIFFRACTION	47
1.4-1.43	0.2536	100	0.2394	2059	X-RAY DIFFRACTION	69
1.43-1.45	0.2264	105	0.2267	2414	X-RAY DIFFRACTION	81
1.45-1.48	0.2496	128	0.2246	2615	X-RAY DIFFRACTION	89
1.48-1.52	0.236	144	0.2044	2866	X-RAY DIFFRACTION	95
1.52-1.55	0.2306	148	0.1905	2948	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.59	0.1982	165	0.179	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.63	0.2043	162	0.1726	2928	X-RAY DIFFRACTION	99
1.63-1.68	0.1864	150	0.1764	2955	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.74	0.1869	180	0.1752	2885	X-RAY DIFFRACTION	98
1.74-1.8	0.2408	152	0.179	2958	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.87	0.2128	187	0.1908	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.96	0.2169	173	0.171	2995	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-2.06	0.1901	149	0.1683	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.19	0.1893	195	0.1641	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.36	0.1927	151	0.1678	2972	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.59	0.2107	169	0.175	2944	X-RAY DIFFRACTION	97
2.59-2.97	0.1996	141	0.1835	2935	X-RAY DIFFRACTION	96
2.97-3.74	0.2014	161	0.155	2951	X-RAY DIFFRACTION	96
3.74-30.14	0.1617	168	0.1476	3033	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5212	3.381	2.5613	4.9758	5.1737	6.2702	0.0691	-0.0682	-0.0492	0.1876	-0.132	0.1625	0.1927	-0.2263	0.1119	0.0609	0.0121	-0.0033	0.1264	0.0109	0.0859	11.9597	12.3672	42.7662
2	6.3154	-0.6766	2.7465	8.3457	4.8908	5.3491	-0.4709	0.9531	-0.7779	-0.9208	-0.0137	0.2634	0.4281	-0.0937	0.5311	0.5583	0.0459	0.036	0.3657	-0.1235	0.3953	14.6178	-6.6589	28.9013
3	2.0258	-0.0449	-0.5941	7.4151	3.3019	7.2182	0.0142	0.1049	0.0084	0.0003	0.0001	0.2835	0.223	-0.3743	-0.0326	0.1195	-0.0077	-0.031	0.2276	0.0072	0.1188	9.8678	8.8105	31.9591
4	3.091	1.1235	-0.5748	3.1628	-1.0917	4.1759	-0.16	0.5147	0.1032	-0.5275	0.2338	0.2444	0.2544	-0.4634	-0.0813	0.24	0.0238	-0.0244	0.3556	0.0124	0.1354	12.7858	10.7983	21.6738
5	3.6515	-0.998	-0.5473	5.4693	0.7952	4.4927	-0.0591	0.6743	-0.7354	-0.5504	0.349	-0.5885	0.5815	0.3068	-0.2173	0.3435	0.0118	0.1092	0.4026	-0.0836	0.2605	25.4906	7.5376	18.3982
6	1.237	0.5942	0.1108	2.1748	0.2582	2.0889	-0.017	0.1881	0.0214	-0.0894	0.0009	-0.0835	-0.0463	0.0784	0.016	0.0953	0.0209	-0.007	0.1868	0.0163	0.1426	20.3093	15.5471	32.6977
7	6.2429	5.1999	-4.3305	4.4361	-3.5999	3.2461	0.0362	-0.2366	-0.5888	-0.0194	-0.2163	-0.3393	0.4884	0.1739	0.2717	0.2399	-0.0037	-0.0461	0.2264	0.0328	0.215	23.0827	10.3107	46.5017
8	2.9504	2.9466	1.7861	4.5949	3.4888	3.5595	0.029	-0.0123	-0.05	-0.0693	-0.2112	0.3739	0.0462	-0.4792	0.2462	0.1883	-0.0034	0.0084	0.2255	-0.0163	0.1752	-12.9801	14.9694	20.3182
9	2.7342	0.2897	0.8502	7.5343	0.244	5.3623	-0.0389	0.2579	-0.5648	-0.285	-0.0477	-0.0731	0.4248	-0.3325	0.0017	0.1789	-0.0427	0.0151	0.2113	-0.0816	0.2441	-11.8339	3.0343	8.6818
10	2.0741	-0.8665	-0.3909	1.6114	-0.8086	0.8293	0.0609	1.2692	-0.4122	-0.7069	-0.2349	0.5294	0.2921	-0.727	0.0534	0.3324	0.0096	-0.058	0.5617	-0.1194	0.2871	-11.9225	6.8944	0.6672
11	1.5195	-0.9699	-0.9422	1.8321	1.463	3.2487	0.106	0.1108	0.0657	-0.208	-0.0401	-0.1255	-0.2106	0.0447	-0.0456	0.1706	-0.0001	0.0114	0.1329	0.0132	0.1327	-0.4707	14.8685	9.8298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 255 through 279 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 280 through 289 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 290 through 300 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 301 through 325 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 326 through 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 341 through 401 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 402 through 410 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 255 through 279 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 280 through 298 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 299 through 314 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 315 through 408 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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